| 中文摘要 | 第9-13页 |
| Abstract | 第13-17页 |
| 中英文缩略表 | 第18-19页 |
| 第一部分 文献综述 | 第19-40页 |
| 一 大豆分子标记研究进展 | 第19-23页 |
| 1 新一代测序技术对分子标记开发的影响 | 第19-20页 |
| 2 大豆分子标记的研究现状 | 第20-23页 |
| 2.1 RFLP在大豆研究中的进展 | 第20页 |
| 2.2 RAPD在大豆研究中的进展 | 第20-21页 |
| 2.3 AFLP在大豆研究中的进展 | 第21页 |
| 2.4 SSR在大豆研究中的进展 | 第21-22页 |
| 2.5 SNP在大豆研究中的进展 | 第22-23页 |
| 3 针对菏豆12开发INDEL分子标记的必要性 | 第23页 |
| 二 植物角质层研究进展 | 第23-34页 |
| 1 植物角质层的结构及组分 | 第24-25页 |
| 1.1 植物角质层的结构 | 第24-25页 |
| 1.2 植物角质的成分 | 第25页 |
| 2 植物角质层的生物合成，转运以及组装 | 第25-28页 |
| 2.1 角质层蜡质的生物合成 | 第25-26页 |
| 2.2 角质层角质前体的生物合成 | 第26-27页 |
| 2.3 角质层前体的转运 | 第27页 |
| 2.4 角质前体的组装 | 第27-28页 |
| 3 植物角质层生物合成的调控 | 第28-31页 |
| 3.1 环境与植物激素 | 第28-29页 |
| 3.2 转录因子对角质生物合成的调控 | 第29-30页 |
| 3.3 其他参与调控的因子 | 第30页 |
| 3.4 参与角质层生物合成的孤例 | 第30-31页 |
| 4 植物角质层的功能 | 第31-34页 |
| 4.1 角质层的结构与水分屏障的关系 | 第31-32页 |
| 4.2 荷叶效应 | 第32页 |
| 4.3 角质层是植物应对病原菌以及昆虫的物理屏障 | 第32-33页 |
| 4.4 角质层与形态建成 | 第33-34页 |
| 4.5 屏蔽紫外线辐射 | 第34页 |
| 5 展望 | 第34页 |
| 三 甘油3磷酸代谢途径以及甘油3磷酸激酶突变体的研究进展 | 第34-35页 |
| 四 理化诱变研究进展 | 第35-39页 |
| 1 | 第35-37页 |
| 1.1 理化诱变的种类及诱变机制 | 第35-36页 |
| 1.2 大豆理化诱变的研究进展 | 第36-37页 |
| 1.3 大豆理化诱变前景 | 第37页 |
| 2 大豆基因克隆技术研究进展 | 第37-39页 |
| 2.1 图位克隆技术在植物基因分离中的应用 | 第37-39页 |
| 五 本课题的研究意义 | 第39-40页 |
| 第二部分 实验论文 | 第40-114页 |
| 第一章 大豆分子标记的设计与筛选 | 第40-67页 |
| 第一节 大豆AFLP的设计以及多态性的筛选 | 第40-51页 |
| 1 实验材料 | 第40-43页 |
| 1.1 植物材料 | 第40页 |
| 1.2 酶以及化学试剂 | 第40页 |
| 1.3 2×CTAB DNA提取液 | 第40-41页 |
| 1.4 聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）配方 | 第41页 |
| 1.5 实验仪器设备 | 第41-42页 |
| 1.6 实验用软件 | 第42页 |
| 1.7 引物序列 | 第42-43页 |
| 2 实验方法 | 第43-47页 |
| 2.1 模板的制备 | 第43-45页 |
| 2.2 PCR扩增 | 第45-46页 |
| 2.3 PAGE电泳 | 第46-47页 |
| 3 实验结果及分析 | 第47-50页 |
| 4 讨论 | 第50-51页 |
| 第二节 大豆SSR分子标记的设计与筛选 | 第51-58页 |
| 1 实验材料 | 第51页 |
| 1.1 植物材料 | 第51页 |
| 1.2 酶及化学试剂 | 第51页 |
