摘要 | 第1-8页 |
ABSTRACT | 第8-15页 |
目录 | 第15-17页 |
主要缩略词简表 | 第17-18页 |
第一章 前言 | 第18-23页 |
技术路线 | 第23-25页 |
第二章 材料与方法 | 第25-47页 |
第三章 结果 | 第47-109页 |
1 芯片扫描图及原始数据 | 第47-52页 |
·芯片扫描图 | 第47页 |
·芯片原始数据 | 第47-52页 |
2 不同阶段CRC差异表达基因的动态变化规律 | 第52-88页 |
·不同阶段肿瘤与正常配对组织的差异基因分析-TwoClassDif | 第53-76页 |
·差异基因筛选 | 第53-54页 |
·差异基因功能分析-Gene Ontology分析 | 第54-60页 |
·差异基因通路分析-Pathway分析 | 第60-65页 |
·构建通路间作用网络Path-net | 第65-71页 |
·构建差异基因间信号转导网络Signal-Net | 第71-76页 |
·不同阶段CRC的多分组差异基因分析-MultiClassDif | 第76-88页 |
·多分组差异基因筛选 | 第76页 |
·差异基因动态表达模式显著性分析(STC) | 第76-85页 |
·构建动态基因关系网络——Dynamic-Gene-Net | 第85-88页 |
3 不同阶段CRC差异表达miRNA的动态变化规律 | 第88-91页 |
·多分组差异miRNA筛选 | 第88-90页 |
·差异miRNA动态表达模式显著性分析(STC) | 第90-91页 |
4 不同阶段CRC差异miRNA与差异基因的整合分析 | 第91-107页 |
·miRNA靶基因预测 | 第92页 |
·miRNA及其调控靶基因的功能和网络分析 | 第92-105页 |
·差异miRNA调控的差异靶基因的GO分析 | 第92-93页 |
·构建miRNA的靶基因功能调控网络miRNA-GO-network | 第93-98页 |
·构建差异miRNA的显著性功能靶基因网络:miRNA-Gene-Network | 第98-101页 |
·差异miRNA调控的差异靶基因的Pathway分析和path-net构建 | 第101-105页 |
·筛选表达呈负相关的差异miRNA及其靶基因 | 第105-107页 |
5. 实时定量PCR(Real-time PCR)的验证 | 第107-109页 |
第四章 讨论 | 第109-136页 |
1. 不同演进阶段的动态转录组学变化规律的研究战略 | 第109-111页 |
2. 不同演进阶段的动态转录组学变化规律研究战略的实现路径 | 第111-119页 |
·高密度寡核苷酸基因芯片与miRNA芯片技术是研究动态转录组学变化规律的重要工具 | 第112-113页 |
·生物信息学分析是研究动态转录组学变化规律的有效方法 | 第113-119页 |
·芯片数据处理与差异基因筛选的生物信息学方法 | 第114-115页 |
·差异基因和miRNA动态表达模式的构建及其显著性分析的生物信息学方法 | 第115-116页 |
·差异基因的功能分析和通路分析的生物信息学方法 | 第116-117页 |
·基因表达调控网络构建的网络生物学方法 | 第117-119页 |
3 CRC不同演进阶段基因表达的动态变化 | 第119-129页 |
·不同阶段肿瘤与正常配对组织的差异分析 | 第119-127页 |
·肿瘤与正常配对组织差异基因的GO分析 | 第119-121页 |
·肿瘤与正常配对组织差异基因的各种信号和代谢通路(pathway)分析 | 第121-124页 |
·肿瘤与正常配对组织差异基因的信号、代谢通路网络(path-net)和基因信号传导网络(signal-net)分析 | 第124-127页 |
·CRC不同阶段的多分组差异基因分析 | 第127-129页 |
4. CRC不同演进阶段基因调控网络的动态变化 | 第129-130页 |
5. CRC不同演进阶段miRNA/mRNA组的整合对接 | 第130-136页 |
·不同阶段多分组差异miRNA的筛选及其动态表达模式的显著性分析 | 第131-132页 |
·miRNA的靶基因预测与差异基因的交集 | 第132-133页 |
·不同阶段多分组差异miRNA调控的差异靶基因的功能分析和网络构建 | 第133页 |
·动态表达模式的负相关分析 | 第133-136页 |
第五章 结论 | 第136-137页 |
参考文献 | 第137-148页 |
第六章 综述 | 第148-159页 |
致谢 | 第159-160页 |
个人简历 | 第160-161页 |