| 中文摘要 | 第4-6页 |
| 英文摘要 | 第6-8页 |
| 第一章 引言 | 第9-14页 |
| §1.1 生物信息学研究的背景与现状 | 第9-11页 |
| §1.2 寻找motif问题 | 第11-13页 |
| §1.3 本文的主要结构 | 第13-14页 |
| 第二章 寻找motif问题及其发展现状 | 第14-21页 |
| §2.1 基本概念 | 第14-15页 |
| §2.2 寻找motif问题的一些理论结果 | 第15-17页 |
| §2.3 寻找motif问题的启发式算法 | 第17-21页 |
| 第三章 带嵌入或缺失情况的寻找motif问题 | 第21-35页 |
| §3.1 带d个嵌入情况的寻找motif问题 | 第21-25页 |
| §3.2 带d段嵌入情况的寻找motif问题 | 第25-28页 |
| §3.3 缺失情况的寻找motif问题 | 第28-31页 |
| §3.4 嵌入与错配相结合的情况 | 第31-35页 |
| 第四章 RNA折叠中求最大公共子图 | 第35-44页 |
| §4.1 RNA折叠问题及其一个模型 | 第35-38页 |
| §4.2 伪平嵌套线性图中的MAX-NLS问题 | 第38-44页 |
| 参考文献 | 第44-47页 |
| 致谢 | 第47-48页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第48页 |