| 1.3 聚丙烯酰胺配方 | 第51页 |
| 1.4 实验仪器设备 | 第51页 |
| 1.5 生物信息学工具 | 第51页 |
| 1.6 SSR位点信息 | 第51页 |
| 2 实验方法 | 第51-53页 |
| 2.1 大豆基因组DNA提取（CTAB法） | 第51-52页 |
| 2.2 引物设计 | 第52页 |
| 2.3 PCR反应体系 | 第52页 |
| 2.4 PCR反应程序 | 第52-53页 |
| 2.5 聚丙烯酰胺凝胶的制备以及EB染色 | 第53页 |
| 3 实验结果及分析 | 第53-57页 |
| 3.1 PAGE胶电泳结果 | 第53-54页 |
| 3.2 菏豆 12，吉林 35，Williams 82间SSR分子标记多态性统计 | 第54-57页 |
| 4 实验结果及讨论 | 第57-58页 |
| 第三节 大豆INDEL分子标记的设计以及筛选 | 第58-67页 |
| 1 实验材料 | 第58-59页 |
| 1.1 植物材料 | 第58页 |
| 1.2 酶及化学试剂 | 第58页 |
| 1.3 聚丙烯酰胺配方 | 第58页 |
| 1.4 实验仪器设备 | 第58页 |
| 1.5 生物信息学工具 | 第58页 |
| 1.6 引物序列 | 第58-59页 |
| 2 实验方法 | 第59-60页 |
| 2.1 大豆基因组DNA提取 | 第59页 |
| 2.2 菏豆12基因组重测序以及生物信息学分析 | 第59页 |
| 2.3 INDEL分子标记的设计 | 第59页 |
| 2.4 聚丙烯酰胺电泳 | 第59-60页 |
| 3 实验结果及分析 | 第60-66页 |
| 3.1 INDEL位点的生物信息学分析 | 第60-62页 |
| 3.2 INDEL位点的实验验证 | 第62-66页 |
| 4 讨论 | 第66-67页 |
| 第二章 大豆皱叶突变体的基因克隆及功能分析 | 第67-114页 |
| 第一节 大豆皱叶突变体的表型鉴定 | 第67-72页 |
| 1 实验材料 | 第67页 |
| 1.1 植物材料 | 第67页 |
| 1.2 化学试剂 | 第67页 |
| 1.3 实验仪器 | 第67页 |
| 2 实验方法 | 第67-69页 |
| 2.1 温室种植 | 第67-68页 |
| 2.2 大豆叶片横切石蜡切片的制作 | 第68-69页 |
| 3 实验结果及分析 | 第69-72页 |
| 3.1 大豆叶皱缩突变体的表型鉴定 | 第69-72页 |
| 3.1.1 大豆叶皱缩突变体整株表型 | 第69页 |
| 3.1.2 大豆离体叶片的表型观察 | 第69-72页 |
| 4 讨论 | 第72页 |
| 第二节 大豆皱叶突变体的遗传分析及图位克隆 | 第72-85页 |
| 1 试验材料 | 第72-73页 |
| 1.1 植物材料 | 第72页 |
| 1.2 化学试剂以及实验仪器 | 第72-73页 |
| 1.3 引物序列 | 第73页 |
| 2 实验方法 | 第73-79页 |
| 2.1 大豆的杂交流程 | 第73页 |
| 2.2 杂交F1代鉴定 | 第73-74页 |
| 2.3 图位克隆 | 第74页 |
| 2.4 Inverse PCR（反向PCR） | 第74-76页 |
| 2.5 缺失片段内的基因与其同源基因相对表达量情况 | 第76-79页 |
| 3 实验结果及分析 | 第79-85页 |
| 3.1 大豆皱叶突变体的遗传分析 | 第79页 |
| 3.2 利用INDEL分子标记进行突变位点粗定位 | 第79-81页 |
| 3.3 突变位点物理图谱 | 第81页 |
| 3.4 精细定位 | 第81-84页 |
| 3.5 缺失片段内的基因与其同源基因相对表达量情况 | 第84-85页 |
| 4 讨论 | 第85页 |
| 第三节 皱叶突变体突变基因的鉴定 | 第85-92页 |
| 1 实验材料 | 第85-86页 |
| 1.1 大豆材料 | 第85页 |
| 1.2 质粒和菌株 | 第85-86页 |
| 1.3 引物序列信息 | 第86页 |
