| 摘要 | 第11-13页 |
| ABSTRACT | 第13-15页 |
| 缩略词表 | 第16-17页 |
| 1 文献综述 | 第17-36页 |
| 1.1 甲状腺 | 第17-22页 |
| 1.1.1 甲状腺激素合成 | 第17-18页 |
| 1.1.2 甲状腺激素的释放和运输 | 第18-19页 |
| 1.1.3 甲状腺激素的调控 | 第19-21页 |
| 1.1.4 甲状腺激素的功能 | 第21-22页 |
| 1.2 microRNA研究进展 | 第22-28页 |
| 1.2.1 microRNA简介 | 第22-23页 |
| 1.2.2 microRNA的合成 | 第23-24页 |
| 1.2.3 microRNA的特征 | 第24页 |
| 1.2.4 microRNA的作用机制 | 第24页 |
| 1.2.5 新microRNA的检测技术 | 第24-25页 |
| 1.2.6 microRNA的表达检测技术 | 第25-26页 |
| 1.2.7 microRNA与甲状腺 | 第26-28页 |
| 1.3 lncRNA研究进展 | 第28-33页 |
| 1.3.1 lncRNA简介 | 第28页 |
| 1.3.2 lncRNA的分类 | 第28-29页 |
| 1.3.3 lncRNA的来源 | 第29-30页 |
| 1.3.4 lncRNA的特征 | 第30页 |
| 1.3.5 lncRNA的作用机制 | 第30-33页 |
| 1.3.6 lncRNA与甲状腺疾病 | 第33页 |
| 1.4 高通量测序 | 第33-35页 |
| 1.4.1 高通量测序的优点 | 第33-34页 |
| 1.4.2 高通量测序平台 | 第34-35页 |
| 1.5 本研究的目的与意义 | 第35-36页 |
| 2 约克夏猪和金华猪甲状腺激素水平检测 | 第36-41页 |
| 2.1 实验材料 | 第36页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第36页 |
| 2.1.2 实验主要仪器 | 第36页 |
| 2.1.3 实验主要试剂 | 第36页 |
| 2.2 实验方法 | 第36-38页 |
| 2.2.1 血清甲状腺激素水平测定 | 第36页 |
| 2.2.2 制备甲状腺组织石蜡切片 | 第36-37页 |
| 2.2.3 石蜡切片HE染色 | 第37页 |
| 2.2.4 甲状腺球蛋白免疫组化 | 第37-38页 |
| 2.3 结果与分析 | 第38-39页 |
| 2.3.1 不同品种猪体型指数及血清甲状腺激素水平 | 第38页 |
| 2.3.2 猪甲状腺组织形态学观察 | 第38-39页 |
| 2.4 讨论 | 第39-41页 |
| 2.4.1 甲状腺结构 | 第39-40页 |
| 2.4.2 瘦肉型猪与脂肪型猪甲状腺激素水平 | 第40-41页 |
| 3 基于RNA-seq鉴定分析mRNA和lncRNA | 第41-69页 |
| 3.1 实验材料 | 第41页 |
| 3.1.1 实验动物 | 第41页 |
| 3.1.2 实验主要仪器 | 第41页 |
| 3.1.3 实验主要试剂 | 第41页 |
| 3.2 实验方法 | 第41-47页 |
| 3.2.1 甲状腺组织采取 | 第41-42页 |
| 3.2.2 总RNA提取 | 第42页 |
| 3.2.3 总RNA质量检测 | 第42-43页 |
| 3.2.4 RNA-seq文库构建 | 第43-46页 |
| 3.2.5 文库测序 | 第46页 |
| 3.2.6 荧光定量PCR验证 | 第46-47页 |
| 3.3 测序数据处理及生物信息学分析 | 第47-51页 |
| 3.3.1 测序数据质量检测 | 第48页 |
| 3.3.2 测序数据过滤 | 第48-49页 |
| 3.3.3 基因组比对 | 第49页 |
| 3.3.4 转录本组装 | 第49页 |
| 3.3.5 已知mRNA的鉴定与分析 | 第49页 |
| 3.3.6 lncRNA的鉴定 | 第49-50页 |
| 3.3.7 新mRNA的鉴定 | 第50页 |
| 3.3.8 可变剪切分析 | 第50页 |
| 3.3.9 mRNA和lncRNA表达水平分析 | 第50-51页 |
| 3.3.10 GO和KEGG分析 | 第51页 |
| 3.3.11 lncRNA的功能预测 | 第51页 |
| 3.3.12 lncRNA的基因组特征分析 | 第51页 |
| 3.4 RNA-seq结果与分析 | 第51-65页 |
