| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第13-23页 |
| 1 雨生红球藻及虾青素的生物合成 | 第13-16页 |
| 1.1 雨生红球藻的简介 | 第13页 |
| 1.2 环境因子对雨生红球藻生长的影响 | 第13-14页 |
| 1.2.1 光照 | 第13页 |
| 1.2.2 醋酸钠 | 第13-14页 |
| 1.2.3 其它非生物胁迫因子 | 第14页 |
| 1.3 虾青素的生物合成 | 第14-16页 |
| 1.3.1 虾青素的功能及应用 | 第14-15页 |
| 1.3.2 参与虾青素合成的关键酶基因 | 第15-16页 |
| 2 雨生红球藻转录组学的研究进展 | 第16-18页 |
| 2.1 高通量测序技术的选择 | 第17页 |
| 2.2 高通量测序技术在雨生红球藻转录组学的应用 | 第17-18页 |
| 2.2.1 转录组学的定义及其研究意义 | 第17页 |
| 2.2.2 雨生红球藻转录组学的研究进展 | 第17-18页 |
| 3 植物常见转录因子的结构与功能 | 第18-19页 |
| 3.1 MYB | 第18-19页 |
| 3.2 bZIP | 第19页 |
| 3.3 PHD | 第19页 |
| 4 雨生红球藻中虾青素与脂肪酸合成的关系 | 第19-21页 |
| 4.1 虾青素与脂肪酸合成关系 | 第20页 |
| 4.2 Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)乙酰基转移酶简介 | 第20-21页 |
| 5 本研究的目的和意义 | 第21-23页 |
| 5.1 研究的目的 | 第21页 |
| 5.2 研究的意义 | 第21-23页 |
| 第2章 HpCrtR-B及Hpbkt1在雨生红球藻胁迫早期的转录分析 | 第23-33页 |
| 1 实验材料 | 第23-25页 |
| 1.1 实验藻株 | 第23页 |
| 1.2 实验试剂及常用培养基 | 第23-24页 |
| 1.3 引物设计 | 第24页 |
| 1.4 主要仪器设备 | 第24-25页 |
| 2 实验方法 | 第25-28页 |
| 2.1 雨生红球藻 192.80 最优培养基的选择 | 第25页 |
| 2.2 雨生红球藻的强光胁迫及取样 | 第25页 |
| 2.3 雨生红球藻的醋酸钠胁迫及取样 | 第25页 |
| 2.4 醋酸钠与强光联合胁迫雨生红球藻 198.20 | 第25页 |
| 2.5 雨生红球藻 192.80 总RNA的提取 | 第25-26页 |
| 2.6 雨生红球藻 192.80 总RNA的反转录 | 第26-27页 |
| 2.7 目的基因的半定量RT-PCR | 第27-28页 |
| 3 实验结果 | 第28-31页 |
| 3.1 不同培养基对雨生红球藻 192.80 生长的影响 | 第28页 |
| 3.2 总RNA质量的检测 | 第28-29页 |
| 3.3 醋酸钠胁迫下HpCrtR-B和Hpbkt1基因的转录分析 | 第29-30页 |
| 3.4 强光胁迫下HpCrtR-B基因的转录分析 | 第30页 |
| 3.5 醋酸钠和强光联合胁迫对HpCrtR-B和Hpbkt1基因的转录分析 | 第30-31页 |
| 4 本章讨论 | 第31-33页 |
| 4.1 雨生红球藻 192.80 总RNA的提取 | 第31-32页 |
| 4.2 高光与高盐对雨生红球藻HpCrtR-B和Hpbkt1基因转录的影响 | 第32-33页 |
| 第3章 转录组测序及数据分析 | 第33-63页 |
| 1 实验材料 | 第33页 |
| 1.1 实验试剂 | 第33页 |
| 1.2 主要仪器设备 | 第33页 |
| 2 实验方法 | 第33-38页 |
| 2.1 不同破壁方式处理雨生红球藻 192.80 | 第33页 |
| 2.2 不同提取方法提取雨生红球藻总RNA | 第33-35页 |
| 2.2.1 CTAB-LiCl沉淀法 | 第33-34页 |
| 2.2.2 Trizol法 | 第34页 |
| 2.2.3 试剂盒提取 | 第34页 |
