| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 1. 引言 | 第15-25页 |
| 1.1. 植物低温胁迫响应的分子机理研究进展 | 第15-21页 |
| 1.1.1. 低温胁迫信号传导 | 第15-18页 |
| 1.1.1.1. Ca~(2+)与低温胁迫信号 | 第15-16页 |
| 1.1.1.2. ABA与植物低温信号传导 | 第16-17页 |
| 1.1.1.3. 低温信号转导中蛋白激酶的作用 | 第17页 |
| 1.1.1.4. 次级信号的转导作用 | 第17-18页 |
| 1.1.2. 植物对于低温胁迫响应的调控 | 第18-19页 |
| 1.1.2.1. 转录调控 | 第18-19页 |
| 1.1.3. 响应植物低温胁迫的功能蛋白 | 第19-21页 |
| 1.1.3.1. 抗冻蛋白 | 第19-20页 |
| 1.1.3.2. 抗渗透胁迫相关蛋白 | 第20页 |
| 1.1.3.3. 脂膜相关的蛋白 | 第20页 |
| 1.1.3.4. 植物脱水素 | 第20-21页 |
| 1.2. RNA-seq技术及其在转录组学研究中的应用 | 第21页 |
| 1.3. 植物非生物胁迫差异蛋白质组学研究进展 | 第21-22页 |
| 1.3.1. 植物非生物胁、迫差异蛋白质组学研究进展 | 第21-22页 |
| 1.3.1.1. 双向电泳 | 第21-22页 |
| 1.3.1.2. 差异蛋白质组学在低温胁迫中的研究进展 | 第22页 |
| 1.3.1.3. 植物胁迫信号物质处理 | 第22页 |
| 1.4. 研究目的意义及技术路线 | 第22-25页 |
| 2. 基于RNA-seq测序卷丹低温响应基因功能和生物信息学分析 | 第25-50页 |
| 2.1. 试验材料与仪器 | 第25-26页 |
| 2.1.1. 植物材料 | 第25-26页 |
| 2.1.2. 试验试剂 | 第26页 |
| 2.1.3. 试验仪器 | 第26页 |
| 2.2. 试验方法 | 第26-28页 |
| 2.2.1. 卷丹总RNA实验与提取 | 第26页 |
| 2.2.2. Solexa测序 | 第26-27页 |
| 2.2.3. 转录组测序产量统计及De novo组装 | 第27页 |
| 2.2.4. 基因功能注释 | 第27-28页 |
| 2.2.4.1. CDS预测 | 第27页 |
| 2.2.4.2. 差异分析 | 第27页 |
| 2.2.4.3. GO功能分析 | 第27页 |
| 2.2.4.4. KEGG Pathway分析 | 第27页 |
| 2.2.4.5. 部分差异基因qRT-PCR分析 | 第27-28页 |
| 2.2.4.6. RNA转录因子基因差异性表达 | 第28页 |
| 2.2.4.7. 组织表达特异性分析 | 第28页 |
| 2.2.4.8. 生物信息学分析 | 第28页 |
| 2.3. 结果与分析 | 第28-45页 |
| 2.3.1. 卷丹总RNA质量检测 | 第28-29页 |
| 2.3.2. 转录组测序数据分析流程 | 第29-30页 |
| 2.3.3. 原始fastq序列处理及质量控制 | 第30-32页 |
| 2.3.4. 低温响应差异基因的功能注释 | 第32-38页 |
| 2.3.4.1. Unigene的蛋白功能注释 | 第32页 |
| 2.3.4.2. Unigene的GO功能注释 | 第32-34页 |
| 2.3.4.3. Unigene的蛋白功能注释 | 第34-36页 |
| 2.3.4.4. 差异表达基因的Pathway功能注释 | 第36-38页 |
