| 致谢 | 第6-8页 |
| 中文摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 引言 | 第18-36页 |
| 参考文献 | 第33-36页 |
| 第一部分 第一章肝细胞癌组织癌旁组织和正常血液样本的全基因组测序和生物信息学分析 | 第36-66页 |
| 前言 | 第36-38页 |
| 1 材料和方法 | 第38-45页 |
| 1.1 材料 | 第38-40页 |
| 1.1.1 肝癌组织样本 | 第38-39页 |
| 1.1.2 第三代测序平台：Complete Genomics测序平台介绍 | 第39-40页 |
| 1.2 实验所用主要试剂和仪器 | 第40-41页 |
| 1.2.1 主要仪器和耗材 | 第40-41页 |
| 1.2.2 主要试剂 | 第41页 |
| 1.3 实验方法和步骤 | 第41-45页 |
| 1.3.1 新鲜肝癌、癌旁组织和血液DNA提取 | 第41-42页 |
| 1.3.2 Nanodrop紫外分光计和Qubit荧光计检测dsDNA浓度以OD值 | 第42页 |
| 1.3.3 琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA质量 | 第42页 |
| 1.3.4 全基因组测序和数据分析 | 第42-45页 |
| 1.3.5 功能富集分析 | 第45页 |
| 1.3.6 数据统计分析 | 第45页 |
| 2 结果 | 第45-58页 |
| 2.1 9个HCC样本全基因组测序和比对概况 | 第45-46页 |
| 2.2 癌、癌旁和血液组织中找到的SNV的比较分析 | 第46-52页 |
| 2.3 显著突变基因和信号通路富集分析 | 第52-56页 |
| 2.4 结构变异(SVs)鉴定 | 第56-57页 |
| 2.5 基因拷贝数变化(Copy number variation,CNV) | 第57-58页 |
| 3 小结与讨论 | 第58-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
| 第一部分 第二章SNP分型检测和结构变异SV的群体验证 | 第66-87页 |
| 前言 | 第66-67页 |
| 1 材料和方法 | 第67-74页 |
| 1.1 材料 | 第67-69页 |
| 1.1.1 肝癌组织和血液样本 | 第67页 |
| 1.1.2 主要试剂 | 第67页 |
| 1.1.3 主要仪器设备 | 第67-68页 |
| 1.1.4 Sequenom MassARRAY SNP分型检测介绍 | 第68-69页 |
| 1.2 实验方法和步骤 | 第69-74页 |
| 1.2.1 突变验证所需癌组织、癌旁组织和血液DNA提取 | 第69页 |
| 1.2.2 SNP分型检测 | 第69-71页 |
| 1.2.3 结构变异SVs的筛选和验证 | 第71-74页 |
| 1.2.3.1 TK1-N/A融合的PCR验证实验 | 第72-73页 |
| 1.2.3.2 DNA电泳和产物回收 | 第73页 |
| 1.2.3.3 胶回收DNA片段和T载体连接和转化 | 第73-74页 |
| 1.2.3.4 Sanger测序,测序结果比对到人类参考基因组 | 第74页 |
| 2 结果 | 第74-77页 |
| 2.1 HBV感染肝细胞癌、癌旁和血液的SNP分型 | 第74-75页 |
| 2.2 17号染色体TK1基因和8号染色体非基因片段融合 | 第75-77页 |
| 3 小结和讨论 | 第77-80页 |
| 结论 | 第80-84页 |
| 参考文献 | 第84-87页 |
| 第二部分 前列腺癌的分子分型标志物的研究 | 第87-124页 |
| 1 前言 | 第87-92页 |
| 2 材料和方法 | 第92-101页 |
| 2.1 材料 | 第92-93页 |
| 2.1.1 前列腺癌样品的收集与筛选 | 第92-93页 |
| 2.2 基因组DNA提取 | 第93-95页 |
| 2.3 全基因组编码区捕获及二代测序 | 第95-99页 |
| 2.3.1 外显子组捕获前质量控制(quality control assay,QC) | 第95-98页 |
| 2.3.2 全外显子组捕获及Illumina Hi-seq 2500测序 | 第98-99页 |
| 2.4 测序数据生物信息学分析 | 第99-101页 |
| 3 结果 | 第101-114页 |
| 3.1 全基因组编码区捕获及二代测序结果 | 第101-107页 |
| 3.2 随机森林RandomForest机器学习鉴定区分复发组和未复发组的突变集 | 第107-109页 |
| 3.3 复发和未复发PCa组显著突变基因和信号通路富集分析 | 第109-114页 |
| 4 小结与讨论 | 第114-120页 |
| 结论 | 第120-122页 |
| 参考文献 | 第122-124页 |
| 综述 肝细胞癌诊断和预后的生物学标志物研究进展 | 第124-139页 |
| 参考文献 | 第133-139页 |
| 附表 | 第139-142页 |
| 个人简历 | 第142页 |
