| 摘要 | 第4-7页 |
| abstract | 第7-9页 |
| 第一章 引言 | 第13-23页 |
| 1.1 全基因组复制 | 第13-14页 |
| 1.1.1 假基因化Pseudogenization | 第13页 |
| 1.1.2 新功能化Neofunctionalization | 第13-14页 |
| 1.1.3 亚功能化Subfunctionalization | 第14页 |
| 1.2 硬骨鱼类基因复制 | 第14-15页 |
| 1.3 发生二倍化的基因 | 第15-17页 |
| 1.3.1 Rab1a基因 | 第15-16页 |
| 1.3.2 c-myc基因 | 第16页 |
| 1.3.3 ATP结合区转运基因 | 第16-17页 |
| 1.3.4 Frizzled(FZD)基因家族 | 第17页 |
| 1.4 Y染色体进化分析 | 第17-21页 |
| 1.4.1 性别决定和Y染色体研究现状 | 第17-19页 |
| 1.4.2 鱼类染色体研究 | 第19-21页 |
| 1.5 研究进展以及目前面临的问题 | 第21-23页 |
| 第二章 鲤基因组复制解析 | 第23-32页 |
| 2.1 背景 | 第23页 |
| 2.2 材料和方法 | 第23-25页 |
| 2.2.1 鲤鱼转录组数据 | 第23页 |
| 2.2.2 鉴定复制区域和复制基因 | 第23-24页 |
| 2.2.3 GO富集分析 | 第24-25页 |
| 2.2.4 基因表达差异 | 第25页 |
| 2.3 结果 | 第25-32页 |
| 2.3.1 基因和基因组完整性提升 | 第25-27页 |
| 2.3.2 基因家族分类及功能差异分析 | 第27-31页 |
| 2.3.3 基因差异表达相关性分析 | 第31-32页 |
| 第三章 虹鳟基因组复制分析 | 第32-49页 |
| 3.1 背景 | 第32页 |
| 3.2 材料和方法 | 第32-35页 |
| 3.2.1 虹鳟全基因组数据 | 第32页 |
| 3.2.2 更新后虹鳟基因组评估 | 第32-33页 |
| 3.2.3 组织表达分析 | 第33页 |
| 3.2.4 虹鳟基因家族特异性分析 | 第33-34页 |
| 3.2.5 GO注释和KEGG通路注释 | 第34-35页 |
| 3.3 结果 | 第35-44页 |
| 3.3.1 更新后的基因完整性评估 | 第35-37页 |
| 3.3.2 基因表达相关性分析 | 第37-39页 |
| 3.3.3 虹鳟基因注释分析 | 第39-44页 |
| 3.4 Y基因进化分析 | 第44-46页 |
| 3.4.1 脊椎动物Y和X相关基因进化分析 | 第45页 |
| 3.4.2 脊椎动物Y基因和W基因进化分析 | 第45-46页 |
| 3.5 结果 | 第46-49页 |
| 3.5.1 种间比对分析 | 第46-47页 |
| 3.5.2 种内比对分析 | 第47-49页 |
| 第四章 其它研究结果(基于COI和16S rRNA的库页岛马珂蛤遗传多样性和分子系统进化研究) | 第49-60页 |
| 4.1 背景 | 第49页 |
| 4.2 材料和方法 | 第49-53页 |
| 4.2.1 样品采集及DNA提取 | 第49-50页 |
| 4.2.2 全基因组测序、拼接及基因预测 | 第50页 |
| 4.2.3 COI基因和16S rRNA的PCR扩增、测序 | 第50页 |
| 4.2.4 基因序列下载 | 第50-52页 |
| 4.2.5 遗传多样性、系统发育和遗传距离分析 | 第52-53页 |
| 4.3 结果 | 第53-58页 |
| 4.3.1 北极贝线粒体全基因组结构特征 | 第53-54页 |
| 4.3.2 北极贝遗传多样性分析 | 第54-55页 |
| 4.3.3 马珂蛤科和帘蛤科的系统进化 | 第55-56页 |
| 4.3.4 遗传距离 | 第56-58页 |
| 4.4 小结 | 第58-60页 |
| 4.4.1 北极贝线粒体基因组结构特征分析 | 第58页 |
| 4.4.2 两种DNA条形码在贝类的适用性分析 | 第58-60页 |
| 第五章 结论 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 硕士在读期间完成的论文 | 第70页 |
