| 摘要 | 第10-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 缩略词表(Abbreviations) | 第15-18页 |
| 第一章 前言 | 第18-36页 |
| 1 研究问题的由来 | 第18-19页 |
| 2 文献综述 | 第19-34页 |
| 2.1 鸡性别决定与性分化研究进展 | 第19-22页 |
| 2.1.1 鸡的性别与性别决定机制 | 第19-21页 |
| 2.1.2 鸡胚胎时期性腺的分化和相关的调控因子 | 第21-22页 |
| 2.2 miRNAs在性别分化中的调控作用 | 第22-28页 |
| 2.2.1 miRNAs的简介 | 第22-24页 |
| 2.2.2 miRNAs在哺乳动物性分化中的调控作用 | 第24-27页 |
| 2.2.3 miRNAs在鸟类性腺分化中的调控作用 | 第27-28页 |
| 2.3 高通量测序在miRNAs中的分析策略 | 第28-29页 |
| 2.3.1 高通量测序技术 | 第28页 |
| 2.3.2 深度测序及生物信息学在miRNA研究中的应用 | 第28-29页 |
| 2.4 miR-107和miR-92及相关靶基因的研究进展 | 第29-34页 |
| 2.4.1 miR-107与相关靶基因的研究进展 | 第30-32页 |
| 2.4.2 miR-92与相关靶基因的研究进展 | 第32-34页 |
| 3 本研究的目的与意义 | 第34-36页 |
| 3.1 研究目的 | 第34-35页 |
| 3.2 研究意义 | 第35-36页 |
| 第二章 性别差异表达miRNAs的高通量测序筛选 | 第36-70页 |
| 1 前言 | 第36页 |
| 2 材料与方法 | 第36-47页 |
| 2.1 材料 | 第36-39页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第36-37页 |
| 2.1.2 数据分析的主要软件和数据库 | 第37-38页 |
| 2.1.3 主要药品和试剂 | 第38页 |
| 2.1.4 主要仪器及设备 | 第38-39页 |
| 2.2 方法 | 第39-47页 |
| 2.2.1 总RNA提取与性别鉴定 | 第39-42页 |
| 2.2.2 高通量数据分析 | 第42-44页 |
| 2.2.3 荧光定量检测 | 第44-47页 |
| 3 结果 | 第47-67页 |
| 3.1 测序数据质量评估 | 第47-54页 |
| 3.1.1 原始数据的处理 | 第47-49页 |
| 3.1.2 样本间公共及特有序列 | 第49-50页 |
| 3.1.3 小RNA分类注释 | 第50-51页 |
| 3.1.4 miRNA在鸡染色体上的定位 | 第51-52页 |
| 3.1.5 miRNAs雌雄差异表达的分析 | 第52-54页 |
| 3.2 性别差异表达miRNAs的qRT-PCR检测 | 第54-58页 |
| 3.2.1 性别鉴定及RNA提取 | 第54-55页 |
| 3.2.2 反转录及定量检测结果 | 第55-58页 |
| 3.3 性别差异表达miRNAs靶基因预测及功能分析 | 第58-67页 |
| 3.3.1 差异表达miRNAs靶基因的预测 | 第58-59页 |
| 3.3.2 差异表达miRNAs靶基因的KEGG分析 | 第59-62页 |
| 3.3.3 差异表达miRNAd靶基因的GO分析 | 第62-64页 |
| 3.3.4 miRNAs-GO-KEGG-network 构建 | 第64-67页 |
| 4 讨论 | 第67-69页 |
| 4.1 性分化早期存在许多性别差异表达的miRNAs | 第67页 |
| 4.2 性别差异表达miRNAs可能参与性腺分化相关的过程 | 第67-69页 |
| 5 小结 | 第69-70页 |
| 第三章 miR-107在鸡胚性别分化中的潜在功能研究 | 第70-104页 |
| 1 前言 | 第70页 |
| 2 材料与方法 | 第70-90页 |
| 2.1 材料 | 第70-77页 |
| 2.1.1 样品 | 第70页 |
| 2.1.2 细胞系和质粒 | 第70-72页 |
| 2.1.3 所用试剂和试剂盒 | 第72-75页 |
| 2.1.4 主要仪器设备 | 第75-76页 |
| 2.1.5 生物信息学分析相关的软件和数据库 | 第76-77页 |
| 2.1.6 相关引物的序列 | 第77页 |
| 2.2 方法 | 第77-90页 |