| 2.3.5. 低温应答相关差异基因分析 | 第38-45页 |
| 2.3.5.1. 差异基因的表达量计算 | 第38-39页 |
| 2.3.5.2. 响应低温的差异基因分析 | 第39-42页 |
| 2.3.5.3. 差异基因的qRT-PCR分析 | 第42-45页 |
| 2.4. 讨论 | 第45-48页 |
| 2.4.1. 卷丹百合转录组的Solexa测序 | 第45页 |
| 2.4.2. 卷丹响应低温诱导的差异基因的表达分析 | 第45-46页 |
| 2.4.3. 卷丹响应低温胁迫的冷信号转导通路分析 | 第46-48页 |
| 2.5. 本章小结 | 第48-50页 |
| 3. 卷丹对低温和ABA诱导的非生物胁迫响应 | 第50-66页 |
| 3.1. 试验材料 | 第50页 |
| 3.1.1. 植物材料 | 第50页 |
| 3.1.2. 试验仪器与试剂 | 第50页 |
| 3.1.2.1. 试验主要仪器 | 第50页 |
| 3.1.2.2. 试验试剂 | 第50页 |
| 3.2. 试验方法 | 第50-53页 |
| 3.2.1. 低温伤害程度测定(电导法) | 第50-51页 |
| 3.2.2. 可溶性糖含量的测定 | 第51页 |
| 3.2.3. 淀粉含量的测定 | 第51-52页 |
| 3.2.4. 还原性糖含量的测定 | 第52页 |
| 3.2.5. 可溶性蛋白含量的测定 | 第52页 |
| 3.2.6. 丙二醛(MDA)含量的测定 | 第52页 |
| 3.2.7. 叶片显微镜观察 | 第52-53页 |
| 3.2.8. 差异基因qRT-PCR分析 | 第53页 |
| 3.3. 结果与分析 | 第53-60页 |
| 3.3.1. 卷丹叶片结构对低温胁迫的响应 | 第53页 |
| 3.3.2. 卷丹相对电导率对低温胁迫的响应 | 第53-54页 |
| 3.3.3. 卷丹碳水化合物对低温胁迫的响应 | 第54-56页 |
| 3.3.4. 卷丹碳水化合物的对ABA诱导的响应 | 第56-58页 |
| 3.3.5. 卷丹关键基因对ABA诱导的响应 | 第58-60页 |
| 3.4. 讨论 | 第60-64页 |
| 3.4.1. 卷丹叶片结构和电导率对低温胁迫的响应 | 第60-61页 |
| 3.4.2. 卷丹碳水化合物代谢与基因表达对冷胁迫的响应 | 第61-62页 |
| 3.4.3. 卷丹物质代谢与基因对ABA诱导的响应 | 第62页 |
| 3.4.4. 卷丹对非生物胁迫响应的信号转导通路分析 | 第62-64页 |
| 3.5. 小结 | 第64-66页 |
| 4. 卷丹差异蛋白对冷胁迫和ABA诱导的响应 | 第66-89页 |
| 4.1. 材料与方法 | 第66-67页 |
| 4.1.1. 试验材料 | 第66页 |
| 4.1.2. 试验仪器及试验试剂 | 第66页 |
| 4.1.2.1. 试验主要仪器 | 第66页 |
| 4.1.2.2. 试验试剂 | 第66页 |
| 4.1.3. 试验方法 | 第66-67页 |
| 4.1.3.1. 卷丹叶片总蛋白的提取 | 第66-67页 |
| 4.1.3.2. 双向电泳 | 第67页 |
| 4.1.3.3. 双向劳光差异凝胶电泳(2-DDIGE)凝胶图像扫描和分析 | 第67页 |
| 4.1.3.4. 利用DeCyder软件进行卷丹差异蛋白点分析 | 第67页 |
| 4.1.3.5. 凝胶考染 | 第67页 |
| 4.1.3.6. 蛋白的质谱鉴定 | 第67页 |
| 4.2. 结果与分析 | 第67-83页 |
| 4.2.1. 卷丹叶片蛋白的提取和定量 | 第67-68页 |
| 4.2.2. 卷丹蛋白质的双向电泳分析 | 第68-74页 |
