| 中文摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-30页 |
| 1 肠道微生物的研究进展 | 第10-11页 |
| 2 肠道微生物的分子生物学分析方法 | 第11-23页 |
| ·DNA 提取技术 | 第11-15页 |
| ·土壤中微生物总DNA 的提取 | 第11-12页 |
| ·植物微生物总DNA的提取 | 第12页 |
| ·粪便微生物总DNA的提取 | 第12-13页 |
| ·瘤胃微生物总DNA的提取 | 第13页 |
| ·肠道微生物总DNA的提取 | 第13-14页 |
| ·DNA 的纯化 | 第14-15页 |
| ·用于菌群多样性研究的分子生物学技术 | 第15-23页 |
| ·16S rRNA 序列分析 | 第15页 |
| ·16S-23S rRNA 基因序列分析 | 第15-16页 |
| ·核酸杂交技术 | 第16页 |
| ·PCR-RFLP/T-RFLP 技术 | 第16-17页 |
| ·RAPD（随机多态性DNA） | 第17页 |
| ·PCR-SSCP 技术 | 第17-19页 |
| ·PCR-DGGE（变性梯度凝胶电泳） | 第19-23页 |
| 3 本研究的意义和主要内容 | 第23页 |
| 参考文献 | 第23-30页 |
| 第二章 用于鹅肠道细菌区系分子生态学研究核酸提取方法的筛选 | 第30-39页 |
| 1 材料与方法 | 第30-32页 |
| ·材料 | 第30页 |
| ·样品处理 | 第30页 |
| ·细胞裂解方法 | 第30-31页 |
| ·肠道微生物总DNA的定量和纯度检测 | 第31页 |
| ·PCR 扩增和产物的检测 | 第31-32页 |
| ·变性梯度凝胶电泳（Denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE） | 第32页 |
| ·变性胶的制备 | 第32页 |
| ·PCR 样品的加样 | 第32页 |
| ·电泳及染色 | 第32页 |
| 2 实验仪器及试剂 | 第32-33页 |
| ·主要仪器设备 | 第32页 |
| ·主要试剂及配制方法 | 第32-33页 |
| 3 结果 | 第33-36页 |
| ·8 种细胞裂解方法获得的核酸的浓度和纯度的比较 | 第33页 |
| ·8 种细胞裂解方法所用的步骤、时间、成本费的比较 | 第33-34页 |
| ·肠道微生物总 DNA 的 PCR 扩增 | 第34-35页 |
| ·不同细胞裂解方法获得的核酸PCR产物的DGGE图谱分析 | 第35-36页 |
| 4 讨论 | 第36-37页 |
| 5 小结 | 第37页 |
| 参考文献 | 第37-39页 |
| 第三章 鹅肠道细菌区系的 SSCP 体系构建 | 第39-49页 |
| 1 材料和方法 | 第39-42页 |
| ·试验材料 | 第39页 |
| ·PCR 反应体系及程序 | 第39页 |
| ·单链构象多态性（Single-Strand-Conformation Polymorphism，SSCP） | 第39-40页 |
| ·电泳装置的准备 | 第39-40页 |
| ·凝胶的制备 | 第40页 |
| ·SSCP | 第40页 |
| ·银染 | 第40页 |
| ·λ-核酸外切酶切除反义链的步骤 | 第40页 |
| ·SSCP 胶上分离的16S rRNA 条带的回收及二次 PCR | 第40页 |
| ·PCR 产物的克隆 | 第40-42页 |
| ·感受态大肠杆菌的制备 | 第40-41页 |
| ·DNA 片段的连接 | 第41页 |
| ·连接产物转化感受态大肠杆菌 | 第41页 |
| ·挑选白色单菌落 | 第41页 |
| ·质粒提取步骤 | 第41-42页 |
| ·重组子的鉴定 | 第42页 |
| 2 结果与分析 | 第42-45页 |
| ·SSCP 条件的摸索 | 第42-43页 |
| ·单链构象多态性电泳（SSCP）分析及片段的克隆测序 | 第43-45页 |
| 3 讨论 | 第45-47页 |
| ·SSCP 条件的摸索 | 第45-46页 |
| ·SSCP 方法的探讨 | 第46-47页 |
| 4 小结 | 第47页 |
| 参考文献 | 第47-49页 |
| 第四章 应用变性梯度凝胶电泳研究鹅肠道细菌菌群的多样性 | 第49-70页 |
| 1 材料与方法 | 第49-53页 |
| ·样品的采集和处理 | 第49页 |
| ·实验仪器及试剂 | 第49页 |
| ·主要仪器设备 | 第49页 |
| ·主要试剂 | 第49页 |
| ·PCR 引物序列 | 第49-50页 |
| ·16S rRNA 片段的 PCR 扩增 | 第50-51页 |
| ·PCR 扩增反应体系 | 第50页 |
| ·PCR 扩增反应程序 | 第50-51页 |
| ·PCR 产物检测 | 第51页 |
| ·变性梯度凝胶电泳（DGGE） | 第51-52页 |
| ·变性梯度凝胶的制备 | 第51页 |
| ·灌胶，电泳与染色 | 第51-52页 |
| ·DGGE 胶上分离的16S rRNA 条带的回收 | 第52页 |
| ·16S rRNA 片段的 PCR 再扩增 | 第52-53页 |
| ·测序与序列分析 | 第53页 |
| 2 结果与结论 | 第53-67页 |
| ·5 个肠道 DNA 样的 PCR 扩增 | 第53-54页 |
| ·DGGE 指纹图谱的建立及分析 | 第54-56页 |
| ·16S rRNA 的再扩增及测序结果 | 第56-58页 |
| ·基于16S rRNA 序列的同源性分析及系统发育树分析 | 第58-63页 |
| ·十二指肠内优势菌群的组成与系统发育树分析 | 第58-60页 |
| ·空肠内优势菌群的组成与系统发育树分析 | 第60-61页 |
| ·回肠内优势菌群的组成与系统发育树分析 | 第61页 |
| ·盲肠内优势菌群的组成 | 第61-62页 |
| ·结肠内优势菌群的组成 | 第62-63页 |
| ·不同肠段优势细菌的系统发育分析 | 第63-65页 |
| ·研究方法的评价 | 第65-67页 |
| 3 小结 | 第67页 |
| 参考文献 | 第67-70页 |
| 结论 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第72-73页 |
