| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 微生物中芳香族化合物降解基因簇转录调控的研究进展 | 第13-36页 |
| ·微生物中苯胺降解基因簇的研究进展 | 第13-19页 |
| ·微生物中苯胺降解基因簇代谢途径的研究 | 第13-15页 |
| ·微生物苯胺降解基因簇的克隆 | 第15-19页 |
| ·微生物中苯胺代谢表达调控的研究 | 第19-20页 |
| ·基因水平上苯胺降解基因簇的表达调控研究 | 第19页 |
| ·蛋白质组水平研究苯胺的代谢调控 | 第19页 |
| ·利用代谢工程研究苯胺降解基因簇的表达调控 | 第19-20页 |
| ·微生物中芳香组化合物降解基因簇转录调控的研究进展 | 第20-30页 |
| ·LysR-type转录调节蛋白 | 第20-25页 |
| ·IclR-type调控蛋白 | 第25-26页 |
| ·AraC-type调控蛋白 | 第26页 |
| ·XylR/NtrC-type调控蛋白 | 第26-27页 |
| ·GntR-type调控蛋白 | 第27页 |
| ·TetR-, MarM-和FNR-type调控蛋白 | 第27-28页 |
| ·双成分信号家族调控蛋白 | 第28-29页 |
| ·细胞生理水平的高级调控 | 第29-30页 |
| ·提高芳烃化合物降解能力的策略 | 第30-32页 |
| ·通过代谢工程构建新的降解途径 | 第30页 |
| ·利用蛋白质工程提高降解效率 | 第30-31页 |
| ·提高降解菌的环境适应性 | 第31页 |
| ·提高污染物的生物可利用度 | 第31-32页 |
| ·生物安全性 | 第32页 |
| ·邻苯二酚2,3-双加氧酶的研究进展 | 第32-35页 |
| ·邻苯二酚2,3-双加氧酶结构 | 第32-33页 |
| ·邻苯二酚2,3-双加氧酶的反应机制 | 第33页 |
| ·邻苯二酚2,3-双加氧酶在不同菌属中的功能 | 第33-35页 |
| ·苯胺降解基因簇中邻苯二酚2,3-双加氧酶的功能 | 第35页 |
| ·本论文的立题依据 | 第35-36页 |
| 第二章 LysR-type调控蛋白TadR的功能鉴定 | 第36-54页 |
| ·材料 | 第36-38页 |
| ·菌株和质粒 | 第36-37页 |
| ·酶，试剂和试剂盒 | 第37页 |
| ·培养基 | 第37-38页 |
| ·主要仪器 | 第38页 |
| ·抗生素 | 第38页 |
| ·方法 | 第38-44页 |
| ·质粒DNA的提取 | 第38页 |
| ·基因组DNA提取 | 第38-39页 |
| ·PCR扩增及纯化 | 第39-41页 |
| ·酶切及连接反应 | 第41页 |
| ·高效率转化感受态细胞的制备、转化 | 第41-42页 |
| ·重组子的筛选与鉴定 | 第42页 |
| ·三亲接合 | 第42-43页 |
| ·苯胺的测定采用偶氮比色法 | 第43-44页 |
| ·β-半乳糖苷酶活性分析 | 第44页 |
| ·结果 | 第44-51页 |
| ·TadR蛋白序列分析 | 第44-45页 |
| ·调控蛋白TadR突变株的构建过程 | 第45-47页 |
| ·tadR互补菌株的构建 | 第47-48页 |
| ·野生型AD9、突变株AD91、互补菌株AD94 的特征及生理生化测定 | 第48-49页 |
| ·tadQ启动子验证载体的构建 | 第49-50页 |
| ·ONPG法定量测定结合子的β-半乳糖苷酶活性 | 第50-51页 |
| ·讨论 | 第51-54页 |
| 第三章 苯胺降解基因簇tad操纵子的分析 | 第54-69页 |
| ·材料 | 第54-56页 |
| ·菌株和质粒 | 第54-55页 |
| ·酶，试剂及主要仪器 | 第55页 |
| ·培养基与抗生素 | 第55页 |
| ·引物 | 第55-56页 |
| ·方法 | 第56页 |
| ·结果与分析 | 第56-64页 |
| ·AD9 苯胺降解基因簇中tadD2 的诱导型启动子的预测 | 第56-57页 |
