| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第15-25页 |
| 1.1 问题的提出和研究意义 | 第15-17页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第17-22页 |
| 1.2.1 全程氨氧化微生物的空间分布及菌群多样性特征 | 第18-20页 |
| 1.2.2 全程氨氧化微生物主要功能基因的特征 | 第20-22页 |
| 1.3 研究目标和技术路线 | 第22-25页 |
| 1.3.1 研究目标 | 第22-23页 |
| 1.3.2 研究内容与技术路线 | 第23-25页 |
| 第二章 研究区域概况与研究方法 | 第25-35页 |
| 2.1 研究区域自然地理概况 | 第25-26页 |
| 2.2 研究方法 | 第26-35页 |
| 2.2.1 硝化细菌的富集培养 | 第26-27页 |
| 2.2.2 富集培养物的宏基因组分析 | 第27-29页 |
| 2.2.3 富集培养物的宏转录组分析 | 第29-31页 |
| 2.2.4 功能基因序列系统发育特征分析 | 第31页 |
| 2.2.5 引物设计与评估 | 第31-32页 |
| 2.2.6 COM-AamoA基因的扩增、测序和多样性分析 | 第32页 |
| 2.2.7 COM-A,AOA,β-AOB,Nitrospira群落的荧光定量QPCR | 第32-33页 |
| 2.2.8 环境因子的测定 | 第33页 |
| 2.2.9 统计分析 | 第33-34页 |
| 2.2.10 NCBI序列号 | 第34-35页 |
| 第三章 潮滩富集物中comammox菌群结构与基因表达分析 | 第35-58页 |
| 3.1 引言 | 第35-36页 |
| 3.2 潮滩富集物中comammox的富集、验证 | 第36-47页 |
| 3.2.1 潮滩富集物中氨氧化微生物的富集 | 第36-37页 |
| 3.2.2 宏基因组技术验证潮滩富集物comammox的存在 | 第37-40页 |
| 3.2.3 宏转录组技术分析潮滩富集物comammox的基因表达模式 | 第40-47页 |
| 3.3 潮滩富集物中comammox功能基因特征分析 | 第47-54页 |
| 3.4 数据分析和讨论 | 第54-57页 |
| 3.5 本章小结 | 第57-58页 |
| 第四章 环境中comammox群落多样性分析 | 第58-71页 |
| 4.1 引言 | 第58-59页 |
| 4.2 特异性针对COM-AamoA基因的引物评估 | 第59-63页 |
| 4.3 环境样品中COM-A多样性分析 | 第63-66页 |
| 4.3.1 COM-A群落结构分析 | 第63-64页 |
| 4.3.2 环境样品中COM-A空间差异性 | 第64页 |
| 4.3.3 环境样品中COM-A群落丰度 | 第64-66页 |
| 4.4 COM-A群落多样性与环境因子关联分析 | 第66-68页 |
| 4.4.1 COM-A群落结构与环境变量之间的关系 | 第66-67页 |
| 4.4.2 COM-A丰度与环境变量之间的关系 | 第67-68页 |
| 4.5 数据分析与讨论 | 第68-69页 |
| 4.6 本章小结 | 第69-71页 |
| 第五章 结论和展望 | 第71-74页 |
| 5.1 主要结论 | 第71-72页 |
| 5.2 研究展望 | 第72-74页 |
| 参考文献 | 第74-90页 |
| 附录 | 第90-91页 |
| 攻读学位期间科研成果 | 第91页 |
| 攻读学位期间参与的科研项目 | 第91-92页 |
| 致谢 | 第92页 |