| 2.2.1 总RNA的提取及性别鉴定 | 第77-78页 |
| 2.2.2 qRT-PCR | 第78-79页 |
| 2.2.3 靶基因NR5a1 3'UTR双荧光素酶报告基因载体的构建 | 第79-83页 |
| 2.2.4 细胞培养及转染 | 第83-84页 |
| 2.2.5 双荧光素酶报告基因的检测 | 第84-85页 |
| 2.2.6 CEF水平的超表达及抑制 | 第85-90页 |
| 3 结果 | 第90-100页 |
| 3.1 miR-107靶基因预测及分析 | 第90-94页 |
| 3.1.1 靶基因预测 | 第90页 |
| 3.1.2 KEGG和GO分析 | 第90-91页 |
| 3.1.3 靶基因的筛选 | 第91-94页 |
| 3.2 荧光素酶报告基因系统检测 | 第94-97页 |
| 3.2.1 载体的构建 | 第94-96页 |
| 3.2.2 荧光素酶检测结果 | 第96-97页 |
| 3.3 CEF水平的超表达和抑制 | 第97-100页 |
| 3.3.1 miR-107超表达验证 | 第97-99页 |
| 3.3.2 miR-107抑制验证 | 第99-100页 |
| 4 讨论 | 第100-103页 |
| 4.1 miR-107的靶基因鉴定 | 第100-101页 |
| 4.2 miR-107和NR5a1之间的调控关系 | 第101-103页 |
| 5 小结 | 第103-104页 |
| 第四章 miR-92在鸡胚性别分化中的功能研究 | 第104-123页 |
| 1 前言 | 第104页 |
| 2 材料与方法 | 第104-106页 |
| 2.1 材料 | 第104-106页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第104页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第104-105页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第105页 |
| 2.1.4 常用溶液及其配制 | 第105页 |
| 2.1.5 主要分子生物学软件和分子生物学网站 | 第105页 |
| 2.1.6 所用引物 | 第105-106页 |
| 2.2 方法 | 第106页 |
| 2.2.1 总RNA的提取及性别鉴定 | 第106页 |
| 2.2.2 靶基因ATRX3'UTR双荧光素酶报告基因载体 | 第106页 |
| 2.2.3 细胞培养及转染 | 第106页 |
| 2.2.4 双荧光素酶报告基因的检测 | 第106页 |
| 2.2.5 CEF水平的超表达及抑制 | 第106页 |
| 2.2.6 超表达和抑制水平检测 | 第106页 |
| 3 结果 | 第106-119页 |
| 3.1 miR-92靶基因预测及分析 | 第106-110页 |
| 3.1.1 miR-92靶基因预测 | 第106-107页 |
| 3.1.2 miR-92靶基因分析及筛选 | 第107-110页 |
| 3.2 miR-92和靶基因在不同时期以及不同组织的表达情况 | 第110-113页 |
| 3.2.1 miR-92、ATRX和DDX3X在早期胚胎不同时期的表达量 | 第110-111页 |
| 3.2.2 miR-92、ATRX和DDX3X在不同组织中的表达情况 | 第111-113页 |
| 3.3 荧光素酶报告系统检测 | 第113-116页 |
| 3.3.1 载体构建 | 第113-115页 |
| 3.3.2 双荧光素酶检测 | 第115-116页 |
| 3.4 细胞水平的超表达与抑制 | 第116-119页 |
| 3.4.1 miR-92超表达 | 第116-117页 |
| 3.4.2 miR-92抑制 | 第117-119页 |
| 4 讨论 | 第119-121页 |
| 4.1 miR-92的靶基因鉴定 | 第119-120页 |
| 4.2 miR-92与靶基因ATRX和DDX3X的调控关系 | 第120-121页 |
| 5 小结 | 第121-123页 |
| 第五章 结论与展望 | 第123-125页 |
| 1 本研究的主要结果与结论 | 第123页 |
| 2 本研究的创新点与特色 | 第123-124页 |
| 3 本研究不足之处与进一步工作的建议 | 第124-125页 |
| 参考文献 | 第125-148页 |
| 致谢 | 第148-151页 |
| 附录 | 第151页 |
