| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 前言 | 第14-15页 |
| 第一章 从线粒体全序来看人类进化 | 第15-50页 |
| 1.1 线粒体的遗传学 | 第15-20页 |
| 1.1.1 母系遗传 | 第17-18页 |
| 1.1.2 无重组事件 | 第18页 |
| 1.1.3 高突变率 | 第18-19页 |
| 1.1.4 高拷贝数量 | 第19页 |
| 1.1.5 低有效群体数量 | 第19-20页 |
| 1.2 线粒体与产能 | 第20-21页 |
| 1.3 线粒体与疾病 | 第21-22页 |
| 1.4 线粒体DNA标记与人类进化 | 第22-32页 |
| 1.4.1 现代人非洲起源学说 | 第23页 |
| 1.4.2 现代人线粒体支系及分布 | 第23-31页 |
| 1.4.3 人类线粒体的全序分析 | 第31-32页 |
| 1.5 线粒体与现代人群中的自然选择 | 第32-36页 |
| 1.6 参考文献 | 第36-50页 |
| 第二章 全球人类线粒体序列蛋白质编码区正选择分析 | 第50-69页 |
| 2.1 背景介绍 | 第50-52页 |
| 2.2 方法 | 第52-57页 |
| 2.2.1 样本采集 | 第52-53页 |
| 2.2.2 随机样本的挑选原则 | 第53-54页 |
| 2.2.3 群体d_N/d_s分析 | 第54-55页 |
| 2.2.4 按照纬度的回归分析 | 第55-56页 |
| 2.2.5 区域差异分析 | 第56-57页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第57-63页 |
| 2.3.1 群体d_N/d_s分析 | 第57-61页 |
| 2.3.2 回归分析 | 第61页 |
| 2.3.3 区域差异分析 | 第61-63页 |
| 2.4 结论 | 第63-66页 |
| 2.5 参考文献 | 第66-69页 |
| 第三章 线粒体序列潜在受选位点的物种间进化分析 | 第69-79页 |
| 3.1 背景介绍 | 第69-70页 |
| 3.2 方法 | 第70-71页 |
| 3.2.1 样本采集 | 第70页 |
| 3.2.2 系统进化树重构 | 第70-71页 |
| 3.2.3 多物种序列适应性进化分析 | 第71页 |
| 3.2.4 多物种关联分析 | 第71页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第71-76页 |
| 3.3.1 系统发生树构建 | 第71-73页 |
| 3.3.2 蛋白质序列分析 | 第73-75页 |
| 3.3.3 突变位点与哺乳动物运动速率的关联分析 | 第75-76页 |
| 3.4 结论 | 第76-78页 |
| 3.5 参考文献 | 第78-79页 |
| 第四章 线粒体复合体Ⅰ亚基3的三维结构分析 | 第79-93页 |
| 4.1 背景介绍 | 第79-80页 |
| 4.2 方法 | 第80-82页 |
| 4.2.1 从头结构预测 | 第80页 |
| 4.2.2 同源模建 | 第80页 |
| 4.2.3 分子动力学模拟 | 第80-82页 |
| 4.2.4 原子轨迹分析 | 第82页 |
| 4.3 结果 | 第82-83页 |
| 4.4 讨论 | 第83-88页 |
| 4.5 结论 | 第88-90页 |
| 4.6 参考文献 | 第90-93页 |
| 第五章 线粒体序列潜在受选位点的单倍群分析 | 第93-129页 |
| 5.1 背景介绍 | 第93-94页 |
| 5.2 方法 | 第94-96页 |
| 5.2.1 样本数据 | 第94页 |
| 5.2.2 区域频率计算 | 第94-95页 |
| 5.2.3 支系频谱检验 | 第95页 |
| 5.2.4 进化网络构建 | 第95页 |
| 5.2.5 支系共祖年代估计 | 第95-96页 |
| 5.3 结果 | 第96-122页 |
