| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第1章 绪论 | 第20-53页 |
| 1.1 农业废物概述 | 第20-21页 |
| 1.2 堆肥化技术概述 | 第21-25页 |
| 1.2.1 堆肥化基本原理 | 第21-23页 |
| 1.2.2 堆肥影响因素 | 第23-25页 |
| 1.3 分子生物学技术及堆肥化过程中的微生物群落变化 | 第25-32页 |
| 1.3.1 分子生物学技术概述 | 第26-30页 |
| 1.3.2 堆肥化过程中的微生物群落变化 | 第30-32页 |
| 1.4 堆肥过程中木质素降解功能微生物种群、相关功能基因与酶解机理 | 第32-40页 |
| 1.4.1 天然木质素纤维素的结构与微生物降解 | 第32-35页 |
| 1.4.2 促进堆肥化过程中木质素降解的重要性 | 第35页 |
| 1.4.3 堆肥化过程中木质素降解微生物种群 | 第35-38页 |
| 1.4.4 木质素降解微生物酶系 | 第38-40页 |
| 1.5 漆酶简介 | 第40-50页 |
| 1.5.1 漆酶的分布 | 第40-41页 |
| 1.5.2 漆酶的理化性质 | 第41-42页 |
| 1.5.3 漆酶的结构与催化氧化机理 | 第42-46页 |
| 1.5.4 漆酶的应用 | 第46-48页 |
| 1.5.5 土壤和堆肥环境中微生物漆酶基因多样性及功能研究 | 第48-50页 |
| 1.6 堆肥化处理对粪便处理过程中甲烷的排放及与甲烷排放相关的产甲烷菌和甲烷氧化菌 | 第50页 |
| 1.7 本文选题背景与主要研究内容 | 第50-53页 |
| 1.7.1 选题背景 | 第50-51页 |
| 1.7.2 研究内容 | 第51-53页 |
| 第2章 农业秸秆堆肥化处理中潜在产漆酶细菌种群结构变化及其对理化参数的响应 | 第53-79页 |
| 2.1 设备与材料 | 第54-56页 |
| 2.1.1 实验设备 | 第54页 |
| 2.1.2 主要试剂及配方 | 第54-55页 |
| 2.1.3 培养基 | 第55页 |
| 2.1.4 菌株 | 第55-56页 |
| 2.1.5 堆肥 | 第56页 |
| 2.2 分析方法 | 第56-63页 |
| 2.2.1 理化参数测定 | 第56-58页 |
| 2.2.2 堆肥样品微生物总DNA的提取、纯化 | 第58-59页 |
| 2.2.3 堆肥样品中漆酶编码基因的PCR扩增、电泳及片段回收 | 第59-60页 |
| 2.2.4 克隆文库（Clone library）的构建 | 第60-62页 |
| 2.2.5 数据分析 | 第62-63页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第63-78页 |
| 2.3.1 堆肥过程及其理化参数的动态变化 | 第63-67页 |
| 2.3.2 分析漆酶基因多样性的堆肥样品的选定及其理化参数 | 第67页 |
| 2.3.3 堆肥样品总DNA提取 | 第67-68页 |
| 2.3.4 细菌漆酶基因的PCR扩增 | 第68-69页 |
| 2.3.5 细菌漆酶基因系统发育分析 | 第69-72页 |
| 2.3.6 堆肥期间细菌漆酶基因的分布动态变化 | 第72-76页 |
| 2.3.7 堆肥理化因子对细菌漆酶基因结构的影响 | 第76-78页 |
| 2.4 本章小结 | 第78-79页 |
| 第3章 细菌、真菌和链霉菌LMCO基因对农业秸秆堆肥中木质素降解的贡献差异及其对理化因子的响应 | 第79-99页 |
| 3.1 材料与设备 | 第80-81页 |
| 3.1.1 样品 | 第80页 |
| 3.1.2 菌株和质粒 | 第80页 |
| 3.1.3 实验设备 | 第80-81页 |
| 3.1.4 主要试剂和培养基 | 第81页 |
| 3.2 分析方法 | 第81-85页 |
| 3.2.1 理化参数测定 | 第81-82页 |
| 3.2.2 木质纤维素含量测定 | 第82页 |
| 3.2.3 酚氧化酶活的测定 | 第82-83页 |
| 3.2.4 堆肥微生物总DNA和总RNA的提取 | 第83页 |
