| 摘要 | 第8-12页 |
| ABSTRACT | 第12-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-50页 |
| 1. 鱼类食性及摄食调控 | 第16页 |
| 2. 肉食性鱼类——鳜 | 第16-41页 |
| 2.1. 鳜食性及养殖现状 | 第17-18页 |
| 2.2. 鳜驯食研究现状 | 第18-21页 |
| 2.3. 视觉通路与鳜摄食行为的关系 | 第21-24页 |
| 2.4. 昼夜节律通路与鳜摄食行为的关系 | 第24-29页 |
| 2.4.1. Per (Period) | 第26页 |
| 2.4.2. Clk(Colock)和Cyc(Cycle) | 第26页 |
| 2.4.3. Cry (Cryptochrome) | 第26-27页 |
| 2.4.4. Tim (Timeless) | 第27页 |
| 2.4.5. Dbt (Double-time) | 第27页 |
| 2.4.6. Sgg | 第27页 |
| 2.4.7. Vrille (Vri) | 第27页 |
| 2.4.8. Pdp | 第27-28页 |
| 2.4.9. Dec | 第28页 |
| 2.4.10. Rev-erba | 第28页 |
| 2.4.11. CK (Casein Kinase) | 第28-29页 |
| 2.5. 食欲调控通路与鳜摄食行为的关系 | 第29-39页 |
| 2.5.1. 促食因子 | 第31-34页 |
| 2.5.1.1. 神经肽Y | 第31页 |
| 2.5.1.2. NPY受体 | 第31-32页 |
| 2.5.1.3. 生长激素释放肽 | 第32页 |
| 2.5.1.4. 黑色素浓集激素 | 第32-33页 |
| 2.5.1.5. 甘丙肽 | 第33-34页 |
| 2.5.1.6. 食欲素 | 第34页 |
| 2.5.2. 抑食因子 | 第34-39页 |
| 2.5.2.1. 瘦素 | 第34-35页 |
| 2.5.2.2. 可卡因-苯丙胺调节转录因子 | 第35-36页 |
| 2.5.2.3. 阿片促黑皮素 | 第36页 |
| 2.5.2.4. 胆囊收缩素 | 第36-37页 |
| 2.5.2.5.速激肽 | 第37页 |
| 2.5.2.6. 胰岛素 | 第37-38页 |
| 2.5.2.7. 肽YY | 第38页 |
| 2.5.2.8. mTOR | 第38-39页 |
| 2.6. 学习记忆通路与鳜摄食行为的关系 | 第39-41页 |
| 2.7. 单核甘酸多态性与鳜摄食行为的关系 | 第41页 |
| 3. 草食性鱼类——草鱼 | 第41-47页 |
| 3.1. 国内外研究现状 | 第41-43页 |
| 3.2. 细胞增殖与分化通路与草鱼食性转变的关系 | 第43-46页 |
| 3.2.1. 生长激素 | 第44页 |
| 3.2.2. 表皮生长因子 | 第44-45页 |
| 3.2.3. 胰岛素样生长因子 | 第45-46页 |
| 3.2.4. 成纤维细胞生长因子 | 第46页 |
| 3.3. 消化代谢通路与草鱼食性转变的关系 | 第46-47页 |
| 4. 鱼类转录组与基因组研究进展及其在水产动物营养代谢研究中的应用 | 第47-48页 |
| 5. 本研究的目的和意义 | 第48-50页 |
| 第二章 鳜食性驯化相关转录组学研究 | 第50-99页 |
| 1. 前言 | 第50-51页 |
| 2. 材料与方法 | 第51-64页 |
| 2.1. 实验试剂与器材 | 第51页 |
| 2.2. 实验鱼 | 第51页 |
| 2.3. 鳜驯化与取样 | 第51-53页 |
| 2.4. 转录组建库及测序 | 第53-54页 |
| 2.5. 数据组装与分析 | 第54-56页 |
| 2.6. UNIGENE功能注释 | 第56-57页 |
| 2.7. UNIGENE代谢通路分析 | 第57页 |
| 2.8. UNIGENE表达差异分析 | 第57-59页 |
| 2.9. 差异表达基因的GO和PATHWAY分析 | 第59-60页 |
| 2.10. SSR和SNP分析 | 第60页 |
| 2.11. 数字表达谱建库及测序 | 第60-62页 |
| 2.12. 数据去杂与质量评估 | 第62-63页 |
| 2.13. 数据分析与注释 | 第63-64页 |
| 2.14. 反义链分析 | 第64页 |
| 2.15. 差异表达基因的GO与PATHWAY功能分析 | 第64页 |
| 2.16. 统计分析 | 第64页 |
| 3. 结果 | 第64-96页 |
| 3.1. 序列组装 | 第64-74页 |
| 3.2. 功能注释 | 第74-79页 |
| 3.3. SNP和SSR分析 | 第79-81页 |
| 3.4. 基于转录组与数字表达谱的差异表达基因 | 第81-96页 |
| 4. 讨论 | 第96-98页 |
| 4.1. 视网膜光敏感性通路差异表达基因 | 第96-97页 |
| 4.2. 昼夜节律通路差异表达基因 | 第97页 |
| 4.3. 食欲调控通路差异表达基因 | 第97-98页 |
| 4.4. 学习与记忆通路差异表达基因 | 第98页 |
| 5. 结论 | 第98-99页 |
| 第三章 草鱼食性转变相关转录组学研究 | 第99-143页 |
| 1. 前言 | 第99-100页 |
| 2. 材料与方法 | 第100-107页 |
| 2.1. 实验试剂与器材 | 第100页 |
| 2.2. 实验鱼与取样 | 第100-102页 |
| 2.3. 转录组建库及测序 | 第102页 |
| 2.4. 数据组装与分析 | 第102-103页 |
| 2.5. 基因表达量计算 | 第103页 |
| 2.6. 基因差异表达分析 | 第103-104页 |
| 2.7. 差异表达基因的GO功能分析 | 第104页 |
| 2.8. KEGG PATHWAY分析 | 第104页 |
| 2.9. 基因结构优化 | 第104页 |
| 2.10. 可变剪接分析 | 第104-105页 |
| 2.11. 预测新转录本 | 第105页 |
| 2.12. SNP分析 | 第105-106页 |
| 2.13. 统计分析 | 第106-107页 |
| 3. 结果 | 第107-139页 |
| 3.1. 形态特征的测定 | 第107-110页 |
| 3.2. 高通量测序与注释 | 第110-118页 |
| 3.3. 可变剪接和新转录本预测 | 第118-121页 |
| 3.4. SNP检测 | 第121-122页 |
| 3.5. 差异表达基因 | 第122-139页 |
| 4. 讨论 | 第139-142页 |
| 4.1. 肠道生长、细胞增殖分化与消化代谢相关差异表达基因 | 第140-141页 |
| 4.2. 食欲调控相关差异表达基因 | 第141-142页 |
| 4.3. 昼夜节律相关差异表达基因 | 第142页 |
| 5. 结论 | 第142-143页 |
| 第四章 结论与展望 | 第143-144页 |
| 参考文献 | 第144-174页 |
| 在读期间发表论文 | 第174-177页 |
| 在校期间申请专利 | 第177-178页 |
| 致谢 | 第178页 |
