| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-23页 |
| 前言 | 第23-28页 |
| 第一部分 寻常型银屑病患者皮损组织和非皮损组织DNA甲基化谱 | 第28-104页 |
| 第一节 寻常型银屑病患者皮损组织和非皮损组织DNA甲基化测序 | 第28-76页 |
| 研究背景 | 第28-29页 |
| 材料与方法 | 第29-45页 |
| 1. 研究对象 | 第29-30页 |
| ·入选标准 | 第29页 |
| ·PASI评分 | 第29-30页 |
| 2. 主要仪器设备及试剂 | 第30-31页 |
| ·主要实验仪器 | 第30页 |
| ·主要试剂及耗材 | 第30-31页 |
| 3. 实验方法 | 第31-43页 |
| ·寻常型银屑病皮损区、非皮损区及正常皮肤组织中DNA的提取 | 第31-32页 |
| ·组织基因组DNA超声打断 | 第32页 |
| ·构建文库 | 第32-33页 |
| ·Adenylate 3'Ends | 第33-34页 |
| ·Ligate Adapters | 第34-35页 |
| ·Purify Ligation Products | 第35-36页 |
| ·Enrich DNA Fragments | 第36-38页 |
| ·Purify Final Product | 第38-39页 |
| ·Validate Library | 第39页 |
| ·Library Quantitation | 第39页 |
| ·亚硫酸氢盐转化 | 第39-40页 |
| ·Methylated DNA Immunoprecipitation | 第40-42页 |
| ·QIAquick Gel Extraction Kit | 第42-43页 |
| ·PCR反应 | 第43页 |
| 4. 信息分析 | 第43-45页 |
| 结果 | 第45-76页 |
| 1. 数据处理 | 第45页 |
| 2. MeDIP-Seq序列与参考序列的比对 | 第45页 |
| 3. DMRs数量 | 第45-46页 |
| 4. 不同特征基因区域中甲基化异常改变的基因数量 | 第46-47页 |
| 5. MeDIP-Seq数据的全基因组分布趋势 | 第47-48页 |
| 6. MeDIP-Seq测序reads在全基因组上的覆盖深度 | 第48-50页 |
| 7. MeDIP-Seq测序reads在CG、CHG和CHH位点上的覆盖深度 | 第50-52页 |
| 8. MeDIP-Seq测序reads在CG、CHG和CHH位点上的覆盖深度 | 第52-56页 |
| 9. MeDIP-Seq测序reads在不同CpG密度区域中的分布 | 第56-58页 |
| 10. MeDIP-Seq测序reads在不同基因功能组件上的分布 | 第58-62页 |
| 11. MeDIP-Seq测序reads在基因组件及其上下2000bp的平均覆盖深度分布趋势 | 第62页 |
| 12. 统计MeDIP-Seq数据富集区域(Peak)的信息 | 第62-63页 |
| 13. Peak长度数量及比例分布统计 | 第63-65页 |
| 14. 单个样品Peak的不同CpG密度分布统计 | 第65-67页 |
| 15. 统计Peak在不同基因功能组件上的分布 | 第67-70页 |
| 16. 基于Peak的多样品间差异性分析 | 第70-72页 |
| 17. 对两个样品间的差异基因进行GO功能富集分析 | 第72-75页 |
| 18. 对两个样品间的差异基因进pathway功能分析 | 第75-76页 |
| 第二节 寻常型银屑病患者皮损组织和非皮损组织PDCD5和TIMP2基因调控序列甲基化水平研究 | 第76-104页 |
| 研究背景 | 第76页 |
| 材料和方法 | 第76-88页 |
| 1. 研究对象 | 第76-77页 |
| 2. 主要仪器设备及试剂 | 第77-79页 |
| ·主要实验仪器 | 第77-78页 |
| ·主要试剂及耗材 | 第78页 |
| ·其他常用试剂 | 第78-79页 |
| ·克隆所用试剂配置 | 第79页 |
| 3. 实验方法 | 第79-87页 |
| ·组织DNA提取 | 第79-80页 |
| ·DNA浓度测定 | 第80-81页 |
| ·DNA亚硫酸氢钠处理 | 第81-82页 |
| ·亚硫酸氢盐处理后DNA的PCR扩增反应 | 第82-83页 |
| ·PCR产物的纯化回收 | 第83-84页 |
| ·PCR产物连接反应 | 第84页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第84-85页 |
| ·感受态细胞转化实验 | 第85-86页 |
| ·重组质粒的鉴定和挑选 | 第86页 |
| ·菌液PCR反应 | 第86-87页 |
| 4. 统计学方法 | 第87-88页 |
| 结果 | 第88-100页 |
| 1. PDCD5 PCR扩增反应电泳结果 | 第88-89页 |
| 2. PDCD5 PCR扩增产物胶回收纯化鉴定结果 | 第89-90页 |
| 3. PDCD5菌液PCR结果 | 第90页 |
| 4. TIMP2 PCR扩增反应电泳结果 | 第90-92页 |
| 5. TIMP2 PCR扩增产物胶回收纯化鉴定结果 | 第92页 |
| 6. TIMP2菌液PCR结果 | 第92-93页 |
| 7. PDCD5和TIMP2亚硫酸氢盐测序结果 | 第93-100页 |
| 讨论 | 第100-103页 |
| 结论 | 第103-104页 |
| 第二部分 寻常型银屑病患者皮损区和非皮损区PDCD5和TIMP2基因表达及其与DNA甲基化相关性分析 | 第104-118页 |
| 研究背景 | 第104页 |
| 材料与方法 | 第104-112页 |
| 1. 研究对象 | 第104-105页 |
| 2. 主要仪器设备及试剂 | 第105-106页 |
| ·主要实验仪器 | 第105-106页 |
| ·主要试剂及耗材 | 第106页 |
| ·其他常用试剂 | 第106页 |
| 3. 实验方法 | 第106-111页 |
| ·寻常型银屑病患者皮损区、非皮损区及正常健康对照者皮损组织RNA的提取 | 第106-107页 |
| ·RNA浓度的测定 | 第107页 |
| ·RNA质量检测 | 第107-108页 |
| ·RNA逆转录为cDNA | 第108-109页 |
| ·引物设计与合成 | 第109-110页 |
| ·Real-time PCR反应 | 第110-111页 |
| 4. 统计学方法 | 第111-112页 |
| 结果 | 第112-118页 |
| 1. RNA质量鉴定 | 第112页 |
| 2. 寻常型银屑病患者皮损区、非皮损区及正常健康对照者皮肤组织中PDCD #5和TIMP2 mRNA表达量检测 | 第112-116页 |
| 3. 寻常型银屑病患者皮损区、非皮损区及正常健康对照者皮肤组织中PDCD5和TIMP2 DNA甲基化与基因表达之间相关性分析 | 第116-118页 |
| 讨论 | 第118-120页 |
| 结论 | 第120-121页 |
| 参考文献 | 第121-124页 |
| 综述一 | 第124-133页 |
| 参考文献 | 第131-133页 |
| 综述二 | 第133-145页 |
| 参考文献 | 第140-145页 |
| 致谢 | 第145-146页 |
| 攻读学位期间主要的研究成果 | 第146-147页 |
