| 缩略词表 | 第5-7页 |
| 中文摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一章 前言 | 第13-27页 |
| 1.1 染色质三维结构 | 第13-23页 |
| 1.1.1 染色质的三维结构层次 | 第13-15页 |
| 1.1.2 目前主要的研究方法 | 第15-20页 |
| 1.1.3 C-系列技术实验数据主流分析方法 | 第20-23页 |
| 1.2 顺式调控元件 | 第23-25页 |
| 1.2.1 重复元件 | 第23-24页 |
| 1.2.2 核基质附着区 | 第24-25页 |
| 1.3 顺式调控元件对染色质三维结构的影响 | 第25-27页 |
| 1.3.1 科学问题 | 第25页 |
| 1.3.2 研究意义 | 第25-26页 |
| 1.3.3 研究方案 | 第26-27页 |
| 第二章 Hi-C数据一站式处理软件HBP的开发与应用 | 第27-37页 |
| 2.1 引言 | 第27页 |
| 2.2 材料与方法 | 第27-29页 |
| 2.2.1 数据导入 | 第28页 |
| 2.2.2 相互作用频率分布分析 | 第28页 |
| 2.2.3 相互作用网络拓扑结构分析 | 第28页 |
| 2.2.4 相互作用可视化及多组学数据整合 | 第28页 |
| 2.2.5 统计学评估 | 第28-29页 |
| 2.3 结果 | 第29-35页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第35-37页 |
| 第三章 部分重复元件与染色质三维结构 | 第37-53页 |
| 3.1 引言 | 第37-38页 |
| 3.2 材料和方法 | 第38-39页 |
| 3.2.1 数据集来源 | 第38页 |
| 3.2.2 重复元件相互作用频率分布分析方法 | 第38-39页 |
| 3.2.3 基于染色质三维结构的重复元件演化分析方法 | 第39页 |
| 3.3 结果 | 第39-52页 |
| 3.3.1 重复元件广泛参与染色质相互作用 | 第39-44页 |
| 3.3.2 基于染色质三维结构的重复元件演化分析 | 第44-52页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第52-53页 |
| 第四章 核基质附着区与染色质三维结构 | 第53-61页 |
| 4.1 引言 | 第53页 |
| 4.2 材料和方法 | 第53-54页 |
| 4.2.1 材料 | 第53-54页 |
| 4.2.2 特殊元件参与染色质相互作用分析方法 | 第54页 |
| 4.2.3 基因功能注释富集分析方法 | 第54页 |
| 4.2.4 Hi-C实验数据初步分析方法 | 第54页 |
| 4.3 结果 | 第54-58页 |
| 4.4 小结与讨论 | 第58-61页 |
| 第五章 总结与讨论 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-69页 |
| 在学期间发表的代表性论著 | 第69-93页 |
| 个人简历 | 第93-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |