| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 英文缩略词 | 第13-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-34页 |
| 1.1 手足口病概述 | 第16-23页 |
| 1.1.1 手足口病 | 第16页 |
| 1.1.2 手足口病的临床表现 | 第16-17页 |
| 1.1.3 手足口病流行的三个基本环节 | 第17页 |
| 1.1.4 手足口病的流行情况 | 第17-20页 |
| 1.1.5 手足口病病原 | 第20-23页 |
| 1.2 手足口病的诊断 | 第23-29页 |
| 1.2.1 手足口病的临床诊断 | 第23页 |
| 1.2.2 手足口病的实验室诊断 | 第23-29页 |
| 1.3 下一代测序技术的发展与应用 | 第29-33页 |
| 1.3.1 下一代测序技术的发展 | 第29-32页 |
| 1.3.2 下一代测序技术的应用 | 第32-33页 |
| 1.4 本研究目的与意义 | 第33-34页 |
| 第二章 基于分子条形码标识寡核苷酸引物的病毒直接鉴定的二代测序技术平台的建立 | 第34-73页 |
| 2.1 实验材料 | 第34-38页 |
| 2.1.1 样本来源 | 第34-35页 |
| 2.1.2 主要试剂和耗材 | 第35-37页 |
| 2.1.3 主要设备和仪器 | 第37页 |
| 2.1.4 溶液的配制 | 第37-38页 |
| 2.2 研究技术路线 | 第38页 |
| 2.3 实验方法 | 第38-57页 |
| 2.3.1 寡核苷酸引物的选择与制备 | 第38-39页 |
| 2.3.2 分子条形码的选择 | 第39-40页 |
| 2.3.3 分子条形码标识寡核苷酸引物的制备 | 第40-41页 |
| 2.3.4 寡核苷酸引物的初步评价 | 第41-43页 |
| 2.3.5 RT-PCR反应DNA聚合酶的选择 | 第43-45页 |
| 2.3.6 基于分子条形码标识寡核苷酸引物NGS平台模式试验 | 第45-55页 |
| 2.3.7 手足口病临床样本致病原的分子初筛试验 | 第55-56页 |
| 2.3.8 手足口病临床样本应用于NGS平台的验证试验 | 第56页 |
| 2.3.9 系统进化分析 | 第56-57页 |
| 2.3.10 统计学分析 | 第57页 |
| 2.4 实验结果 | 第57-69页 |
| 2.4.1 分子条形码 | 第57页 |
| 2.4.2 寡核苷酸引物的初步评价结果 | 第57-60页 |
| 2.4.3 DNA聚合酶 | 第60-61页 |
| 2.4.4 模式病毒样本分子验证结果 | 第61-62页 |
| 2.4.5 模式实验NGS数据概述 | 第62-63页 |
| 2.4.6 随机六聚体引物组与非核糖体六核苷酸引物组NGS数据比较分析 | 第63-64页 |
| 2.4.7 手足口病临床样本致病原的初筛结果 | 第64页 |
| 2.4.8 临床样本NGS数据概述 | 第64-65页 |
| 2.4.9 手足口病致病原分析 | 第65-66页 |
| 2.4.10 其他病毒信息分析与分子验证 | 第66-69页 |
| 2.5 讨论 | 第69-73页 |
| 第三章 二代测序技术应用于手足口病重症病例与轻症病例病毒病原谱的初步研究 | 第73-104页 |
| 3.1 实验材料 | 第73-75页 |
| 3.1.1 样本来源与样本信息 | 第73页 |
| 3.1.2 主要试剂和耗材 | 第73-75页 |
| 3.1.3 主要仪器和设备 | 第75页 |
| 3.1.4 主要溶液的配制 | 第75页 |
| 3.1.5 引物 | 第75页 |
| 3.2 研究技术路线 | 第75-76页 |
| 3.3 实验方法 | 第76-84页 |
| 3.3.1 临床样本的处理、分装与保存 | 第76-77页 |
| 3.3.2 样本核酸的自动化提取 | 第77-78页 |
| 3.3.3 手足口病致病原的初步筛查 | 第78页 |
| 3.3.4 样本分组 | 第78页 |
| 3.3.5 样本浓缩 | 第78-79页 |
| 3.3.6 混合样本的预处理与核酸提取 | 第79页 |
| 3.3.7 cDNA文库制备 | 第79-80页 |
| 3.3.8 测序文库构建 | 第80页 |
| 3.3.9 qPCR定量 | 第80页 |
| 3.3.10 One Touch2油包水扩增 | 第80页 |
| 3.3.11 ES阳性模板富集 | 第80页 |
| 3.3.12 PGM测序 | 第80页 |
| 3.3.13 NGS数据处理与分析 | 第80页 |
| 3.3.14 检出病毒的分子验证 | 第80-84页 |
| 3.3.15 提交病毒序列 | 第84页 |
| 3.3.16 系统进化分析 | 第84页 |
| 3.3.17 统计学分析 | 第84页 |
| 3.4 实验结果 | 第84-100页 |
| 3.4.1 HFMD临床样本信息分析 | 第84-85页 |
| 3.4.2 EV71/CVA16/其他EV初步筛查结果 | 第85-86页 |
| 3.4.3 NGS数据概述 | 第86-87页 |
| 3.4.4 手足口病重症病例的致病原 | 第87-90页 |
| 3.4.5 手足口病轻症病例的致病原 | 第90-92页 |
| 3.4.6 手足口病主要致病原的基因进化树 | 第92-94页 |
| 3.4.7 呼吸道病毒 | 第94-95页 |
| 3.4.8 腹泻相关病毒 | 第95-96页 |
| 3.4.9 植物病毒和指环病毒 | 第96-97页 |
| 3.4.10 手足口病重症病例与轻症病例的全病原谱 | 第97-98页 |
| 3.4.11 札如病毒的全基因组序列分析 | 第98-100页 |
| 3.5 讨论 | 第100-104页 |
| 全文结论 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-121页 |
| 致谢 | 第121-123页 |
| 个人简历 | 第123-124页 |
| 附录 | 第124-132页 |
