| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 论文缩写列表 | 第7-11页 |
| 第一章 研究背景 | 第11-36页 |
| 1.1 基因表达调控 | 第11-25页 |
| 1.1.1 组蛋白修饰与识别研究概述 | 第13-18页 |
| 1.1.2 核糖开关研究概述 | 第18-24页 |
| 1.1.3 协同和别构 | 第24-25页 |
| 1.2 分子动力学模拟 | 第25-35页 |
| 1.2.1 分子动力学模拟原理及力场概述 | 第26-31页 |
| 1.2.2 AMBER软件及应用概述 | 第31-35页 |
| 1.3 本章小结 | 第35-36页 |
| 第二章 研究方法 | 第36-52页 |
| 2.1 分子动力学模拟 | 第36-38页 |
| 2.1.1 模拟前体系构建 | 第36-38页 |
| 2.1.2 模拟的步骤及参数设置 | 第38页 |
| 2.2 初步分析方法 | 第38-43页 |
| 2.2.1 模拟结构稳定性分析 | 第38-39页 |
| 2.2.2 平均结构分析及距离分析 | 第39页 |
| 2.2.3 距离偏差热图 | 第39-40页 |
| 2.2.4 主成分分析方法 | 第40-41页 |
| 2.2.5 相互作用分析 | 第41-42页 |
| 2.2.6 结合自由能分析 | 第42-43页 |
| 2.3 动态相关性网络等分析方法 | 第43-50页 |
| 2.3.1 动态相关性网络分析 | 第44-47页 |
| 2.3.2 社团分析方法 | 第47-49页 |
| 2.3.3 最短路径分析方法 | 第49-50页 |
| 2.4 本章小结 | 第50-52页 |
| 第三章 TRIM24 与协同修饰组蛋白的特异识别机制研究 | 第52-79页 |
| 3.1 背景介绍 | 第52-56页 |
| 3.2 结构准备与分子动力学模拟 | 第56-58页 |
| 3.2.1 结构准备 | 第56-57页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟及参数设置 | 第57-58页 |
| 3.3 结构初步分析 | 第58-71页 |
| 3.3.1 模拟结构稳定性分析 | 第58-60页 |
| 3.3.2 结构与距离分析 | 第60-63页 |
| 3.3.3 距离残差热图 | 第63页 |
| 3.3.4 主成分分析 | 第63-65页 |
| 3.3.5 相互作用分析 | 第65-69页 |
| 3.3.6 结合自由能 | 第69-71页 |
| 3.4 动态网络及相关分析 | 第71-77页 |
| 3.4.1 运动相关性分析 | 第71-72页 |
| 3.4.2 动态相关性网络分析 | 第72-73页 |
| 3.4.3 社团网络分析 | 第73-75页 |
| 3.4.4 调控路径分析 | 第75-77页 |
| 3.5 本章小结 | 第77-79页 |
| 第四章 结合单个THF核糖开关的别构机制研究 | 第79-100页 |
| 4.1 背景介绍 | 第79-81页 |
| 4.2 结构准备与分子动力学模拟 | 第81-83页 |
| 4.2.1 结构准备 | 第81-82页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟及参数设置 | 第82-83页 |
| 4.3 结构初步分析 | 第83-91页 |
| 4.3.1 模拟结构的稳定性分析 | 第83-85页 |
| 4.3.2 平均结构和距离分析 | 第85-87页 |
| 4.3.3 距离残差热图 | 第87-88页 |
| 4.3.4 主成分分析 | 第88-89页 |
| 4.3.5 相互作用分析 | 第89-90页 |
| 4.3.6 结合自由能 | 第90-91页 |
| 4.4 动态相关性网络分析 | 第91-98页 |
| 4.4.1 运动相关性分析 | 第91-92页 |
| 4.4.2 动态相关性网络分析 | 第92-94页 |
| 4.4.3 社团网络分析 | 第94-95页 |
| 4.4.4 别构通路分析及验证分析 | 第95-98页 |
| 4.5 本章小结 | 第98-100页 |
| 第五章 结合两个THF核糖开关协同别构机制研究 | 第100-127页 |
| 5.1 背景介绍 | 第100-103页 |
| 5.2 结构准备与分子动力学模拟 | 第103-104页 |
| 5.2.1 结构准备 | 第103页 |
| 5.2.2 分子动力学模拟 | 第103-104页 |
| 5.3 结构初步分析 | 第104-113页 |
| 5.3.1 结构的稳定性分析 | 第104-107页 |
| 5.3.2 结构和距离分析 | 第107-108页 |
| 5.3.3 距离残差热图分析 | 第108-109页 |
| 5.3.4 主成分分析 | 第109-110页 |
| 5.3.5 相互作用分析 | 第110-112页 |
| 5.3.6 结合自由能分析 | 第112-113页 |
| 5.4 动态相关性网络分析 | 第113-120页 |
| 5.4.1 运动相关性分析 | 第113-114页 |
| 5.4.2 动态相关性网络分析 | 第114-117页 |
| 5.4.3 社团网络分析 | 第117-118页 |
| 5.4.4 协同别构通路及验证分析 | 第118-120页 |
| 5.5 两种类型THF核糖开关的比较 | 第120-125页 |
| 5.6 本章小结 | 第125-127页 |
| 第六章 总结与展望 | 第127-131页 |
| 6.1 总结 | 第127-128页 |
| 6.2 展望 | 第128-131页 |
| 参考文献 | 第131-151页 |
| 致谢 | 第151-152页 |
| 攻读博士学位期间发表和投出的论文 | 第152-154页 |