基于RNA-Seq的小麦高密度遗传图谱构建和产量性状QTL分析
| 符号说明 | 第4-7页 |
| 中文摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9页 |
| 1.引言 | 第10-17页 |
| 1.1 高通量测序技术 | 第10-12页 |
| 1.1.1 全基因组测序 | 第10-11页 |
| 1.1.2 基因组重测序 | 第11页 |
| 1.1.3 转录组测序 | 第11-12页 |
| 1.2 小麦基因组测序 | 第12-13页 |
| 1.3 小麦遗传图谱构建 | 第13-14页 |
| 1.4 小麦产量和籽粒性状QTL分析 | 第14-16页 |
| 1.4.1 小麦产量性状QTL | 第14-15页 |
| 1.4.2 小麦籽粒性状QTL | 第15-16页 |
| 1.5 本研究的目的意义 | 第16-17页 |
| 2.材料与方法 | 第17-21页 |
| 2.1 试验材料 | 第17页 |
| 2.2 表型数据 | 第17-18页 |
| 2.3 RNA-Seq分析 | 第18-19页 |
| 2.3.1 取样 | 第18页 |
| 2.3.2 总RNA提取和质量检测 | 第18页 |
| 2.3.3 测序文库构建和上机测序 | 第18页 |
| 2.3.4 数据质量控制 | 第18-19页 |
| 2.4 转录组组装及变异分析 | 第19-20页 |
| 2.4.1 转录组组装 | 第19页 |
| 2.4.2 组装评估 | 第19页 |
| 2.4.3 变异分析 | 第19-20页 |
| 2.5 遗传图谱构建和QTL分析 | 第20-21页 |
| 3.结果与分析 | 第21-49页 |
| 3.1 亲本转录组组装 | 第21-23页 |
| 3.1.1 亲本测序数据质量评估 | 第21页 |
| 3.1.2 亲本比对结果 | 第21页 |
| 3.1.3 亲本转录组组装结果 | 第21-23页 |
| 3.1.4 亲本未比对reads的无参组装 | 第23页 |
| 3.2 变异位点分析 | 第23-24页 |
| 3.2.1 测序数据质量评估及比对结果分析 | 第23-24页 |
| 3.2.2 SNP/INDEL基因型整合与注释 | 第24页 |
| 3.3 遗传图谱构建 | 第24-35页 |
| 3.4 QTL分析 | 第35-49页 |
| 3.4.1 产量及其构成因素的RHF-QTL | 第45页 |
| 3.4.2 株高和穗部性状的RHF-QTL | 第45-47页 |
| 3.4.3 籽粒大小性状的RHF-QTL | 第47-49页 |
| 4.讨论 | 第49-51页 |
| 4.1 高密度遗传图谱构建 | 第49页 |
| 4.2 产量相关性状的QTL | 第49-51页 |
| 5.结论 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-60页 |
| 附录 | 第60-73页 |
| 致谢 | 第73页 |