| 4.2.3. 卷丹差异表达的蛋白质谱鉴定结果 | 第74-77页 |
| 4.2.4. 卷丹不同处理条件下差异表达蛋白的功能分析 | 第77-83页 |
| 4.2.4.1. 胁迫相关蛋白质的表达变化 | 第77-78页 |
| 4.2.4.2. 参与信号转导蛋白质 | 第78-79页 |
| 4.2.4.3. 参与能量代谢的蛋白质 | 第79-81页 |
| 4.2.4.4. 光合作用相关的蛋白 | 第81-82页 |
| 4.2.4.5. 其它相关的蛋白 | 第82-83页 |
| 4.3. 讨论 | 第83-87页 |
| 4.3.1. 差异蛋白功能分析 | 第83-85页 |
| 4.3.1.1. 胁迫相关的蛋白 | 第83-84页 |
| 4.3.1.2. 信号转导相关蛋白 | 第84页 |
| 4.3.1.3. 能量代谢相关蛋白 | 第84-85页 |
| 4.3.1.4. 光合作用蛋白 | 第85页 |
| 4.3.1.5. 其它相关 | 第85页 |
| 4.3.2. ABA激素对卷丹抗寒蛋白影响 | 第85-86页 |
| 4.3.3. 差异基因功能与差异蛋白功能的关联 | 第86-87页 |
| 4.4. 小结 | 第87-89页 |
| 5. 抗寒转录因子LlAPL基因的功能分析 | 第89-100页 |
| 5.1. 试验材料与方法 | 第89-91页 |
| 5.1.1. 试验材料 | 第89页 |
| 5.1.1.1. 转基因材料 | 第89页 |
| 5.1.1.2. 试验试剂盒 | 第89页 |
| 5.1.2. 试验方法 | 第89-91页 |
| 5.1.2.1. RNA提取 | 第89页 |
| 5.1.2.2. CDNA第一链的合成 | 第89页 |
| 5.1.2.3. cDNA末端快速扩增 | 第89-90页 |
| 5.1.2.4. 凝胶中回收DNA片断 | 第90页 |
| 5.1.2.5. 连接产物转化大肠杆菌 | 第90页 |
| 5.1.2.6. 细菌中质粒DNA的制备 | 第90页 |
| 5.1.2.7. 重组质粒的筛选与鉴定、测序 | 第90页 |
| 5.1.2.8. LlAPL植物表达载体的构建 | 第90-91页 |
| 5.1.2.9. 农杆菌感受态制备、转化与培养活化 | 第91页 |
| 5.1.2.10. 农杆菌介导的拟南芥转化 | 第91页 |
| 5.1.2.11. 基因功能验证 | 第91页 |
| 5.2. 结果与分析 | 第91-97页 |
| 5.2.1. LlAPL基因的克隆及序列分析 | 第91-94页 |
| 5.2.2. LlAPL基因的qRT-PCR表达分析 | 第94-95页 |
| 5.2.3. 转基因拟南芥植株的获得及功能鉴定 | 第95-97页 |
| 5.2.3.1. 拟南芥的转化及筛选 | 第95页 |
| 5.2.3.2. LlAPL转基因拟南芥植株的非生物胁迫分析 | 第95-97页 |
| 5.3. 讨论 | 第97-98页 |
| 5.3.1. LlAPL基因的抗寒特性和低温响应 | 第97-98页 |
| 5.3.2. 转基因拟南芥植株的获得及功能鉴定 | 第98页 |
| 5.4. 小结 | 第98-100页 |
| 6. 结论与展望 | 第100-104页 |
| 6.1. 结论 | 第100-103页 |
| 6.2. 创新点 | 第103页 |
| 6.3. 展望 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-116页 |
| 个人简介 | 第116-117页 |
| 导师简介 | 第117-118页 |
| 致谢 | 第118页 |
