| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 引言 | 第10-17页 |
| ·研究背景 | 第10-12页 |
| ·RNA 二级结构预测研究现状 | 第12-15页 |
| ·序列比对预测方法 | 第12-13页 |
| ·最小自由能预测方法 | 第13-15页 |
| ·论文组织结构 | 第15-17页 |
| 第二章 RNA 二级结构预测的基础知识 | 第17-30页 |
| ·RNA 二级结构基础知识 | 第17-21页 |
| ·RNA 分子结构 | 第17-19页 |
| ·RNA 二级结构的数学表示 | 第19-21页 |
| ·结构自由能计算 | 第21页 |
| ·典型的RNA 二级结构遗传预测算法 | 第21-30页 |
| ·基于分子动力学的遗传预测算法 | 第22-24页 |
| ·并行遗传预测算法 | 第24-25页 |
| ·整体编码遗传预测算法 | 第25-27页 |
| ·退火模拟遗传预测算法 | 第27-30页 |
| 第三章 基于遗传算法的RNA 二级结构预测方法 | 第30-38页 |
| ·GARNA 算法的基本思想 | 第30页 |
| ·初始化种群 | 第30-31页 |
| ·适应度计算 | 第31-32页 |
| ·选择操作及参数讨论 | 第32-34页 |
| ·交叉操作及参数讨论 | 第34-35页 |
| ·变异操作及参数讨论 | 第35-37页 |
| ·算法整体流程 | 第37-38页 |
| 第四章 基于禁忌遗传算法的RNA 二级结构预测方法 | 第38-45页 |
| ·基本思想 | 第38-39页 |
| ·个体表达 | 第39-41页 |
| ·相容性检测 | 第41页 |
| ·适应度计算 | 第41-42页 |
| ·选择操作 | 第42页 |
| ·交叉操作 | 第42-43页 |
| ·变异操作 | 第43-44页 |
| ·算法整体流程 | 第44-45页 |
| 第五章 实验数据及结果分析 | 第45-70页 |
| ·基于遗传算法的RNA 二级结构预测软件包 | 第45-52页 |
| ·初始化种群模块 | 第47-48页 |
| ·相容性检测模块 | 第48-49页 |
| ·适应度计算模块 | 第49-50页 |
| ·遗传操作模块 | 第50-51页 |
| ·禁忌遗传操作模块 | 第51-52页 |
| ·测试数据 | 第52-57页 |
| ·算法实验结果比较 | 第57-68页 |
| ·实验结果总结 | 第68-70页 |
| 第六章 结论与展望 | 第70-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-76页 |
| 附录 | 第76-81页 |
| 攻硕期间取得的研究成果 | 第81-82页 |