| ·tadD2 启动子验证载体的构建 | 第57页 |
| ·tadD2 启动子的活性和诱导谱分析 | 第57-59页 |
| ·tadD2 启动子结构分析 | 第59-60页 |
| ·tadQ启动子的诱导谱分析 | 第60-61页 |
| ·tadQ启动子结构分析 | 第61-63页 |
| ·OrfS的结构分析 | 第63页 |
| ·OrfS的系谱分析 | 第63-64页 |
| ·讨论 | 第64-69页 |
| 第四章 TadR调控蛋白在苯胺降解基因簇中的功能研究 | 第69-92页 |
| ·材料 | 第69-72页 |
| ·菌株和质粒 | 第69-70页 |
| ·酶，试剂，试剂盒及主要仪器 | 第70页 |
| ·培养基与抗生素 | 第70页 |
| ·PCR引物 | 第70-71页 |
| ·SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳用溶液及缓冲液 | 第71页 |
| ·纯化His-Tag融合蛋白的NTA缓冲液的配制 | 第71-72页 |
| ·凝胶阻滞试剂配置 | 第72页 |
| ·原理 | 第72-73页 |
| ·凝胶阻滞实验原理 | 第72页 |
| ·实时荧光定量PCR(qRT-PCR)原理 | 第72-73页 |
| ·方法 | 第73-80页 |
| ·SDS-PAGE蛋白电泳操作 | 第73-74页 |
| ·融合蛋白的诱导表达 | 第74页 |
| ·蛋白表达形式的分析 | 第74页 |
| ·TadR-His融合蛋白的纯化 | 第74-75页 |
| ·总蛋白的测定 | 第75页 |
| ·凝胶阻滞实验 | 第75-77页 |
| ·反转录样品的处理 | 第77页 |
| ·细菌总RNA的提取 | 第77-78页 |
| ·第一链cDNA的反转录合成 | 第78页 |
| ·PCR反应体系及反应条件 | 第78-79页 |
| ·实时荧光定量PCR（qRT-PCR）的实验过程 | 第79-80页 |
| ·数据分析 | 第80页 |
| ·其它的实验方法 | 第80页 |
| ·结果与分析 | 第80-91页 |
| ·原核表达载体pETR的构建 | 第80页 |
| ·融合蛋白TadR的表达与分析 | 第80-82页 |
| ·融合蛋白TadR的纯化与分析 | 第82-83页 |
| ·探针的标记结果 | 第83页 |
| ·TadR蛋白与探针的结合实验 | 第83-84页 |
| ·RNA的提取 | 第84页 |
| ·RT-PCR鉴定AD9 和AD91 中苯胺降解基因簇中各基因转录的表达 | 第84-88页 |
| ·实时荧光定量PCR验证苯胺降解基因簇基因的表达情况 | 第88-91页 |
| ·讨论 | 第91-92页 |
| 第五章 AD9 降解氯代苯胺特征及TadC1, TadC2 功能验证 | 第92-100页 |
| ·材料 | 第92-93页 |
| ·菌株和质粒 | 第92页 |
| ·酶，试剂及主要仪器 | 第92页 |
| ·培养基与抗生素 | 第92页 |
| ·引物 | 第92-93页 |
| ·方法 | 第93-94页 |
| ·代谢产物的检测 | 第93页 |
| ·序列分析及蛋白结构预测 | 第93页 |
| ·邻苯二酚含量的测定(p-aminophenol方法) | 第93-94页 |
| ·邻苯二酚2,3-双加氧酶的测定 | 第94页 |
| ·结果与分析 | 第94-98页 |
| ·AD9 降解特性分析 | 第94-95页 |
| ·tadC1 和tadC2 基因的序列分析及蛋白结构比较 | 第95页 |
| ·原核表达载体pETC1 和pETC2 的构建 | 第95-97页 |
| ·原核表达载体pETC1 和pETC2 表达产物的SDS-PAGE分析 | 第97页 |
| ·邻苯二酚2,3-双加氧酶在大肠杆菌中的表达 | 第97-98页 |
| ·邻苯二酚2,3-双加氧酶酶活测定 | 第98页 |
| ·讨论 | 第98-100页 |
| 结论 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 个人简历 | 第119页 |
