| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-18页 |
| 1.1 太湖蓝藻 | 第12-13页 |
| 1.1.1 太湖蓝藻的概况 | 第12页 |
| 1.1.2 太湖蓝藻研究现状及治理 | 第12-13页 |
| 1.2 高通量测序技术 | 第13-14页 |
| 1.2.1 高通量测序技术的简介 | 第13页 |
| 1.2.2 Illumina测序技术原理简介 | 第13-14页 |
| 1.3 宏转录组学的简介 | 第14-16页 |
| 1.3.1 宏基因组学 | 第14页 |
| 1.3.2 宏转录组学 | 第14-16页 |
| 1.3.3 太湖蓝藻藻块微环境的宏转录组学分析 | 第16页 |
| 1.4 本课题的研究目的和研究内容 | 第16-18页 |
| 1.4.1 研究目的 | 第16页 |
| 1.4.2 研究内容 | 第16-17页 |
| 1.4.3 论文创新点 | 第17-18页 |
| 第二章 太湖蓝藻样本处理及总RNA提取 | 第18-26页 |
| 2.1 太湖样本采集与处理 | 第18-19页 |
| 2.2 蓝藻藻块总RNA的提取 | 第19-22页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第19-20页 |
| 2.2.1.1 实验试剂 | 第19页 |
| 2.2.1.2 实验设备 | 第19-20页 |
| 2.2.2 总RNA提取方法 | 第20页 |
| 2.2.3 总RNA质量检测 | 第20-22页 |
| 2.2.3.1 总RNA完整性检测 | 第20-22页 |
| 2.2.3.2 总RNA纯度检测 | 第22页 |
| 2.3 总RNA提取结果质控 | 第22-24页 |
| 2.4 本章小结 | 第24-26页 |
| 第三章 高通量测序文库构建与测序 | 第26-34页 |
| 3.1 高通量测序文库构建 | 第26-30页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第26页 |
| 3.1.1.1 实验试剂 | 第26页 |
| 3.1.1.2 实验设备 | 第26页 |
| 3.1.2 去核糖体RNA文库构建 | 第26-28页 |
| 3.1.2.1 总RNA去核糖体RNA的处理 | 第26-27页 |
| 3.1.2.2 文库构建及扩增 | 第27-28页 |
| 3.1.3 文库质量检测 | 第28-30页 |
| 3.2 高通量测序文库质控 | 第30-32页 |
| 3.3 送样与测序 | 第32页 |
| 3.4 本章小结 | 第32-34页 |
| 第四章 太湖蓝藻藻块微环境的生物信息学分析 | 第34-54页 |
| 4.1 宏转录组生物信息学分析方案 | 第34-35页 |
| 4.2 太湖蓝藻藻块宏转录组测序数据统计 | 第35-37页 |
| 4.2.1 测序数据质控结果 | 第35-36页 |
| 4.2.2 测序数据统计 | 第36页 |
| 4.2.3 De novo序列组装 | 第36-37页 |
| 4.3 太湖蓝藻藻块群落活性生物体分类分析及功能分析 | 第37-44页 |
| 4.3.1 太湖蓝藻藻块群落分类分析 | 第37-41页 |
| 4.3.2 太湖蓝藻藻块群落功能分析及代谢通路分析 | 第41-44页 |
| 4.3.2.1 COG功能分类 | 第41-42页 |
| 4.3.2.2 KEGG代谢通路分析 | 第42-44页 |
| 4.4 蓝藻的分类分析及功能分析 | 第44-47页 |
| 4.5 与水体富营养化相关的代谢通路分析 | 第47-52页 |
| 4.5.1 氮素代谢通路分析 | 第47-50页 |
| 4.5.2 磷酸盐-亚磷酸盐代谢通路分析 | 第50-52页 |
| 4.6 本章小结 | 第52-54页 |
| 第五章 太湖蓝藻藻块不同时期样本的差异表达分析 | 第54-72页 |
| 5.1 生物信息学分析方案 | 第54页 |
| 5.2 不同时期样本活性群落组成间的差异分析 | 第54-57页 |
| 5.2.1 DIAMOD比对结果比较分析 | 第54-55页 |
| 5.2.2 四个时期蓝藻藻块活性群落组成差异分析 | 第55-57页 |
| 5.3 不同时期样本的差异表达基因分析 | 第57-61页 |
| 5.3.1 生物学重复实验的分析 | 第57-58页 |
| 5.3.2 四个不同时期样本差异表达基因分析 | 第58-61页 |
| 5.4 不同时期样本差异表达基因的代谢通路富集分析 | 第61-71页 |
| 5.5 本章小结 | 第71-72页 |
| 第六章 总结与展望 | 第72-74页 |
| 6.1 论文的研究总结 | 第72-73页 |
| 6.2 未来展望 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-80页 |
| 作者简介 | 第80-82页 |
| 致谢 | 第82页 |
