| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 英文缩略词 | 第7-10页 |
| 引言 | 第10-21页 |
| 1.植物组织培养基本概况及研究现状 | 第10-12页 |
| 1.1 植物组织培养基本概况 | 第10页 |
| 1.2 植物组织培养技术的建立、发展及研究热点概述 | 第10-12页 |
| 1.3 植物组织培养技术对基因功能研究的贡献 | 第12页 |
| 2.下一代测序技术介绍及其在体细胞克隆变异研究中的应用 | 第12-16页 |
| 2.1 下一代测序技术的概念及发展 | 第13-14页 |
| 2.2 下一代测序技术在植物基因组学中的应用 | 第14-15页 |
| 2.3 下一代测序技术在体细胞克隆变异方面的应用 | 第15-16页 |
| 3.全基因组测序的研究方法与策略 | 第16-20页 |
| 3.1 全基因组测序的工作原理 | 第17-18页 |
| 3.2 全基因组数据的分析方向与流程 | 第18-20页 |
| 4.本实验的研究目的及意义 | 第20-21页 |
| 实验材料与方法 | 第21-36页 |
| 1.实验材料 | 第21页 |
| 2.实验方法 | 第21-36页 |
| 2.1 实验材料的制备 | 第21-22页 |
| 2.1.1 愈伤组织的诱导与继代培养 | 第21-22页 |
| 2.1.2 胚性愈伤组织的分化 | 第22页 |
| 2.1.3 再生苗获得 | 第22页 |
| 2.2 植物基因组总DNA提取及全基因组测序 | 第22-25页 |
| 2.2.1 植物基因组总DNA提取 | 第22-24页 |
| 2.2.2 全基因组测序 | 第24-25页 |
| 2.3 全基因组数据分析 | 第25-27页 |
| 2.3.1 参考基因组的建立 | 第25-26页 |
| 2.3.2 单核苷酸变异与插入删除的检测 | 第26页 |
| 2.3.3 转座元件新插入事件的检测 | 第26-27页 |
| 2.4 新转座事件的验证 | 第27-30页 |
| 2.4.1 Southern杂交验证全基因组范围的转座激活事件 | 第27-29页 |
| 2.4.2 位点特异PCR及Sanger测序验证Tos17转座激活事件 | 第29-30页 |
| 2.5 重亚硫酸盐测序检测原始Tos17位点的甲基化情况 | 第30-32页 |
| 2.6 PCR产物回收纯化、连接转化、阳性克隆检测及测序 | 第32-34页 |
| 2.6.1 PCR产物的回收与纯化 | 第32-33页 |
| 2.6.2 连接转化 | 第33页 |
| 2.6.3 阳性克隆检测及Sanger测序 | 第33-34页 |
| 2.7 非生物胁迫及表型检测 | 第34-36页 |
| 2.7.1 非生物胁迫方法 | 第34-35页 |
| 2.7.2 表型检测 | 第35-36页 |
| 实验结果与分析 | 第36-52页 |
| 1.组织培养再生系和野生型的全基因组测序数据基本概况 | 第36-37页 |
| 2.组织培养诱导的DNA多态性及碱基替换模式 | 第37-42页 |
| 3.组织培养诱导的SNP的分子特征、受其影响的基因功能注释及渠限化的证据 | 第42-47页 |
| 3.1 组织培养诱导SNP的分子特征 | 第42-46页 |
| 3.2 受SNP影响的基因功能的分析 | 第46页 |
| 3.3 渠限化（Canalization）证据 | 第46-47页 |
| 4.组织培养诱导的转座子激活事件及其相随的胞嘧啶甲基化的改变 | 第47-52页 |
| 4.1 组织培养诱导的转座子激活事件及其独立验证 | 第47-49页 |
| 4.2 Tos17原始拷贝的甲基化变化 | 第49-52页 |
| 讨论 | 第52-56页 |
| 结论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-66页 |
| 附录 | 第66-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 在学期间公开发表论文及著作情况 | 第91页 |
