| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-38页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第12-13页 |
| 1.2 生殖隔离与物种演化 | 第13-20页 |
| 1.2.1 合子后生殖隔离 | 第13-15页 |
| 1.2.2 偏分离与生殖隔离 | 第15-17页 |
| 1.2.3 基因的复制与生殖隔离的产生 | 第17页 |
| 1.2.4 遗传互作与生殖隔离的产生 | 第17-19页 |
| 1.2.5 遗传不亲和与生殖隔离 | 第19-20页 |
| 1.3 水稻的遗传多样性与籼粳杂种不育 | 第20-30页 |
| 1.3.1 亚洲栽培稻的起源与多样性 | 第20-24页 |
| 1.3.2 水稻的籼粳杂种不育 | 第24-25页 |
| 1.3.3 水稻杂种不育位点的定位和克隆 | 第25-28页 |
| 1.3.4 水稻杂种不育基因的分子演化机制 | 第28-30页 |
| 1.4 籼粳亚种间杂交育种研究进展 | 第30-31页 |
| 1.5 植物中基于多亲本群体的数量遗传学研究 | 第31-34页 |
| 1.6 杂种优势及相关农艺性状的预测 | 第34-37页 |
| 1.6.1 杂合性与杂种优势的关系 | 第34-36页 |
| 1.6.2 全基因组预测 | 第36-37页 |
| 1.7 研究的目的和意义 | 第37-38页 |
| 第二章 水稻籼粳亚种间生殖隔离遗传结构解析 | 第38-80页 |
| 2.1 前言 | 第38-39页 |
| 2.2 材料和方法 | 第39-43页 |
| 2.2.1 群体构建 | 第39页 |
| 2.2.2 表型考察 | 第39-40页 |
| 2.2.3 DNA抽提与RADseq方法简化基因组测序 | 第40页 |
| 2.2.4 三个群体Binmap的构建 | 第40-41页 |
| 2.2.5 单位点QTL扫描 | 第41页 |
| 2.2.6 两位点互作鉴定 | 第41-42页 |
| 2.2.7 候选区间基因组比较和候选基因鉴定 | 第42-43页 |
| 2.3 结果与分析 | 第43-77页 |
| 2.3.1 Nip、ZS97和MH63三个亲本育性和三个杂种育性 | 第43页 |
| 2.3.2 三个F2群体育性表型分析 | 第43-46页 |
| 2.3.3 Binmap的构建 | 第46-48页 |
| 2.3.4 胚囊、花粉和小穗育性单位点QTL鉴定 | 第48-55页 |
| 2.3.5 主效位点候选基因预测 | 第55-66页 |
| 2.3.6 偏分离位点分析 | 第66-71页 |
| 2.3.7 两位点互作效应解析 | 第71-77页 |
| 2.4 讨论 | 第77-80页 |
| 2.4.1 籼粳亚种间杂种不育的复杂性 | 第77-78页 |
| 2.4.2 偏分离对生殖隔离的贡献 | 第78-80页 |
| 第三章 S5籼粳杂种不育系统的起源和演化研究 | 第80-100页 |
| 3.1 前言 | 第80页 |
| 3.2 材料和方法 | 第80-85页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第80-81页 |
| 3.2.2 DNA抽提与PCR测序 | 第81-83页 |
| 3.2.3 分子演化分析 | 第83页 |
| 3.2.4 S5位点基因组演化比较分析 | 第83-85页 |
| 3.3 结果与分析 | 第85-98页 |
| 3.3.1 S5位点在水稻基因组中旁系同源基因的鉴定 | 第85-89页 |
| 3.3.2 S5位点的起源机制 | 第89-90页 |
| 3.3.3 S5位点的遗传多样性 | 第90-93页 |
| 3.3.4 S5系统在籼粳稻间建立的演化驱动力 | 第93-98页 |
| 3.4 讨论 | 第98-100页 |
| 3.4.1 由基因复制产生生殖隔离的普遍性 | 第98页 |
| 3.4.2 籼粳亚种间生殖隔离与水稻驯化的关系 | 第98-100页 |
| 第四章 基于双列杂交群体的杂种优势预测 | 第100-125页 |
| 4.1 前言 | 第100页 |
| 4.2 材料和方法 | 第100-105页 |
| 4.2.1 群体构建与田间实验 | 第100-101页 |
| 4.2.2 表型考察 | 第101页 |
| 4.2.3 DNA抽提和重测序文库构建 | 第101-102页 |
| 4.2.4 基因型鉴定、过滤与注释 | 第102-103页 |
| 4.2.5 群体结构分析 | 第103页 |
| 4.2.6 全基因组预测计算方法 | 第103-105页 |
| 4.3 结果与分析 | 第105-122页 |
| 4.3.1 双列杂交群体构建 | 第105页 |
| 4.3.2 亲本的遗传多样性 | 第105-110页 |
| 4.3.3 双列杂交群体的表型和杂种优势表现 | 第110-114页 |
| 4.3.4 加性效应和显性效应计算机模拟与GWAS模型选择 | 第114-116页 |
| 4.3.5 双列杂交群体中的GWAS分析 | 第116-118页 |
| 4.3.6 双列杂交群体中的全基因组预测 | 第118-122页 |
| 4.4 讨论 | 第122-125页 |
| 4.4.1 双列杂交群体用于遗传分析的复杂性 | 第122-123页 |
| 4.4.2 全基因组预测在籼粳亚种间杂交育种的实用价值 | 第123-125页 |
| 第五章 总结与展望 | 第125-127页 |
| 参考文献 | 第127-148页 |
| 附录 | 第148-168页 |
| 附录Ⅰ 附表 | 第148-166页 |
| 附表1 | 第148-161页 |
| 附表2 | 第161-166页 |
| 附录Ⅱ 作者简介 | 第166-168页 |
| 致谢 | 第168-169页 |