| 3.2.5 实时定量PCR（qPCR）和反转录实时定量PCR （RT-qPCR） | 第83-85页 |
| 3.2.6 数据分析 | 第85页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第85-97页 |
| 3.3.1 堆肥化过程中理化因子的描述 | 第85-86页 |
| 3.3.2 堆肥过程中木质纤维素的降解 | 第86-87页 |
| 3.3.3 细菌、真菌、链霉菌漆酶基因的丰度和表达 | 第87-90页 |
| 3.3.4 堆肥过程中的酚氧化酶活 | 第90页 |
| 3.3.5 细菌、真菌、链霉菌漆酶基因的转录与酚氧化酶活的相关性研究 | 第90-92页 |
| 3.3.6 细菌、真菌、链霉菌漆酶基因的转录与木质纤维素降解速度相关性研究 | 第92-96页 |
| 3.3.7 堆肥理化因子对细菌、真菌、链霉菌漆酶基因的转录的影响 | 第96-97页 |
| 3.4 本章小结 | 第97-99页 |
| 第4章 农业废物堆肥中分离的菌株Hypocrea lixii sp. C2的漆酶编码基因的克隆 | 第99-116页 |
| 4.1 实验材料与设备 | 第99-101页 |
| 4.1.1 主要试剂及配方 | 第99-100页 |
| 4.1.2 培养基 | 第100-101页 |
| 4.1.3 主要仪器设备 | 第101页 |
| 4.2 实验方法 | 第101-108页 |
| 4.2.1 Hypocrea lixii sp. C2的培养和总RNA的提取 | 第101-102页 |
| 4.2.2 Hypocrea lixii sp. C2的漆酶基因c DNA克隆 | 第102-104页 |
| 4.2.3 漆酶基因原核表达载体的构建及蛋白质表达 | 第104-105页 |
| 4.2.4 漆酶的纯化 | 第105页 |
| 4.2.5 SDS-PAGE凝胶电泳 | 第105-107页 |
| 4.2.6 漆酶的蛋白质浓度测定 | 第107页 |
| 4.2.7 漆酶酶活的测定 | 第107页 |
| 4.2.8 漆酶特性研究 | 第107-108页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第108-115页 |
| 4.3.1 Hypocrea lixii sp. C2漆酶基因c DNA全长的克隆 | 第108-110页 |
| 4.3.2 漆酶的表达与纯化 | 第110页 |
| 4.3.3 漆酶特性研究结果 | 第110-115页 |
| 4.4 本章小结 | 第115-116页 |
| 第5章 畜禽粪便堆肥过程中产甲烷菌和甲烷氧化菌丰度及其与CH_4排放量的关系的研究 | 第116-129页 |
| 5.1 设备与材料 | 第117-118页 |
| 5.1.1 实验设备 | 第117页 |
| 5.1.2 试剂和培养基 | 第117-118页 |
| 5.1.3 菌株 | 第118页 |
| 5.2 实验方法 | 第118-120页 |
| 5.2.1 堆肥试验 | 第118页 |
| 5.2.2 堆体排放气体的取样 | 第118-119页 |
| 5.2.3 实时荧光定量PCR （Quantitative PCR） | 第119-120页 |
| 5.2.4 数据分析 | 第120页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第120-127页 |
| 5.3.1 堆体温度 | 第120页 |
| 5.3.2 堆体表面CH_4的释放 | 第120-123页 |
| 5.3.3 甲烷氧化菌和产甲烷菌的定量分析 | 第123-125页 |
| 5.3.4 甲烷氧化菌和产甲烷菌丰度与甲烷排放相关性研究 | 第125-127页 |
| 5.4 本章小结 | 第127-129页 |
| 结论与展望 | 第129-132页 |
| 参考文献 | 第132-151页 |
| 致谢 | 第151-152页 |
| 附录A 攻读学位期间发表的论文目录 | 第152-154页 |
| 附录B 攻读学位期间申请的发明专利 | 第154-156页 |
| 附录C 攻读学位期间主持的研究课题 | 第156页 |
