| 缩略语表 | 第7-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 前言 | 第13-22页 |
| A 研究背景 | 第13页 |
| B 研究现状 | 第13-19页 |
| B-1 生物医学知识图谱构建的可用资源 | 第13-15页 |
| B-2 生物医学知识图谱构建的关键技术和研究现状 | 第15-17页 |
| B-3 基因注释和富集分析的研究现状 | 第17-19页 |
| C 立题依据及拟解决的科学问题 | 第19-20页 |
| C-1 现有基因注释数据库知识覆盖范围不全面且更新不及时 | 第19页 |
| C-2 现有富集分析工具多依赖于基因注释数据库，也受其局限性影响 | 第19页 |
| C-3 将知识图谱应用于组学数据注释分析具有重要意义 | 第19-20页 |
| D 研究思路和研究方法 | 第20页 |
| D-1 构建覆盖多个生物医学领域的实体和关联基因的知识图谱 | 第20页 |
| D-2 构建基因集注释和富集分析工具MORE | 第20页 |
| E 研究的创新性、理论意义及实用价值 | 第20-22页 |
| 第一章 基于医学主题词表的生物医学知识图谱构建 | 第22-39页 |
| 1.1 引言 | 第22-24页 |
| 1.2 材料和方法 | 第24-29页 |
| 1.2.1 基于MeSH构建知识图谱的流程 | 第24-25页 |
| 1.2.2 医学主题词表MeSH | 第25-26页 |
| 1.2.3 PubMed文献元数据 | 第26-27页 |
| 1.2.4 PubTator实体关联数据集 | 第27页 |
| 1.2.5 InParonoid直系同源关系数据集 | 第27-28页 |
| 1.2.6 卡方检验 | 第28页 |
| 1.2.7 标准点互信息 | 第28页 |
| 1.2.8 聚类分析 | 第28-29页 |
| 1.2.9 余弦距离 | 第29页 |
| 1.3 结果与讨论 | 第29-38页 |
| 1.3.1 知识图谱的构建和分析 | 第29-32页 |
| 1.3.2 以细胞类型为中心的知识图谱 | 第32-36页 |
| 1.3.3 特定领域生物医学知识图谱和知识库的构建 | 第36-38页 |
| 1.4 小结 | 第38-39页 |
| 第二章 基因集注释和富集分析工具MORE的研发 | 第39-55页 |
| 2.1 引言 | 第39-40页 |
| 2.2 材料与方法 | 第40-43页 |
| 2.2.1 数据收集和处理 | 第40-41页 |
| 2.2.2 MORE后台数据库设计和搭建 | 第41-42页 |
| 2.2.3 MORE前台页面实现 | 第42页 |
| 2.2.4 过表达分析 | 第42-43页 |
| 2.2.5 超几何分布检验 | 第43页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第43-51页 |
| 2.3.1 MORE的整体框架 | 第43-44页 |
| 2.3.2 首页和检索功能展示 | 第44-45页 |
| 2.3.3 注释选择页面 | 第45-46页 |
| 2.3.4 表格视图 | 第46页 |
| 2.3.5 树状视图 | 第46-47页 |
| 2.3.6 DAG视图 | 第47-48页 |
| 2.3.7 文献支持证据页面 | 第48页 |
| 2.3.8 帮助文档和用户提问 | 第48-50页 |
| 2.3.9 MORE的自动更新流程 | 第50-51页 |
| 2.4 MORE应用示例 | 第51-53页 |
| 2.5 小结 | 第53-55页 |
| 第三章 结论与展望 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-63页 |
| 附录A HisgAtlas免疫抑制基因列表 | 第63-72页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第72-73页 |
| 主要简历 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