| 2.2.4 改良Trizol法 | 第34-35页 |
| 2.3 雨生红球藻在不同培养基的培养及总RNA的提取 | 第35页 |
| 2.4 转录组文库构建和测序 | 第35-36页 |
| 2.5 生物信息学分析 | 第36-37页 |
| 2.6 基因功能注释 | 第37-38页 |
| 3 实验结果 | 第38-59页 |
| 3.1 不同破壁方式对雨生红球藻总RNA提取的影响 | 第38-39页 |
| 3.2 不同提取方法获得雨生红球藻总RNA | 第39-40页 |
| 3.3 不同培养基对雨生红球藻总RNA提取的影响 | 第40-41页 |
| 3.4 改良Trizol法提取总RNA的RT-PCR分析 | 第41页 |
| 3.5 测序数据质量评估 | 第41-42页 |
| 3.6 转录本拼接 | 第42-43页 |
| 3.6.1 转录本的拼接 | 第42页 |
| 3.6.2 拼接转录本长度分布 | 第42-43页 |
| 3.7 基因功能的注释 | 第43-51页 |
| 3.7.1 Nr注释结果 | 第44页 |
| 3.7.2 GO分类 | 第44-47页 |
| 3.7.3 KOG分类 | 第47-48页 |
| 3.7.4 KEGG分类 | 第48-51页 |
| 3.8 转录因子的预测 | 第51-52页 |
| 3.9 差异表达分析 | 第52-59页 |
| 3.9.1 差异表达基因的分析 | 第52-53页 |
| 3.9.2 差异表达基因的GO富集分析 | 第53-56页 |
| 3.9.3 差异表达基因的KEGG富集分析 | 第56-58页 |
| 3.9.4 差异表达转录因子基因汇总 | 第58-59页 |
| 4 本章讨论 | 第59-63页 |
| 4.1 雨生红球藻总RNA提取方法的优化 | 第59-60页 |
| 4.2 雨生红球藻响应环境胁迫的调控机制 | 第60-63页 |
| 第4章 差异表达基因的筛选与克隆 | 第63-79页 |
| 1 实验材料 | 第63-64页 |
| 1.1 实验菌株及藻株 | 第63页 |
| 1.2 实验试剂及常用培养基 | 第63-64页 |
| 1.3 主要仪器设备 | 第64页 |
| 2 实验方法 | 第64-67页 |
| 2.1 差异表达转录因子的筛选 | 第64页 |
| 2.2 雨生红球藻总RNA的定量反转 | 第64-65页 |
| 2.3 引物设计与合成 | 第65页 |
| 2.4 荧光定量RT-PCR鉴定差异表达基因 | 第65-66页 |
| 2.5 HpGNAT-1 基因ORF的扩增 | 第66-67页 |
| 2.5.1 PCR产物的T/A克隆及测序 | 第66-67页 |
| 2.5.2 HpGNAT-1 基因ORF的生物信息学分析 | 第67页 |
| 2.5.3 数据分析 | 第67页 |
| 3 实验结果 | 第67-77页 |
| 3.1 差异表达转录因子的qRT-PCR验证 | 第67-68页 |
| 3.2 不同胁迫条件对差异表达转录因子的影响 | 第68-72页 |
| 3.3 HpGNAT-1 基因分析 | 第72-77页 |
| 3.3.1 序列比对分析 | 第72-73页 |
| 3.3.2 理化性质 | 第73-74页 |
| 3.3.3 二级结构分析 | 第74-75页 |
| 3.3.4 保守结构域分析 | 第75-76页 |
| 3.3.5 HpGNAT-1 高级结构预测 | 第76-77页 |
| 4 本章讨论 | 第77-79页 |
| 4.1 预测上调或下调差异表达基因的验证 | 第77页 |
| 4.2 不同胁迫条件下差异表达转录因子的荧光定量PCR分析 | 第77-78页 |
| 4.3 HpGNAT-1 基因分析 | 第78-79页 |
| 第5章 结论 | 第79-81页 |
| 5.1 主要结论 | 第79-80页 |
| 5.2 展望 | 第80-81页 |
| 附录 | 第81-88页 |
| 参考文献 | 第88-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
| 攻读硕士期间的研究成果 | 第99页 |
