| 中文摘要 | 第1-13页 |
| ABSTRACT | 第13-16页 |
| 第一篇 文献综述 | 第16-32页 |
| 第一章 志贺菌致病机制及分子流行病学研究进展 | 第16-23页 |
| 1 志贺菌的致病机理 | 第17页 |
| 2 志贺菌侵染过程的分子机制 | 第17-18页 |
| 3 志贺菌的毒力相关基因 | 第18-20页 |
| ·位于染色体上的毒力相关基因 | 第18-19页 |
| ·位于毒力大质粒上的主要毒力相关基因 | 第19-20页 |
| 4 志贺菌分子流行病学 | 第20-21页 |
| ·质粒图谱与限制性内切酶图谱 | 第20页 |
| ·核酸分子杂交与PCR | 第20-21页 |
| ·多位点酶电泳 | 第21页 |
| ·16S rRNA基因序列分析及RAPD技术 | 第21页 |
| 5 志贺菌研究中需要解决的问题及展望 | 第21-23页 |
| 第二章 DNA标记技术的研究进展 | 第23-27页 |
| 1 RFLP标记 | 第23-24页 |
| 2 RAPD标记 | 第24页 |
| 3 小卫星及微卫星标记 | 第24-25页 |
| 4 AFLP技术 | 第25页 |
| 5 PCR-SSCP标记 | 第25-26页 |
| 6 其它 | 第26页 |
| 7 结束语 | 第26-27页 |
| 第三章 16S rRNA基因分析技术在细菌分类中的应用研究进展 | 第27-32页 |
| 1 16S rRNA编码基因及其特点 | 第27页 |
| 2 16S rRNA基因序列分析的基本原理和方法 | 第27-28页 |
| 3 16S rRNA基因序列分析在细菌分类鉴定中的实际应用 | 第28-29页 |
| ·鉴别常见病原菌 | 第28-29页 |
| ·鉴别难以区别的细菌 | 第29页 |
| ·鉴定分枝杆菌 | 第29页 |
| ·鉴定微环境中存在的多种细菌 | 第29页 |
| 4 分析16S rRNA基因的其他常用研究方法 | 第29-31页 |
| ·DNA多态性分析 | 第29-30页 |
| ·核酸印迹杂交(Blot Hybridization)及基因芯片(GeneChip)技术 | 第30页 |
| ·通用引物PCR(UP-PCR)结合探针杂交技术 | 第30页 |
| ·UP-PCR结合限制性内切酶图谱 | 第30-31页 |
| 5 结语 | 第31-32页 |
| 第二篇 试验研究 | 第32-112页 |
| 引言 | 第32-34页 |
| 第四章 鸡鲍氏志贺菌、鸡白痢沙门菌、鸡大肠杆菌和痢疾志贺菌RAPD鉴别方法的建立 | 第34-56页 |
| 1 材料与方法 | 第36-38页 |
| ·菌株 | 第36页 |
| ·仪器和试剂 | 第36页 |
| ·随机引物 | 第36页 |
| ·细菌基因组的提取 | 第36-37页 |
| ·RAPD反应条件优化 | 第37页 |
| ·RAPD稳定性试验 | 第37页 |
| ·多态性分析 | 第37页 |
| ·根据RAPD指纹图谱绘制亲缘关系树状图 | 第37页 |
| ·相似系数的计算 | 第37页 |
| ·任意两个体之间欧氏遗传距离的计算 | 第37页 |
| ·部分特有扩增片断的克隆、鉴定和测序 | 第37-38页 |
| ·序列分析及系统发育进化树的建立 | 第38页 |
| 2 结果 | 第38-52页 |
| ·DNA模板的质量 | 第38页 |
| ·RAPD反应的可重复性 | 第38-39页 |
| ·多态性分析结果 | 第39-41页 |
| ·分类鉴别 | 第41页 |
| ·相似系数及遗传指数矩阵计算以及亲缘关系树状图生成 | 第41-43页 |
| ·部分特有序列的克隆、鉴定和测序结果 | 第43-44页 |
| ·序列分析和进化树构建 | 第44-52页 |
| ·序列分析结果 | 第44-47页 |
| ·adiY、yjdE、acpS、pdxJ四基因相应进化树 | 第47-52页 |
| 3 讨论 | 第52-56页 |
| 第五章 鸡志贺菌16S rRNA、gyrB、grpE、recA基因克隆、测序及同源性分析 | 第56-78页 |
| 1 材料与方法 | 第57-62页 |
| ·菌株 | 第57页 |
| ·仪器和试剂 | 第57页 |
| ·参考序列 | 第57-58页 |
| ·引物 | 第58-59页 |
| ·PCR模板的提取 | 第59页 |
| ·PCR扩增 | 第59-61页 |
| ·16S rRNA基因扩增 | 第59页 |
| ·gyrB基因扩增. | 第59-60页 |
| ·grpE基因扩增 | 第60页 |
