基于Hi-C技术对易位染色体三维结构的初步探讨
| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-19页 |
| 1.1 研究背景 | 第10-11页 |
| 1.2 国内外研究现状和发展趋势 | 第11-12页 |
| 1.3 基因组学的研究现状 | 第12-16页 |
| 1.3.1 线性基因组学 | 第12页 |
| 1.3.2 3D基因组学 | 第12-14页 |
| 1.3.3 Hi-C技术的原理与发展 | 第14-16页 |
| 1.4 整体研究思路 | 第16-19页 |
| 第2章 材料与方法 | 第19-33页 |
| 2.1 实验材料 | 第19-21页 |
| 2.1.1 研究对象 | 第19页 |
| 2.1.2 实验主要仪器 | 第19页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第19-20页 |
| 2.1.4 生物分析应用软件 | 第20-21页 |
| 2.2 方法 | 第21-33页 |
| 2.2.1 样本收集及保存 | 第21页 |
| 2.2.2 样本染色体核型分析 | 第21-22页 |
| 2.2.3 外周血单个核细胞的提取及质控 | 第22-23页 |
| 2.2.4 文库的构建及Hi-C测序 | 第23-27页 |
| 2.2.5 生物信息学分析 | 第27-33页 |
| 第3章 实验结果 | 第33-53页 |
| 3.1 病例组和对照组核型分析结果 | 第33-34页 |
| 3.2 病例组与对照组Hi-C文库建立质控结果 | 第34-40页 |
| 3.2.1 交联效果 | 第34-35页 |
| 3.2.2 染色质完整性检测 | 第35-36页 |
| 3.2.3 酶切效果 | 第36-37页 |
| 3.2.4 文库效率检测 | 第37-38页 |
| 3.2.5 文库质控 | 第38-40页 |
| 3.3 全基因组Hi-C测序数据结果 | 第40-53页 |
| 3.3.1 数据过滤 | 第40-41页 |
| 3.3.2 数据序列比对及质控结果 | 第41-42页 |
| 3.3.3 测序数据质量分布 | 第42-43页 |
| 3.3.4 分配到酶切片段 | 第43-45页 |
| 3.3.5 顺反分析 | 第45-47页 |
| 3.3.6 染色体相互作用 | 第47-53页 |
| 第4章 讨论 | 第53-57页 |
| 4.1 .影响Hi-C流程的因素 | 第53-54页 |
| 4.1.1 细胞总量 | 第53页 |
| 4.1.2 样品降解 | 第53页 |
| 4.1.3 DNA总量 | 第53页 |
| 4.1.4 交联作用 | 第53-54页 |
| 4.1.5 生物素化标记 | 第54页 |
| 4.2 Hi-C数据分析 | 第54-57页 |
| 4.2.1 顺反式相互作用 | 第54页 |
| 4.2.2 交互频率 | 第54-56页 |
| 4.2.3 全基因组规模下的染色质相互作用 | 第56-57页 |
| 第5章 结论与展望 | 第57-59页 |
| 5.1 结论 | 第57页 |
| 5.2 不足之处 | 第57页 |
| 5.3 展望 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-64页 |
| 附录 | 第64-65页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文情况 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66-68页 |
