| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略词表 | 第12-14页 |
| 文献综述 | 第14-33页 |
| 1 细胞多能性调控研究进展 | 第14-21页 |
| 1.1 小鼠和人干细胞及其多能性 | 第15-16页 |
| 1.2 猪干细胞及其多能性 | 第16页 |
| 1.3 维持细胞多能性的基因和信号通路 | 第16-21页 |
| 1.3.1 多能性相关的基因及小分子化合物 | 第16-19页 |
| 1.3.2 多能性相关信号通路 | 第19-21页 |
| 1.4 展望 | 第21页 |
| 2 多能性相关lncRNA的研究 | 第21-33页 |
| 2.1 LncRNA的研究概况 | 第22-26页 |
| 2.1.1 LncRNA的发现 | 第22-23页 |
| 2.1.2 LncRNA的生成及分类 | 第23页 |
| 2.1.3 LncRNA的保守结构域和二级结构预测 | 第23-24页 |
| 2.1.4 LncRNA的作用机制 | 第24-25页 |
| 2.1.5 LncRNA与mRNA的作用 | 第25页 |
| 2.1.6 LncRNA与miRNA的作用 | 第25页 |
| 2.1.7 LncRNA与染色质的作用 | 第25页 |
| 2.1.8 LncRNA的转录本特征 | 第25-26页 |
| 2.2 LncRNA的研究方法 | 第26-27页 |
| 2.2.1 CHIRP-seq | 第26-27页 |
| 2.2.2 catRAPID | 第27页 |
| 2.2.3 c-KLAN | 第27页 |
| 2.2.4 单细胞RNA-seq测序技术 | 第27页 |
| 2.3 LncRNA与细胞多能性 | 第27-32页 |
| 2.3.1 动物lncRNA研究概况 | 第27-29页 |
| 2.3.2 LncRNA与细胞命运调控 | 第29-32页 |
| 2.4 展望 | 第32-33页 |
| 引言 | 第33-34页 |
| 1 材料与方法 | 第34-46页 |
| 1.1 试验材料 | 第34-37页 |
| 1.1.1 试验动物 | 第34页 |
| 1.1.2 主要试剂和试剂盒 | 第34-35页 |
| 1.1.3 主要仪器与耗材 | 第35页 |
| 1.1.4 细胞培养相关试剂配制（参照本实验室过去的研究） | 第35-36页 |
| 1.1.5 主要的生物信息学网站及分析软件 | 第36-37页 |
| 1.2 试验方法 | 第37-46页 |
| 1.2.1 猪不同分化潜能细胞的lncRNA/mRNA文库构建及测序 | 第37-40页 |
| 1.2.2 猪iPSCs细胞lncRNA/mRNA鉴定及转录组特征 | 第40-41页 |
| 1.2.3 猪不同分化潜能细胞的mRNA和lncRNA差异表达分析 | 第41-45页 |
| 1.2.4 差异表达lncRNA的靶基因预测 | 第45-46页 |
| 2 结果 | 第46-69页 |
| 2.1 总RNA质量 | 第46页 |
| 2.2 序列质量处理 | 第46-47页 |
| 2.3 rRNA的去除 | 第47页 |
| 2.4 序列在基因和染色体上的分布 | 第47-49页 |
| 2.5 测序结果的覆盖深度和均一性 | 第49-50页 |
| 2.6 已知mRNA、已知lncRNA的鉴定 | 第50页 |
| 2.7 新转录本的预测及蛋白结构域 | 第50-51页 |
| 2.8 已知mRNA及基因的差异表达概况 | 第51-55页 |
| 2.9 差异基因的KEGG分析 | 第55-58页 |
| 2.10 差异基因的GO分析 | 第58-60页 |
| 2.11 已知lncRNA的差异表达分析 | 第60-61页 |
| 2.12 新lncRNA的差异表达分析 | 第61页 |
| 2.13 新lncRNA的二级结构预测 | 第61-63页 |
| 2.14 测序结果的实时定量PCR验证 | 第63-67页 |
| 2.15 差异lncRNA的靶基因预测 | 第67-68页 |
| 2.16 靶基因的功能分析 | 第68-69页 |
| 3 讨论 | 第69-73页 |
| 3.1 试验材料的选择 | 第69-70页 |
| 3.2 测序结果质量评价 | 第70页 |
| 3.3 基因和lncRNA的差异表达分析 | 第70-71页 |
| 3.4 LncRNA的靶基因预测 | 第71-73页 |
| 4 结论 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-87页 |
| 附录A pADSCs文库序列在染色体上的分布图 | 第87-88页 |
| 附录B piPSCs文库序列在染色体上的分布图 | 第88-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
| 个人简历 | 第90-92页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第92页 |
