| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-24页 |
| ·碱基替换在生物进化中的作用与意义 | 第13页 |
| ·碱基替换依赖于序列环境 | 第13-14页 |
| ·基因组中的序列周期模式 | 第14-15页 |
| ·DNA 序列的3 碱基周期 | 第14-15页 |
| ·DNA 序列的10.5 碱基周期 | 第15页 |
| ·DNA 序列的大跨度周期 | 第15页 |
| ·DNA 序列周期的分析方法 | 第15页 |
| ·密码子使用偏好 | 第15-20页 |
| ·密码子使用偏好形成原因 | 第16-18页 |
| ·密码子使用偏好检测方法 | 第18-20页 |
| ·相对熵简介 | 第20-22页 |
| ·研究目的与意义 | 第22-24页 |
| ·研究碱基替换侧翼序列模式，有助于揭示一些生物内在过程的分子机制 | 第22页 |
| ·建立新的序列研究手段，提高序列分析效率 | 第22页 |
| ·研究碱基替换对基因内3 碱基周期的影响，有助于改进基因预测工具 | 第22页 |
| ·研究基因内3 碱基周期形成原因，深入研究基因结构 | 第22-23页 |
| ·研究CpG 岛内碱基替换模式，有助于揭示CpG 岛的进化规律 | 第23-24页 |
| 第二章 碱基替换侧翼序列模式 | 第24-53页 |
| ·材料与方法 | 第24-27页 |
| ·序列数据资料 | 第24-25页 |
| ·碱基替换的鉴定 | 第25-26页 |
| ·序列对位排列 | 第26页 |
| ·相对熵的计算 | 第26-27页 |
| ·正弦函数模型 | 第27页 |
| ·P-value 的计算 | 第27页 |
| ·结果与分析 | 第27-51页 |
| ·人类基因中的周期模式 | 第27-29页 |
| ·人、黑猩猩两种灵长类动物基因中碱基替换侧翼序列的周期模式 | 第29-38页 |
| ·小鼠、大鼠两种啮齿类动物基因中碱基替换侧翼序列的周期模式 | 第38-42页 |
| ·酵母基因中碱基替换侧翼序列的周期模式 | 第42-46页 |
| ·原核生物基因中碱基替换侧翼序列模式 | 第46-51页 |
| ·讨论 | 第51-52页 |
| ·替换及邻近序列对3 碱基周期的影响 | 第51页 |
| ·灵长类动物与啮齿类动物在侧翼序列模式上的差异 | 第51页 |
| ·单核细胞生物与人类、小鼠等哺乳动物在侧翼序列模式上的差异 | 第51-52页 |
| ·小结 | 第52-53页 |
| 第三章 DNA 序列3 碱基周期模式成因分析 | 第53-62页 |
| ·材料与方法 | 第53-54页 |
| ·序列数据资料 | 第53页 |
| ·密码子随机重排 | 第53-54页 |
| ·同义密码子随机交换 | 第54页 |
| ·其他 | 第54页 |
| ·结果 | 第54-59页 |
| ·密码子随机重排对照样本与原始侧翼序列样本的对比分析 | 第54-56页 |
| ·同义密码子随机交换对照样本与原始侧翼序列样本的对比分析 | 第56-59页 |
| ·讨论 | 第59-60页 |
| ·密码子使用频率不是形成3 碱基周期的唯一成因 | 第59页 |
| ·密码子顺序决定了原始侧翼序列与密码子随机重排序列之间的差异 | 第59-60页 |
| ·同义密码子内的碱基组成差异是形成DNA 序列周期模式的主要原因 | 第60页 |
| ·小结 | 第60-62页 |
| 第四章 二联核苷酸替换模式 | 第62-72页 |
| ·碱基替换在密码子不同位置的进化模式 | 第62-64页 |
| ·材料与方法 | 第62页 |
| ·结果与讨论 | 第62-64页 |
| ·二联核苷酸替换 | 第64-66页 |
| ·材料与方法 | 第64页 |
| ·结果与讨论 | 第64-66页 |
| ·替换、紧邻碱基和基因GC 含量三者之间的关系 | 第66-71页 |
| ·材料与方法 | 第67页 |
| ·结果与讨论 | 第67-71页 |
| ·小结 | 第71-72页 |
| 第五章 CpG 岛内碱基替换侧翼序列模式 | 第72-79页 |
| ·材料与方法 | 第72-73页 |
| ·序列数据资料 | 第72页 |
| ·单核苷酸相对替换率 | 第72-73页 |
| ·其他 | 第73页 |
| ·结果与讨论 | 第73-78页 |
| ·CpG 岛内单核苷酸替换 | 第73-74页 |
| ·CpG 岛内二联核苷酸替换 | 第74-77页 |
| ·CpG 岛内核苷酸替换的侧翼序列模式 | 第77-78页 |
| ·小结 | 第78-79页 |
| 第六章 讨论与结论 | 第79-82页 |
| ·讨论 | 第79-80页 |
| ·结论 | 第80-81页 |
| ·碱基替换侧翼序列模式 | 第80页 |
| ·DNA 3 碱基周期形成原因 | 第80页 |
| ·CpG 岛进化模式 | 第80-81页 |
| ·创新点 | 第81页 |
| ·不足与展望 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-91页 |
| 附录 | 第91-102页 |
| 致谢 | 第102-103页 |
| 作者简介 | 第103页 |
