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不同阶段结直肠癌动态转录组与表达调控网络构建的生物信息学分析

摘要第1-8页
ABSTRACT第8-15页
目录第15-17页
主要缩略词简表第17-18页
第一章 前言第18-23页
技术路线第23-25页
第二章 材料与方法第25-47页
第三章 结果第47-109页
 1 芯片扫描图及原始数据第47-52页
   ·芯片扫描图第47页
   ·芯片原始数据第47-52页
 2 不同阶段CRC差异表达基因的动态变化规律第52-88页
   ·不同阶段肿瘤与正常配对组织的差异基因分析-TwoClassDif第53-76页
     ·差异基因筛选第53-54页
     ·差异基因功能分析-Gene Ontology分析第54-60页
     ·差异基因通路分析-Pathway分析第60-65页
     ·构建通路间作用网络Path-net第65-71页
     ·构建差异基因间信号转导网络Signal-Net第71-76页
   ·不同阶段CRC的多分组差异基因分析-MultiClassDif第76-88页
     ·多分组差异基因筛选第76页
     ·差异基因动态表达模式显著性分析(STC)第76-85页
     ·构建动态基因关系网络——Dynamic-Gene-Net第85-88页
 3 不同阶段CRC差异表达miRNA的动态变化规律第88-91页
   ·多分组差异miRNA筛选第88-90页
   ·差异miRNA动态表达模式显著性分析(STC)第90-91页
 4 不同阶段CRC差异miRNA与差异基因的整合分析第91-107页
   ·miRNA靶基因预测第92页
   ·miRNA及其调控靶基因的功能和网络分析第92-105页
     ·差异miRNA调控的差异靶基因的GO分析第92-93页
     ·构建miRNA的靶基因功能调控网络miRNA-GO-network第93-98页
     ·构建差异miRNA的显著性功能靶基因网络:miRNA-Gene-Network第98-101页
     ·差异miRNA调控的差异靶基因的Pathway分析和path-net构建第101-105页
   ·筛选表达呈负相关的差异miRNA及其靶基因第105-107页
 5. 实时定量PCR(Real-time PCR)的验证第107-109页
第四章 讨论第109-136页
 1. 不同演进阶段的动态转录组学变化规律的研究战略第109-111页
 2. 不同演进阶段的动态转录组学变化规律研究战略的实现路径第111-119页
   ·高密度寡核苷酸基因芯片与miRNA芯片技术是研究动态转录组学变化规律的重要工具第112-113页
   ·生物信息学分析是研究动态转录组学变化规律的有效方法第113-119页
     ·芯片数据处理与差异基因筛选的生物信息学方法第114-115页
     ·差异基因和miRNA动态表达模式的构建及其显著性分析的生物信息学方法第115-116页
     ·差异基因的功能分析和通路分析的生物信息学方法第116-117页
     ·基因表达调控网络构建的网络生物学方法第117-119页
 3 CRC不同演进阶段基因表达的动态变化第119-129页
   ·不同阶段肿瘤与正常配对组织的差异分析第119-127页
     ·肿瘤与正常配对组织差异基因的GO分析第119-121页
     ·肿瘤与正常配对组织差异基因的各种信号和代谢通路(pathway)分析第121-124页
     ·肿瘤与正常配对组织差异基因的信号、代谢通路网络(path-net)和基因信号传导网络(signal-net)分析第124-127页
   ·CRC不同阶段的多分组差异基因分析第127-129页
 4. CRC不同演进阶段基因调控网络的动态变化第129-130页
 5. CRC不同演进阶段miRNA/mRNA组的整合对接第130-136页
   ·不同阶段多分组差异miRNA的筛选及其动态表达模式的显著性分析第131-132页
   ·miRNA的靶基因预测与差异基因的交集第132-133页
   ·不同阶段多分组差异miRNA调控的差异靶基因的功能分析和网络构建第133页
   ·动态表达模式的负相关分析第133-136页
第五章 结论第136-137页
参考文献第137-148页
第六章 综述第148-159页
致谢第159-160页
个人简历第160-161页

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