| 5.3.1 10398位点支系分析 | 第96-121页 |
| 5.3.1.1 Llclal | 第96页 |
| 5.3.1.2 L3ela3 | 第96-97页 |
| 5.3.1.3 Y | 第97-101页 |
| 5.3.1.4 S3 | 第101页 |
| 5.3.1.5 P4 | 第101-102页 |
| 5.3.1.6 R21'12 | 第102页 |
| 5.3.1.7 R0a2k | 第102页 |
| 5.3.1.8 A2~* | 第102-104页 |
| 5.3.1.9 B4clc | 第104-105页 |
| 5.3.1.10 B5 | 第105-107页 |
| 5.3.1.11 R11 | 第107-109页 |
| 5.3.1.12 Nla'e'I | 第109-110页 |
| 5.3.1.13 J | 第110-113页 |
| 5.3.1.14 Jlc8 | 第113-114页 |
| 5.3.1.15 Kl | 第114-118页 |
| 5.3.1.16 10398位点总结讨论 | 第118-121页 |
| 5.3.2 14053支系分析 | 第121页 |
| 5.3.3 关于原来的线粒体选择理论 | 第121-122页 |
| 5.3.4 关于先前研究中对于10398位点的报道 | 第122页 |
| 5.4 结论 | 第122-125页 |
| 5.5 参考文献 | 第125-129页 |
| 第六章 复活节岛线粒体全序分析 | 第129-140页 |
| 6.1 介绍 | 第129-130页 |
| 6.2 方法 | 第130-131页 |
| 6.2.1 样本采集 | 第130页 |
| 6.2.2 时间估计 | 第130页 |
| 6.2.3 自然选择分析 | 第130-131页 |
| 6.3 结果和讨论 | 第131-136页 |
| 6.4 结论 | 第136-137页 |
| 6.5 参考文献 | 第137-140页 |
| 第七章 东亚地区线粒体序列揭示的人口扩张和农业起源 | 第140-160页 |
| 7.1 背景介绍 | 第140-142页 |
| 7.2 方法 | 第142-144页 |
| 7.2.1 人群和样本 | 第142页 |
| 7.2.2 线粒体全序组装 | 第142-143页 |
| 7.2.3 单倍型判定 | 第143页 |
| 7.2.4 数据分析 | 第143-144页 |
| 7.3 结果 | 第144-149页 |
| 7.4 讨论 | 第149-155页 |
| 7.4.1 东亚群体的代表性 | 第149-150页 |
| 7.4.2 时间估算不同方法的一致性 | 第150-153页 |
| 7.4.3 群体扩张模拟 | 第153-154页 |
| 7.4.4 农业起源的具体时间 | 第154-155页 |
| 7.5 结论 | 第155-156页 |
| 7.6 参考文献 | 第156-160页 |
| 第八章 全球线粒体序列揭示的人口扩张和农业起源 | 第160-174页 |
| 8.1 背景介绍 | 第160-161页 |
| 8.2 材料与方法 | 第161页 |
| 8.2.1 样本采集 | 第161页 |
| 8.2.2 数据分析 | 第161页 |
| 8.3 结果与讨论 | 第161-164页 |
| 8.3.1 非洲线粒体支系扩张和群体扩张 | 第161-162页 |
| 8.3.2 欧洲线粒体支系扩张和群体扩张 | 第162-164页 |
| 8.3.3 美洲线粒体支系扩张和群体扩张 | 第164页 |
| 8.4 结论 | 第164-172页 |
| 8.5 参考文献 | 第172-174页 |
| 附表1：3122条随机mtDNA全测数据来源 | 第174-183页 |
| 附表2：所挑选出的55条人类线粒体全测序列及其单倍型 | 第183-184页 |
| 附表3：在复活节岛线粒体全序分析中所使用的200条文献报道的线粒体序列 | 第184-190页 |
| 参考文献 | 第187-190页 |
| 致谢 | 第190-192页 |
| 发表论文 | 第192-193页 |
