| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略词 | 第7-10页 |
| 第一章 背景介绍 | 第10-26页 |
| 1.1 棉花耐盐机理研究进展 | 第10-20页 |
| 1.1.1 土壤盐渍化对植物的影响 | 第10-11页 |
| 1.1.2 盐胁迫对植株根系的影响 | 第11页 |
| 1.1.3 植物盐胁迫应答的信号转导途径 | 第11-15页 |
| 1.1.4 植物的耐盐机理 | 第15-18页 |
| 1.1.5 棉花耐盐胁迫研究进展 | 第18-20页 |
| 1.2 棉花转录组学研究现状 | 第20-24页 |
| 1.2.1 棉花转录组学简介 | 第20页 |
| 1.2.2 转录组学研究的手段 | 第20-24页 |
| 1.2.3 基于转录组学数据构建共表达网络 | 第24页 |
| 1.3 研究的目的和意义 | 第24-26页 |
| 第二章 盐胁迫条件下耐盐与盐敏感棉花根系转录组差异分析 | 第26-70页 |
| 2.1 引言 | 第26页 |
| 2.2 材料与方法 | 第26-32页 |
| 2.2.1 实验材料的种植培养及处理 | 第26-27页 |
| 2.2.2 相对电导率的测定 | 第27页 |
| 2.2.3 改良CTAB法提取棉花总RNA | 第27-29页 |
| 2.2.4 荧光实时定量PCR(real-time RT-PCR) | 第29页 |
| 2.2.5 Affymetrix芯片数据质量控制 | 第29-30页 |
| 2.2.6 差异表达基因的鉴定及GO(gene ontology)富集分析 | 第30页 |
| 2.2.7 探针组注释信息更新 | 第30页 |
| 2.2.8 棉花公共数据的来源 | 第30-32页 |
| 2.3 结果与分析 | 第32-65页 |
| 2.3.1 棉花水培实验及叶片相对电导率的测定 | 第32-33页 |
| 2.3.2 芯片数据质量控制 | 第33-35页 |
| 2.3.3 棉花芯片数据的整体分析 | 第35页 |
| 2.3.4 差异表达基因的筛选、聚类和GO富集分析 | 第35-41页 |
| 2.3.5 转录因子 | 第41-46页 |
| 2.3.6 激素信号通路 | 第46-47页 |
| 2.3.7 qRT-PCR对转录本表达模式定量分析 | 第47-48页 |
| 2.3.8 棉花根系对氧化胁迫的响应以及盐胁迫应答与氧化应激之间的关系 | 第48-55页 |
| 2.3.9 棉花基因共表达网络构建与分析 | 第55-63页 |
| 2.3.10 棉花耐盐候选基因 | 第63-65页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第65-70页 |
| 2.4.1 棉花根系盐胁迫应答基因的鉴定 | 第65-66页 |
| 2.4.2 两个材料中盐胁迫相关转录因子的变化 | 第66-67页 |
| 2.4.3 棉花盐胁迫应答与氧化胁迫应答之间的关系 | 第67页 |
| 2.4.4 棉花根系可能的盐胁迫耐受机制 | 第67-70页 |
| 第三章 其他参与工作：棉籽油分转录组数据初步分析 | 第70-77页 |
| 3.1 引言 | 第70-71页 |
| 3.2 数据来源 | 第71-72页 |
| 3.3 高通量测序数据的分析流程 | 第72页 |
| 3.4 结果与分析 | 第72-76页 |
| 3.4.1 测序质量评估 | 第72-73页 |
| 3.4.2 Mapping及结果分析 | 第73页 |
| 3.4.3 挑选差异表达基因 | 第73-75页 |
| 3.4.4 脂质代谢相关基因 | 第75-76页 |
| 3.5 小结与讨论 | 第76-77页 |
| 第四章 结论与展望 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 个人简历 | 第91-92页 |
| 附录 | 第92-109页 |
