| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 第1章 绪论 | 第11-30页 |
| 1.1 引言 | 第11-12页 |
| 1.2 磷酸化和泛素化修饰 | 第12-17页 |
| 1.2.1 磷酸化修饰 | 第13-15页 |
| 1.2.2 泛素化修饰 | 第15-17页 |
| 1.3 蛋白质修饰位点预测与生物信息学分析工具 | 第17-23页 |
| 1.3.1 预测蛋白翻译后修饰的重要性 | 第17页 |
| 1.3.2 计算方法预测蛋白质修饰位点 | 第17-18页 |
| 1.3.3 蛋白修饰位点相关的生物信息学分析工具 | 第18-21页 |
| 1.3.4 蛋白修饰位点预测相关的统计测试 | 第21-22页 |
| 1.3.5 蛋白修饰位点预测的语言基础 | 第22-23页 |
| 1.3.6 蛋白修饰位点预测服务构建策略 | 第23页 |
| 1.4 实验研究的主要内容 | 第23-26页 |
| 参考文献 | 第26-30页 |
| 第2章 合并关键位置和关键氨基酸特征识别一般和物种特异性泛素化位点 | 第30-46页 |
| 2.1 引言 | 第30-32页 |
| 2.2 材料与方法 | 第32-35页 |
| 2.2.1 数据收集与处理 | 第32-33页 |
| 2.2.2 特征提取 | 第33-34页 |
| 2.2.3 特征优化 | 第34-35页 |
| 2.2.4 模型训练和评估 | 第35页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第35-43页 |
| 2.3.1 IG 打分结果 | 第35-37页 |
| 2.3.2 KNN 打分结果 | 第37-38页 |
| 2.3.3 PCP 分析结果 | 第38页 |
| 2.3.4 AAC 分析结果 | 第38-39页 |
| 2.3.5 使用 IG 优化模型 | 第39页 |
| 2.3.6 UbiProber 对特定物种泛素化位点预测 | 第39-40页 |
| 2.3.7 一般泛素化位点的交叉物种预测 | 第40-41页 |
| 2.3.8 比较其他预测工具 | 第41-42页 |
| 2.3.9 软件和网站执行 | 第42页 |
| 2.3.10 方法限制和将来的工作 | 第42-43页 |
| 2.4 结论 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-46页 |
| 第3章 系统分析和预测原核生物蛋白的泛素化位点 | 第46-62页 |
| 3.1 引言 | 第46-47页 |
| 3.2 结果 | 第47-55页 |
| 3.2.1 原核泛素化位点的序列特点 | 第47页 |
| 3.2.2 原核泛素化位点的结构特点 | 第47-49页 |
| 3.2.3 原核泛素化位点的进化特点 | 第49页 |
| 3.2.4 使用不同的训练特征的交叉验证预测性能 | 第49-50页 |
| 3.2.5 PupPred 服务 | 第50-51页 |
| 3.2.6 比较 PupPred 与现存的工具 | 第51-53页 |
| 3.2.7 真核生物泛素化位点对比原核泛素化位点 | 第53-55页 |
| 3.3 讨论 | 第55-56页 |
| 3.4 材料和方法 | 第56-60页 |
| 3.4.1 数据搜集和处理 | 第56-57页 |
| 3.4.2 特征提取和编码 | 第57-58页 |
| 3.4.3 特征挑选 | 第58页 |
| 3.4.4 SVM 学习 | 第58页 |
| 3.4.5 评估标准和测试过程 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-62页 |
| 第4章 蛋白组学分析和预测人类亚细胞蛋白磷酸化位点表明磷酸化的亚细胞特异性 | 第62-83页 |
| 4.1 引言 | 第62-63页 |
| 4.2 实验过程 | 第63-67页 |
| 4.2.1 数据搜集和处理 | 第63-64页 |
| 4.2.2 构建分类器 | 第64-66页 |
| 4.2.3 功能富集分析 | 第66页 |
| 4.2.4 磷酸化网络分析 | 第66页 |
| 4.2.5 序列模体分析 | 第66-67页 |
| 4.2.6 性能评估 | 第67页 |
| 4.3 结果 | 第67-76页 |
| 4.3.1 分布在人类亚细胞中的磷酸化修饰 | 第67-70页 |
| 4.3.2 磷酸化序列模体存在亚细胞特异性 | 第70-72页 |
| 4.3.3 发展预测亚细胞蛋白质组磷酸化位点工具 SubPhosPred | 第72-74页 |
| 4.3.4 比较其他预测工具 | 第74-75页 |
| 4.3.5 SubPhosPred 对于阿紫海默病的研究 | 第75-76页 |
| 4.4 讨论 | 第76-79页 |
| 参考文献 | 第79-83页 |
| 致谢 | 第83-84页 |
| 附录 | 第84-104页 |
| 附录表 | 第84-99页 |
| 附录图 | 第99-104页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第104页 |