| 3.4.1 总RNA提取及质量检测 | 第51-52页 |
| 3.4.2 测序原始数据质量 | 第52-54页 |
| 3.4.3 基因组比对 | 第54-55页 |
| 3.4.4 lncRNA的鉴定与分析 | 第55-58页 |
| 3.4.5 蛋白编码基因(mRNA)的鉴定与分析 | 第58页 |
| 3.4.6 差异表达分析 | 第58-61页 |
| 3.4.7 功能分析 | 第61-63页 |
| 3.4.8 可变剪切分析 | 第63-64页 |
| 3.4.9 荧光定量PCR验证 | 第64-65页 |
| 3.5 讨论 | 第65-69页 |
| 3.5.1 测序质量评估 | 第65页 |
| 3.5.2 lncRNA的筛选 | 第65-66页 |
| 3.5.3 猪甲状腺组织lncRNA的特征 | 第66页 |
| 3.5.4 约克夏猪和金华猪差异mRNA | 第66-67页 |
| 3.5.5 约克夏猪和金华猪差异lncRNA | 第67-69页 |
| 4 基于small RNA-seq鉴定分析miRNA | 第69-89页 |
| 4.1 实验材料 | 第69页 |
| 4.1.1 实验动物 | 第69页 |
| 4.1.2 实验主要仪器 | 第69页 |
| 4.1.3 实验主要试剂 | 第69页 |
| 4.2 实验方法 | 第69-72页 |
| 4.2.1 甲状腺组织采取 | 第69页 |
| 4.2.2 总RNA提取与质量检测 | 第69-70页 |
| 4.2.3 samll RNA文库构建 | 第70-71页 |
| 4.2.4 small RNA文库测序 | 第71页 |
| 4.2.5 荧光定量PCR验证 | 第71-72页 |
| 4.3 测序数据处理及生物信息学分析 | 第72-74页 |
| 4.3.1 测序数据质量检测 | 第72页 |
| 4.3.2 测序数据过滤 | 第72页 |
| 4.3.3 长度筛选 | 第72-73页 |
| 4.3.4 基因组比对分析 | 第73页 |
| 4.3.5 small RNA分类注释 | 第73页 |
| 4.3.6 miRNA表达及差异分析 | 第73页 |
| 4.3.7 miRNA靶基因预测 | 第73页 |
| 4.3.8 GO和KEGG分析 | 第73-74页 |
| 4.4 small RNA-seq结果与分析 | 第74-85页 |
| 4.4.1 测序数据质量检测 | 第74-76页 |
| 4.4.2 small RNA基因组定位 | 第76页 |
| 4.4.3 small RNA分类注释 | 第76-77页 |
| 4.4.4 已知miRNA | 第77-78页 |
| 4.4.5 新miRNA | 第78页 |
| 4.4.6 miRNA差异表达分析 | 第78-81页 |
| 4.4.7 miRNA靶基因预测及功能分析 | 第81-85页 |
| 4.4.8 荧光定量PCR验证 | 第85页 |
| 4.5 讨论 | 第85-89页 |
| 4.5.1 猪甲状腺miRNA | 第85-86页 |
| 4.5.2 猪甲状腺miRNA靶基因预测 | 第86-87页 |
| 4.5.3 猪甲状腺高表达miRNA | 第87页 |
| 4.5.4 约克夏猪和金华猪差异表达miRNA | 第87-89页 |
| 5 差异表达miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA联合分析 | 第89-95页 |
| 5.1 实验材料 | 第89页 |
| 5.2 实验方法 | 第89页 |
| 5.3 联合分析结果 | 第89-92页 |
| 5.3.1 差异基因联合分析 | 第89-90页 |
| 5.3.2 miRNA-mRNA功能分析 | 第90页 |
| 5.3.3 miRNA-靶基因调控网络 | 第90-92页 |
| 5.4 讨论 | 第92-95页 |
| 5.4.1 RNA-seq和small RNA-seq联合分析 | 第92-93页 |
| 5.4.2 miRNA-mRNA调控网络 | 第93-95页 |
| 6 结论、创新点与展望 | 第95-97页 |
| 6.1 结论 | 第95-96页 |
| 6.2 创新点 | 第96页 |
| 6.3 展望 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-107页 |
| 附录 | 第107-125页 |
| 作者简历及在学期间所取得的科研成果 | 第125-126页 |
| 致谢 | 第126页 |
