| 中文摘要 | 第1-9页 |
| 英文摘要 | 第9-11页 |
| 缩略语 | 第11-13页 |
| 前言 | 第13-20页 |
| 1. 肠道病毒及肠道病毒71型概述 | 第13-14页 |
| 2. 分子病毒学研究背景及当前研究现况 | 第14-18页 |
| 3. EV71在我国的流行情况 | 第18-20页 |
| 材料和方法 | 第20-38页 |
| 1. HFMD的监测 | 第20-21页 |
| 2. 标本采集及运输 | 第21-23页 |
| 3. 标本处理 | 第23-24页 |
| 4. 标本中肠道病毒核酸检测 | 第24-30页 |
| 5. 病毒分离培养和鉴定 | 第30-31页 |
| 6. 序列测定 | 第31-32页 |
| 7. GenBank来源序列的收集整理 | 第32-33页 |
| 8. 生物信息学分析 | 第33-38页 |
| 结果 | 第38-70页 |
| 1. 中国大陆HFMD监测 | 第38-41页 |
| 2. 我国EV71分子流行病学(基于VP1区) | 第41-51页 |
| ·用于分析的VP1序列 | 第41-43页 |
| ·我国EV71分子流行病学 | 第43-51页 |
| ·构建我国EV71亲缘性关系树 | 第44-46页 |
| ·C4亚型EV71在我国的流行特征 | 第46-49页 |
| ·C4亚型EV71在我国的起源和进化 | 第49-50页 |
| ·对我国C4的种群动态变化的推测 | 第50-51页 |
| 3. 我国EV71的基因组进化分析 | 第51-70页 |
| ·用于分析的基因组序列 | 第51-52页 |
| ·基于基因组序列的亲缘性分析 | 第52-60页 |
| ·非蛋白编码区 | 第53页 |
| ·结构蛋白编码区 | 第53-54页 |
| ·非结构蛋白编码区 | 第54-60页 |
| ·C4亚型毒株各基因序列差异分析 | 第60-63页 |
| ·全基因组序列相似性曲线 | 第63-67页 |
| ·各基因的选择位点分析 | 第67-70页 |
| 讨论 | 第70-77页 |
| 1. 对我国HFMD暴发应对的启示 | 第70-71页 |
| ·低年龄组婴幼儿为开展HFMD控制的目标人群 | 第70-71页 |
| ·对EV71感染的控制是我国HFMD暴发应对的关键 | 第71页 |
| 2. EV71在我国的流行状况 | 第71-73页 |
| ·C4亚型为我国流行EV71的优势基因型 | 第71-72页 |
| ·2007年以来的HFMD大暴发是固有病毒引起的新发流行 | 第72-73页 |
| ·关于我国新发EV71大流行原因的探讨 | 第73页 |
| 3. 我国C4亚型EV71的进化特征 | 第73-76页 |
| ·C4亚型毒株在我国持续传播过程中不断发生进化 | 第73-75页 |
| ·基因重组在C4亚型毒株广泛存在 | 第75-76页 |
| 4. 展望 | 第76-77页 |
| 小结 | 第77-78页 |
| 综述 | 第78-90页 |
| 参考文献 | 第83-90页 |
| 致谢 | 第90-92页 |
| 附录 | 第92-114页 |
| 附表1. 来自Genb-k的VP1序列信息表 | 第92-111页 |
| 附表2. 来自Genb-k的全基因组序列信息表 | 第111-114页 |
| 与课题相关文章的发表 | 第114-137页 |