| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 中英文缩写表 | 第12-13页 |
| 前言 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-23页 |
| 1.1 引言 | 第14页 |
| 1.2 棉花黄萎病 | 第14-19页 |
| 1.2.1 发生、危害及病状 | 第14-15页 |
| 1.2.2 棉花黄萎病的病原菌 | 第15页 |
| 1.2.3 棉花黄萎病菌的生物学特性 | 第15-17页 |
| 1.2.4 棉花黄萎病菌的营养体亲和性 | 第17页 |
| 1.2.5 棉花黄萎病菌的致病机制 | 第17-19页 |
| 1.2.6 棉花黄萎病的抗性鉴定 | 第19页 |
| 1.3 大丽轮枝菌的基因组测序 | 第19-21页 |
| 1.4 基因差异表达研究 | 第21-22页 |
| 1.5 本研究的目的意义及技术路线 | 第22-23页 |
| 1.5.1 本研究的目的意义 | 第22页 |
| 1.5.2 技术路线 | 第22-23页 |
| 第二章 新疆棉花黄萎病菌的分离纯化及其生物特性 | 第23-32页 |
| 2.1 试验材料 | 第23页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第23页 |
| 2.2 试剂及试验仪器 | 第23页 |
| 2.2.1 培养基 | 第23页 |
| 2.2.2 试验药品 | 第23页 |
| 2.2.3 试验仪器 | 第23页 |
| 2.3 试验方法 | 第23-26页 |
| 2.3.1 新疆棉花黄萎病菌的分离纯化 | 第23-25页 |
| 2.3.2 新疆棉花黄萎病菌的分子鉴定 | 第25页 |
| 2.3.3 新疆棉花黄萎病菌的生物学特性 | 第25-26页 |
| 2.4 结果与分析 | 第26-30页 |
| 2.4.1 供试菌株在不同培养基上的生物学性状 | 第26-27页 |
| 2.4.2 供试菌株的分子检测 | 第27-28页 |
| 2.4.3 序列比对及系统进化树的构建 | 第28-30页 |
| 2.5 小结 | 第30-32页 |
| 第三章 棉花黄萎病菌的营养亲和性鉴定 | 第32-35页 |
| 3.1 试验材料 | 第32页 |
| 3.1.1 供试菌株 | 第32页 |
| 3.1.2 培养基 | 第32页 |
| 3.2 试验方法 | 第32-33页 |
| 3.2.1 营养缺陷型（nit）突变体的诱导 | 第32页 |
| 3.2.2 营养缺陷型（nit）突变体类型鉴定 | 第32页 |
| 3.2.3 亲和性测定 | 第32-33页 |
| 3.3 结果与分析 | 第33-34页 |
| 3.3.1 Nit突变体的获得及其突变类型 | 第33页 |
| 3.3.2 营养亲和性测定 | 第33-34页 |
| 3.4 小结 | 第34-35页 |
| 第四章 棉花黄萎病菌的致病力分化 | 第35-40页 |
| 4.1 代表菌株温室致病力鉴定 | 第35-36页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第35页 |
| 4.1.2 试验方法 | 第35-36页 |
| 4.2 代表菌株的毒素浸泡叶盘法致病力鉴定 | 第36页 |
| 4.2.1 试验材料 | 第36页 |
| 4.2.2 试验方法 | 第36页 |
| 4.3 结果与分析 | 第36-39页 |
| 4.3.1 黄萎病菌的致病力分化 | 第36-38页 |
| 4.3.2 与毒素浸泡叶盘法鉴定结果比较 | 第38-39页 |
| 4.4 小结 | 第39-40页 |
| 第五章 棉花黄萎病菌株转录组差异分析 | 第40-57页 |
| 5.1 试验材料 | 第40页 |
| 5.1.1 供试菌株 | 第40页 |
| 5.1.2 试剂与仪器 | 第40页 |
| 5.2 试验方法 | 第40-43页 |
| 5.2.1 供试菌株的培养 | 第40页 |
| 5.2.2 供试菌株RNA的提取 | 第40页 |
| 5.2.3 RNA-seq测序 | 第40-42页 |
| 5.2.4 差异表达基因的筛选 | 第42-43页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第43-55页 |
| 5.3.1 RNA的检测 | 第43页 |
| 5.3.2 Illumina测序及序列组装 | 第43-44页 |
| 5.3.3 功能注释和分类 | 第44-48页 |
| 5.3.4 转录组表达量分析及样本间聚类分析 | 第48-49页 |
| 5.3.5 重复诱导点突变 | 第49-50页 |
| 5.3.6 差异表达分析 | 第50-52页 |
| 5.3.7 差异基因GO富集分析 | 第52-54页 |
| 5.3.8 差异表达基因（DEG）KEGG富集分析 | 第54页 |
| 5.3.9 差异表达基因统计 | 第54-55页 |
| 5.3.10 致病力相关的基因的筛选 | 第55页 |
| 5.4 小结 | 第55-57页 |
| 第六章不同致病力菌株感染拟南芥抗病信号途径相关基因的表达 | 第57-61页 |
| 6.1 试验材料 | 第57页 |
| 6.1.1 供试菌株 | 第57页 |
| 6.1.2 试验材料 | 第57页 |
| 6.1.3 试剂与仪器 | 第57页 |
| 6.1.4 引物 | 第57页 |
| 6.2 试验方法 | 第57-58页 |
| 6.2.1 试验材料处理 | 第57页 |
| 6.2.2 不同时间拟南芥总RNA提取及纯度检测 | 第57-58页 |
| 6.2.3 cDNA第一链合成 | 第58页 |
| 6.2.4 RT-PCR检测 | 第58页 |
| 6.3 结果与分析 | 第58-60页 |
| 6.3.1 拟南芥抗病信号途径相关基因的表达 | 第58-60页 |
| 6.4 小结 | 第60-61页 |
| 第七章 结论 | 第61-64页 |
| 7.1 结论与讨论 | 第61-62页 |
| 7.2 本研究的创新点 | 第62页 |
| 7.3 亟待进一步解决的问题 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 附录一 | 第68-70页 |
| 作者介绍 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 导师评阅表 | 第72页 |