| 缩略词表 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 前言 | 第13-18页 |
| 第一章 菌株采集与全基因组测序 | 第18-21页 |
| 1 菌株收集及背景信息 | 第18-19页 |
| 2 全基因组测序、组装以及基因预测和功能注释 | 第19-20页 |
| 3 小结与讨论 | 第20-21页 |
| 第二章 全基因组SNP变异及种群多样性分析 | 第21-31页 |
| 1 单核苷酸变异分析 | 第21-23页 |
| ·SNP鉴定策略 | 第21-22页 |
| ·SNP鉴定结果统计 | 第22-23页 |
| 2 种群结构与遗传多样性 | 第23-28页 |
| ·256 株菌的系统发育分析 | 第23-25页 |
| ·不同种群核苷酸多样性计算 | 第25-26页 |
| ·新发现两个类大肠杆菌分支 | 第26-28页 |
| 3 GMB菌株的时空分布规律 | 第28-30页 |
| ·不同年份每个分离地点GMB的组成 | 第28-29页 |
| ·遗传距离与采样地点和采样时间之间的关系 | 第29-30页 |
| 4 小结与讨论 | 第30-31页 |
| 第三章 ECOR和GMB的种群进化推动力 | 第31-40页 |
| 1 Tajima’s D中性检验 | 第31-32页 |
| ·Tajima’s D简介与计算方法 | 第31页 |
| ·Tajima’s D分析结果 | 第31-32页 |
| 2 选择压力分析及正向选择检测 | 第32-38页 |
| ·Ka/Ks简介与计算方法 | 第32-33页 |
| ·ECOR和GMB两种群正向选择检测 | 第33-36页 |
| ·受正向选择作用基因的功能分析 | 第36-38页 |
| 3 小结与讨论 | 第38-40页 |
| 第四章 与植物体内生存相关的基因元件鉴定 | 第40-47页 |
| 1 基因组片段获得缺失鉴定策略 | 第40-41页 |
| 2 附属基因组在测序样本中的存在缺失情况 | 第41-42页 |
| 3 基因型B1群GMB菌株片段获得缺失分析 | 第42-45页 |
| 4 小结与讨论 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-52页 |
| 附录 | 第52-73页 |
| 附录1 GMB菌株的采样信息 | 第52-56页 |
| 附录2 测序样本的组装结果统计信息 | 第56-62页 |
| 附录3 各分支代表株与Y1/Y2分支菌株的ANI计算结果 | 第62-63页 |
| 附录4 类分支/其他埃希氏菌属与Y1/Y2分支菌株ANI计算结果 | 第63-64页 |
| 附录5 ECOR和GMB种群Ka/Ks异常值 | 第64-71页 |
| 附录6 植物体内生存相关基因元件BLAST比对结果 | 第71-73页 |
| 个人简历 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
