| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第一部分 长江口及其邻近海域沉积环境细菌多样性研究 | 第14-39页 |
| 前言 | 第14页 |
| 1 长江口及其邻近海域生态与环境状况 | 第14-21页 |
| ·长江口及其邻近海域环境特点 | 第14-16页 |
| ·水文特点 | 第14页 |
| ·水化学特征 | 第14-15页 |
| ·沉积环境特点 | 第15-16页 |
| ·分子生态学方法广泛应用于微生物研究 | 第16-18页 |
| ·限制性片段长度多态性分析 | 第16页 |
| ·末端限制性片段长度多态性分析 | 第16-17页 |
| ·克隆文库分析法 | 第17页 |
| ·变性梯度凝胶电泳（DGGE）或者温度梯度凝胶电泳（TGGE） | 第17-18页 |
| ·单链构象多态性方法 | 第18页 |
| ·以 PCR 为基础的分子生态学方法普遍存在的潜在问题 | 第18-19页 |
| ·样品总 DNA 的提取效率 | 第18页 |
| ·PCR 产生的偏差 | 第18-19页 |
| ·16SrRNA 序列分析技术作为微生物分类鉴定的理论依据 | 第19-20页 |
| ·本文的研究目的意义 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-26页 |
| ·实验材料 | 第21-22页 |
| ·基本方法 | 第22-26页 |
| ·样品基因组DNA 的提取 | 第22页 |
| ·16S rRNA 基因文库构建及序列分析 | 第22-26页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第22-23页 |
| ·细菌 16S rRNA 基因片断的扩增 | 第23页 |
| ·PCR 产物的纯化与连接 | 第23页 |
| ·重组载体的转化 | 第23-24页 |
| ·扩增的 16S rRNA 基因基因的限制性酶切分析 | 第24-25页 |
| ·16S rRNA 基因测序及系统进化分析 | 第25页 |
| ·多样性覆盖率、多样性指数和稀释曲线分析 | 第25-26页 |
| 3 结果与分析 | 第26-37页 |
| ·PCR扩增产物的限制性酶切分析（ARDRA） | 第26-29页 |
| ·16S rRNA 基因序列系统进化分析 | 第29-37页 |
| ·变形菌门（Proteobcteria phylum）序列分析 | 第35页 |
| ·绿弯菌门（Chloroflexi phylum）序列分析 | 第35-36页 |
| ·浮霉菌门（Planctomycetes phylum）序列分析 | 第36页 |
| ·酸杆菌门（Acidobacteria phylum）序列分析 | 第36页 |
| ·放线菌门（Actinobacteria phylum）序列分析 | 第36页 |
| ·拟杆菌门 （Bacteroidetes phylum）序列分析 | 第36页 |
| ·其它门类序列分析 | 第36-37页 |
| 4 讨论 | 第37-39页 |
| 第二部分 一株深海嗜低温萘降解细菌Nah-1 （Cycloclasticus sp.）的分离及降解基因研究 | 第39-56页 |
| 前言 | 第39页 |
| 1 深海及其环境特点 | 第39-47页 |
| ·深海环境特点 | 第39-40页 |
| ·海洋微生物的生物多样性 | 第40页 |
| ·深海微生物的开发利用 | 第40页 |
| ·PAHs及对海洋环境污染的概况 | 第40-43页 |
| ·PAHs 及其危害 | 第40-41页 |
| ·海洋PAHs 污染的来源 | 第41-42页 |
| ·PAHs 污染的生物修复（Bioremediation） | 第42-43页 |
| ·降解PAHs 的微生物 | 第43页 |
| ·PAHs 微生物降解的一般途径 | 第43-44页 |
| ·PAHs 降解菌及降解基因研究进展 | 第44-46页 |
| ·解环菌（Cycloclasticus）的研究进展 | 第44-45页 |
| ·海洋微生物对萘的生物降解 | 第45-46页 |
| ·本文的研究目的及意义 | 第46-47页 |
| 2 材料与方法 | 第47-50页 |
| ·实验材料 | 第47页 |
| ·ONR7a 培养基 | 第47-48页 |
| ·主要实验仪器 | 第48页 |
| ·基本方法 | 第48-50页 |
| ·萘降解细菌的分离及形态观察 | 第48-49页 |
| ·生长条件及生长曲线测定 | 第49页 |
| ·16S rDNA 片断的扩增 | 第49-50页 |
| ·萘降解基因的 PCR 检测 | 第50页 |
| 3 结果与分析 | 第50-54页 |
| ·萘降解菌株的分离及形态观察 | 第50-51页 |
| ·底物浓度对菌株生长的影响 | 第51页 |
| ·盐度对菌株生长的影响 | 第51-52页 |
| ·温度对菌株生长的影响 | 第52页 |
| ·生长曲线 | 第52-53页 |
| ·16S rDNA 系统发育分析 | 第53-54页 |
| ·萘降解基因的检测 | 第54页 |
| 4 讨论和结论 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 个人简历 | 第64页 |
| 发表的学术论文 | 第64页 |