| 2 实验方法 | 第86-88页 |
| 2.1 对Glyma07g03230基因的测序 | 第86页 |
| 2.2 等位鉴定 | 第86-87页 |
| 2.3 转基因互补实验 | 第87-88页 |
| 3 结果与分析 | 第88-91页 |
| 3.1 预测基因的测序结果 | 第89-90页 |
| 3.2 突变体的等位鉴定 | 第90-91页 |
| 3.3 转基因互补实验 | 第91页 |
| 4 讨论 | 第91-92页 |
| 第四节 Glyma07g03230基因表达模式分析 | 第92-99页 |
| 1 实验材料 | 第92-93页 |
| 1.1 植物材料 | 第92页 |
| 1.2 引物序列信息 | 第92页 |
| 1.3 质粒和菌种 | 第92页 |
| 1.4 同源蛋白质序列的序列获取 | 第92-93页 |
| 1.5 进化分析软件 | 第93页 |
| 2 实验方法 | 第93-96页 |
| 2.1 实时定量PCR | 第93页 |
| 2.2 原生质体的提取及转化 | 第93-95页 |
| 2.3 原位杂交 | 第95-96页 |
| 3 结果与分析 | 第96-98页 |
| 3.1 Glyma07g03230基因的进化分析 | 第96-97页 |
| 3.2 大豆不同组织器官基因表达的相对丰度 | 第97页 |
| 3.3 Glyma07g03230基因原生质体转化 | 第97-98页 |
| 3.4 Glyma07g03230基因的表达组织特异性 | 第98页 |
| 4 讨论 | 第98-99页 |
| 第五节 Glyma07g03230基因的功能分析 | 第99-110页 |
| 1 实验材料 | 第99-101页 |
| 1.1 植物材料 | 第99页 |
| 1.2 引物序列信息 | 第99-100页 |
| 1.3 细菌菌种 | 第100页 |
| 1.4 实时定量PCR检测的基因信息 | 第100-101页 |
| 2 实验方法 | 第101-102页 |
| 2.1 扫描电镜和透射电镜 | 第101页 |
| 2.2 蜡质层分分析 | 第101页 |
| 2.3 离体叶片失水率测定 | 第101页 |
| 2.4 大豆细菌斑点病侵染实验 | 第101-102页 |
| 2.5 大豆种子脂肪酸含量的测定 | 第102页 |
| 3 结果与分析 | 第102-109页 |
| 3.1 突变体的电镜分析 | 第102-103页 |
| 3.2 突变体蜡质成分分析 | 第103-105页 |
| 3.3 突变体与野生型离体叶片失水速率的测定 | 第105-106页 |
| 3.4 大豆细菌斑点病侵染实验 | 第106页 |
| 3.5 种子脂肪酸含量的测定 | 第106-107页 |
| 3.6 角质层发育相关基因受突变基因影响 | 第107-109页 |
| 4 讨论 | 第109-110页 |
| 第六节 Glyma07g03230基因的进化分析 | 第110-114页 |
| 1 实验材料 | 第110页 |
| 2 实验方法 | 第110-111页 |
| 3 结果与分析 | 第111-113页 |
| 3.1 302个大豆品种中的SNP鉴定 | 第111页 |
| 3.2 单倍体型在群体中的分布 | 第111-112页 |
| 3.3 Glyma07g03230基因在群体中的进化分析 | 第112-113页 |
| 4 讨论 | 第113-114页 |
| 附表 1：菏豆 12，吉林 35，Williams 82之间的AFLP分子标记多态性关系 | 第114-120页 |
| 附表 2：分子标记在14个品种的产物特异性矩阵演示 | 第120-127页 |
| 附表 3：INDEL分子标记的信息 | 第127-134页 |
| 附表 4：角质层合成，转运，调控相关基因的信息 | 第134-135页 |
| 载体图谱 | 第135-136页 |
| 参考文献（References） | 第136-146页 |
| 攻读博士期间发表的文章 | 第146-147页 |
| 致谢 | 第147页 |