| ·recA基因扩增 | 第60-61页 |
| ·PCR扩增产物的鉴定与纯化 | 第61页 |
| ·16S rRNA等四个基因的克隆 | 第61页 |
| ·含16S rRNA等四个基因的重组质粒的鉴定 | 第61页 |
| ·16S rRNA等四个基因的DNA序列测定 | 第61页 |
| ·DNA序列分析 | 第61-62页 |
| 2 结果 | 第62-75页 |
| ·鸡鲍氏志贺菌分离株16S rRNA等四个基因扩增结果 | 第62页 |
| ·16S rRNA等四个基因的T载体克隆与鉴定结果 | 第62-65页 |
| ·16S rRNA等四个基因的序列同源性 | 第65-67页 |
| ·16S rRNA基因序列同源性 | 第65页 |
| ·gyrB基因序列同源性 | 第65-66页 |
| ·grpE基因序列同源性 | 第66页 |
| ·recA基因序列同源性 | 第66-67页 |
| ·16S rRNA等四个基因的进化关系比较 | 第67-75页 |
| 3 讨论 | 第75-78页 |
| 第六章 鸡鲍氏志贺菌八个管家基因的克隆测序与进化分析 | 第78-99页 |
| 1 材料与方法 | 第78-85页 |
| ·菌株 | 第78页 |
| ·仪器和试剂 | 第78-79页 |
| ·引物 | 第79页 |
| ·DNA模板制备 | 第79页 |
| ·PCR反应条件优化 | 第79-83页 |
| ·thrB基因扩增 | 第79-80页 |
| ·thrC基因扩增 | 第80页 |
| ·trpB基因扩增 | 第80-81页 |
| ·trpC基因扩增 | 第81页 |
| ·purM基因扩增 | 第81-82页 |
| ·purN基因扩增 | 第82页 |
| ·mdh基因扩增 | 第82-83页 |
| ·argR基因扩增 | 第83页 |
| ·8个基因的克隆与测序 | 第83页 |
| ·鸡志贺菌八个管家基因的序列分析与系统遗传进化树的构建 | 第83-85页 |
| 2 结果与分析 | 第85-95页 |
| ·8个管家基因的PCR扩增结果 | 第85-86页 |
| ·PCR扩增产物的克隆、鉴定与测序结果 | 第86-90页 |
| ·鸡志贺菌八个管家基因序列的分析结果与系统进化树 | 第90-95页 |
| 3 讨论 | 第95-99页 |
| ·鸡鲍氏志贺菌株的起源 | 第95-96页 |
| ·鸡志贺菌表型的趋同进化 | 第96-97页 |
| ·鸡志贺菌进化年龄 | 第97-99页 |
| 第七章 鸡鲍氏志贺菌O抗原基因簇的扩增与序列测定 | 第99-112页 |
| 1 材料与方法 | 第100-103页 |
| ·菌株 | 第100页 |
| ·仪器和试剂 | 第100页 |
| ·引物 | 第100-101页 |
| ·PCR模板的提取 | 第101页 |
| ·O抗原基因簇的扩增 | 第101页 |
| ·O抗原基因簇扩增产物的电泳与纯化 | 第101-102页 |
| ·O抗原基因簇PCR扩增产物的鉴定 | 第102-103页 |
| ·galF基因的扩增 | 第102页 |
| ·gnd基因的扩增 | 第102-103页 |
| ·galF、gnd基因扩增产物的电泳 | 第103页 |
| ·galF、gnd基因扩增产物纯化 | 第103页 |
| ·galF、gnd基因的克隆 | 第103页 |
| ·galF、gnd基因的DNA序列测定 | 第103页 |
| ·galF基因的DNA序列同源性分析 | 第103页 |
| ·O抗原基因簇的克隆 | 第103页 |
| ·含O抗原基因簇的重组质粒的鉴定 | 第103页 |
| ·O抗原基因簇的DNA序列测定 | 第103页 |
| 2 结果 | 第103-108页 |
| ·鸡鲍氏志贺菌O抗原基因簇扩增结果 | 第104页 |
| ·O抗原基因簇PCR扩增产物的鉴定 | 第104-108页 |
| ·galF、gnd基因的PCR扩增结果 | 第104页 |
| ·galF、gnd基因的T载体克隆与鉴定 | 第104-106页 |
| ·galF、gnd基因的DNA序列 | 第106页 |
| ·galF基因的DNA序列同源性分析 | 第106-108页 |
| ·O抗原基因簇的克隆与鉴定 | 第108页 |
| ·O抗原基因簇的序列 | 第108页 |
| 3 讨论 | 第108-112页 |
| 全文结论 | 第112-114页 |
| 参考文献 | 第114-125页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第125-127页 |
| 致谢 | 第127-128页 |
