| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-32页 |
| 1.1 烟草赤星病简介 | 第10页 |
| 1.2 烟草赤星病的传播途径 | 第10页 |
| 1.3 烟草赤星病的发病规律 | 第10-11页 |
| 1.4 烟草赤星病发病的影响因素 | 第11-12页 |
| 1.5 烟草赤星病的研究意义 | 第12-13页 |
| 1.6 烟草赤星病病原菌介绍 | 第13-15页 |
| 1.6.1 Alternaria简介 | 第13-14页 |
| 1.6.2 链格孢菌(A.alternata) | 第14页 |
| 1.6.3 长柄链格孢(A longipes) | 第14页 |
| 1.6.4 Alternaria种间分类情况 | 第14-15页 |
| 1.7 Alternaria毒素合成情况 | 第15-19页 |
| 1.7.1 真菌宿主特异性毒素 | 第15-17页 |
| 1.7.2 条件性可有可无染色体(conditionally dispensable chromosomes,CDCs) | 第17-18页 |
| 1.7.3 非宿主特异性毒素 | 第18-19页 |
| 1.8 次级代谢物合成基因 | 第19-21页 |
| 1.8.1 聚酮合酶 | 第19-20页 |
| 1.8.2 非核糖体肽合成酶 | 第20-21页 |
| 1.8.3 NRPS-PKS杂合酶 | 第21页 |
| 1.9 植物和致病菌相互作用的研究背景 | 第21-24页 |
| 1.9.1 植物与病原真菌互作的形态和细胞学基础 | 第22页 |
| 1.9.2 植物与病原真菌互作的生理生化基础 | 第22-23页 |
| 1.9.3 植物与病原真菌互作的分子基础 | 第23-24页 |
| 1.9.3.1 宿主选择性真菌毒素基因 | 第23页 |
| 1.9.3.2 病原真菌的角质酶基因 | 第23页 |
| 1.9.3.3 病原真菌激发子和抑制子 | 第23-24页 |
| 1.10 碳水化合物水解酶研究背景 | 第24-25页 |
| 1.11 分泌蛋白组研究背景 | 第25-26页 |
| 1.12 基因组分析发展现状 | 第26-32页 |
| 1.12.1 第一代DNA测序技术 | 第26-27页 |
| 1.12.1.1 化学降解法 | 第27页 |
| 1.12.1.2 双脱氧链终止法 | 第27页 |
| 1.12.1.3 荧光自动测序技术 | 第27页 |
| 1.12.1.4 杂交测序技术 | 第27页 |
| 1.12.2 第二代DNA测序技术 | 第27-30页 |
| 1.12.2.1 454测序技术 | 第28页 |
| 1.12.2.2 Solexa测序技术 | 第28-29页 |
| 1.12.2.3 SOLiD测序技术 | 第29页 |
| 1.12.2.4 第二代测序技术的应用 | 第29-30页 |
| 1.12.3 第三代测序技术 | 第30-31页 |
| 1.12.3.1 并行单分子合成测序技术 | 第30页 |
| 1.12.3.2 单分子实时合成测序技术 | 第30页 |
| 1.12.3.3 纳米孔单分子技术 | 第30-31页 |
| 1.12.4 通过基因组分析这两个菌的意义 | 第31-32页 |
| 第二章 材料与方法 | 第32-42页 |
| 2.1 研究对象 | 第32页 |
| 2.2 研究方法 | 第32-42页 |
| 2.2.1 菌种的获得 | 第32页 |
| 2.2.2 菌种鉴定(基于ITS和长共线性片段) | 第32-33页 |
| 2.2.3 基因组DNA的提取 | 第33页 |
| 2.2.4 DNA测序文库的建立 | 第33页 |
| 2.2.5 基因组的测序 | 第33-34页 |
| 2.2.6 测序数据过滤和纠错 | 第34-35页 |
| 2.2.7 基因组的组装 | 第35-36页 |
| 2.2.8 基因组组装的评估 | 第36-37页 |
| 2.2.9 基因组共线性分析 | 第37页 |
| 2.2.10 重复序列的注释 | 第37页 |
| 2.2.10.1 用从头预测的方式查找重复序列 | 第37页 |
| 2.2.10.2 基于已知重复序列推算A.longipes cx1和A.alternata cx2基因组重复序列 | 第37页 |
| 2.2.10.3 查找串联重复序列 | 第37页 |
| 2.2.11 蛋白编码基因注释 | 第37-38页 |
| 2.2.12 基因功能注释 | 第38页 |
| 2.2.13 非编码RNA的注释 | 第38-39页 |
| 2.2.13.1 tRNA基因的注释 | 第38页 |
| 2.2.13.2 rRNA基因的注释 | 第38页 |
| 2.2.13.3 其他nc-RNA基因的注释 | 第38-39页 |
| 2.2.14 基因家族的聚类 | 第39页 |
| 2.2.15 系统进化树分析 | 第39-40页 |
| 2.2.16 分歧时间估计 | 第40页 |
| 2.2.17 PKS-NRPS基因的鉴定和聚类 | 第40页 |
| 2.2.18 分泌蛋白的预测 | 第40-42页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第42-62页 |
| 3.1 依据ITS序列进行菌株鉴定 | 第42-44页 |
| 3.2 A longipes cx1和A.alternata cx2基因组一般特征的分析 | 第44-46页 |
| 3.3 基因组注释 | 第46-48页 |
| 3.4 系统进化分析和分歧时间 | 第48-52页 |
| 3.5 次级代谢通路分析(NRPS and PKS) | 第52-57页 |
| 3.6 植物与病原菌相互作用分析 | 第57-58页 |
| 3.7 碳水化合物活性酶分析 | 第58-60页 |
| 3.8 分泌蛋白组预测分析 | 第60-62页 |
| 第四章 结论与展望 | 第62-64页 |
| 致谢 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-78页 |
| 附录A | 第78-80页 |
| 附录B | 第80-82页 |
| 附录C | 第82-84页 |
| 附录D | 第84-86页 |
| 附录E | 第86-95页 |
