| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 引言 | 第9-11页 |
| 1 理论基础 | 第11-17页 |
| 1.1 量子力学方法 | 第11页 |
| 1.2 分子力学方法 | 第11-13页 |
| 1.3 ABEEMσπ/MM浮动电荷极化力场 | 第13-14页 |
| 1.4 分子动力学模拟 | 第14-17页 |
| 1.4.1 基本原理 | 第14-15页 |
| 1.4.2 周期性边界条件 | 第15-16页 |
| 1.4.3 系综与平衡态 | 第16-17页 |
| 2 RS-RGD结构的选取和识别过程 | 第17-29页 |
| 2.1 受体、配体及其复合物结构 | 第17-19页 |
| 2.1.1 配体RGD肽结构 | 第17-18页 |
| 2.1.2 受体RS结构 | 第18页 |
| 2.1.3 复合物RS-RGD结构 | 第18-19页 |
| 2.2 受体RS、配体RGD及其复合物RS-RGD的动力学模拟过程 | 第19页 |
| 2.3 均方根偏差(RMSD)——判断体系平衡的条件 | 第19-27页 |
| 2.3.1 PDB数据库中截取的实验结构 | 第19-25页 |
| 2.3.2 理论模拟结构 | 第25-27页 |
| 2.4 本章小结 | 第27-29页 |
| 3 RS-RGD结构的溶剂化自由能的计算 | 第29-48页 |
| 3.1 溶剂化自由能的计算原理 | 第29-31页 |
| 3.1.1 溶剂化自由能公式 | 第29页 |
| 3.1.2 ABEEMσπ-GB/SA模型 | 第29-31页 |
| 3.2 实验结构RGD肽及其复合物的研究 | 第31-41页 |
| 3.2.1 溶剂可及表面积(SASA) | 第31-36页 |
| 3.2.2 溶剂化自由能 | 第36-41页 |
| 3.3 理论模拟结构RGD肽及其复合物的研究 | 第41-46页 |
| 3.3.1 溶剂可及表面积(SASA) | 第41-44页 |
| 3.3.2 溶剂化自由能 | 第44-46页 |
| 3.4 本章小结 | 第46-48页 |
| 4 RS-RGD结构的结合自由能的计算 | 第48-68页 |
| 4.1 结合自由能简介 | 第48-50页 |
| 4.1.1 结合自由能计算方法 | 第48页 |
| 4.1.2 结合自由能计算的一般公式 | 第48-49页 |
| 4.1.3 ABEEMσπ-GB/SA方法计算结合自由能(?Gbind)的公式 | 第49-50页 |
| 4.2 ?EABEEMσπ能量的贡献项 | 第50-56页 |
| 4.2.1 PDB数据库中截取的实验结构 | 第50-55页 |
| 4.2.2 理论模拟结构 | 第55-56页 |
| 4.3 －T?S熵贡献项 | 第56-61页 |
| 4.3.1 PDB数据库中截取的实验结构 | 第56-60页 |
| 4.3.2 理论模拟结构 | 第60-61页 |
| 4.4 结合自由能 | 第61-66页 |
| 4.4.1 PDB数据库中截取的实验结构 | 第61-65页 |
| 4.4.2 理论模拟结构 | 第65-66页 |
| 4.5 本章小结 | 第66-68页 |
| 结论 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-74页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
