| 内容摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 1 引言 | 第14-33页 |
| 1.1 蛋白质组学简介 | 第15-16页 |
| 1.1.1 蛋白质组学的含义与研究现状 | 第15-16页 |
| 1.1.2 蛋白质组学的应用 | 第16页 |
| 1.2 基于质谱技术的鸟枪法蛋白质组学实验流程与技术 | 第16-17页 |
| 1.3 质谱数据的分析流程 | 第17-23页 |
| 1.3.1 质谱数据的定性 | 第17-20页 |
| 1.3.2 质谱数据的定量 | 第20-22页 |
| 1.3.3 生物信息学的后续处理与分析 | 第22-23页 |
| 1.4 常用的蛋白质组学相关软件与工具 | 第23-30页 |
| 1.4.1 ProteoWizard | 第23-25页 |
| 1.4.2 Mascot定性软件 | 第25-28页 |
| 1.4.3 MSPepSearch定性软件 | 第28-29页 |
| 1.4.4 Pathway分析工具 | 第29-30页 |
| 1.5 蛋白质组学的意义与挑战 | 第30-32页 |
| 1.5.1 蛋白质组学的重要性 | 第30-31页 |
| 1.5.2 蛋白质组学发展的挑战 | 第31-32页 |
| 1.6 本文研究内容及意义 | 第32-33页 |
| 2 基于二级谱图的定性流程的探究与改进 | 第33-54页 |
| 2.1 鸟枪法蛋白质组学数据类型及特点 | 第33-36页 |
| 2.1.1 色谱图与一级谱图 | 第34页 |
| 2.1.2 二级谱图 | 第34-36页 |
| 2.2 二级谱图的信息与特性 | 第36-40页 |
| 2.2.1 二级谱图中的有效信息 | 第36页 |
| 2.2.2 电荷对二级谱图的影响 | 第36-37页 |
| 2.2.3 仪器与实验方法对二级谱图的影响 | 第37-40页 |
| 2.3 基于二级谱图定性流程具体步骤 | 第40-54页 |
| 2.3.1 母离子筛选 | 第41页 |
| 2.3.2 降噪预处理 | 第41-45页 |
| 2.3.3 打分比对 | 第45-49页 |
| 2.3.4 筛选匹配的肽段 | 第49-50页 |
| 2.3.5 肽段的组装拼接 | 第50-52页 |
| 2.3.6 本文定性流程小结 | 第52-54页 |
| 3 SpectraMatch定性流程的讨论与结果评估 | 第54-70页 |
| 3.1 实验材料 | 第54-58页 |
| 3.1.1 参考谱图库文件 | 第54-56页 |
| 3.1.2 测试数据集 | 第56-57页 |
| 3.1.3 技术方法 | 第57页 |
| 3.1.4 其他软件信息 | 第57-58页 |
| 3.2 影响因素的分析与讨论 | 第58-64页 |
| 3.2.1 谱图降噪效果的评估 | 第58-59页 |
| 3.2.2 分数的组合对定性效果的影响 | 第59-61页 |
| 3.2.3 打分阈值对定性结果的影响 | 第61-64页 |
| 3.3 结果与评估 | 第64-70页 |
| 3.3.1 直接观察匹配的谱图 | 第64-65页 |
| 3.3.2 通过重复实验进行验证 | 第65-66页 |
| 3.3.3 多软件结果的验证 | 第66-68页 |
| 3.3.4 生物通路层面的进一步验证 | 第68-70页 |
| 4 总结与展望 | 第70-72页 |
| 4.1 总结 | 第70页 |
| 4.2 展望 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-80页 |
| 附录 | 第80-90页 |
| 附录1: 两个阈值下与其他四个软件交集、交集占比 | 第80页 |
| 附录2: 本文方法两阈值下与其他四个软件肽段交集韦恩图 | 第80-81页 |
| 附录3: 本文方法两阈值下与其他四个软件蛋白交集韦恩图 | 第81页 |
| 附录4: 本文特异性蛋白列表 | 第81-82页 |
| 附录5: 本文特异性蛋白富集到的pahway列表 | 第82-83页 |
| 附录6: Spectra Match使用说明书 | 第83-90页 |
| 后记 | 第90-92页 |
