新一代DNA测序数据的重叠群组装算法的研究与实现
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-17页 |
| 1.1 课题来源 | 第8页 |
| 1.2 课题研究背景 | 第8-10页 |
| 1.3 研究的目的及意义 | 第10-11页 |
| 1.4 国内外研究现状 | 第11-14页 |
| 1.5 本文主要研究内容 | 第14-17页 |
| 第2章 重叠群组装模型 | 第17-29页 |
| 2.1 数据相关信息介绍 | 第17-21页 |
| 2.1.1 配对数据介绍 | 第17-20页 |
| 2.1.2 Contig数据介绍 | 第20-21页 |
| 2.2 问题建模 | 第21-22页 |
| 2.3 模型求解 | 第22-24页 |
| 2.4 模型难点与解决方法 | 第24-28页 |
| 2.4.1 数据的使用问题 | 第24-25页 |
| 2.4.2 Contig顺序的确定问题 | 第25-26页 |
| 2.4.3 特殊位置处理问题 | 第26-28页 |
| 2.5 本章小结 | 第28-29页 |
| 第3章 重叠群组装算法 | 第29-45页 |
| 3.1 配对信息与contig关联性分析 | 第29-35页 |
| 3.1.1 数据预处理 | 第29-30页 |
| 3.1.2 精确匹配和模糊匹配 | 第30-32页 |
| 3.1.3 构建配对信息库 | 第32-34页 |
| 3.1.4 配对数据与contig的关联结构 | 第34-35页 |
| 3.2 量化描述contig关联关系 | 第35-44页 |
| 3.2.1 Contig间关联性分析 | 第35-36页 |
| 3.2.2 Contig关联性评分规则 | 第36-40页 |
| 3.2.3 Contig间关联数据结构 | 第40-43页 |
| 3.2.4 组装策略 | 第43-44页 |
| 3.3 本章小结 | 第44-45页 |
| 第4章 重叠群校正算法 | 第45-52页 |
| 4.1 计算重叠群间距离 | 第45-46页 |
| 4.2 Overlap处理 | 第46-49页 |
| 4.3 填充Gap | 第49-50页 |
| 4.4 重复片段处理 | 第50-51页 |
| 4.5 本章小结 | 第51-52页 |
| 第5章 系统的运行结果与评价 | 第52-59页 |
| 5.1 系统运行结果 | 第52-53页 |
| 5.2 算法评价指标 | 第53-54页 |
| 5.3 实验方法 | 第54-57页 |
| 5.4 实验结果与分析 | 第57-58页 |
| 5.5 本章小结 | 第58-59页 |
| 结论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
