| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-25页 |
| 1.1 蝙蝠概述及起源 | 第11-12页 |
| 1.2 蝙蝠的分类及系统发育学 | 第12-16页 |
| 1.3 蝙蝠超科系统发育位置关系的争议 | 第16-19页 |
| 1.4 核基因分子标记 | 第19-21页 |
| 1.4.1 核基因分子标记的类型 | 第19-20页 |
| 1.4.2 核基因分子标记在蝙蝠中的研究现状 | 第20-21页 |
| 1.5 转录组测序 | 第21-24页 |
| 1.5.1 转录组测序的优缺点 | 第21-22页 |
| 1.5.2 蝙蝠转录组测序的研究现状 | 第22-24页 |
| 1.6 研究目的及意义 | 第24页 |
| 1.7 特色与创新之处 | 第24-25页 |
| 第二章 材料与方法 | 第25-39页 |
| 2.1 基于NPCL对蝙蝠超科系统发育关系重建 | 第25-34页 |
| 2.1.1 数据收集 | 第25页 |
| 2.1.2 标本采集 | 第25-26页 |
| 2.1.3 系统发育学分析 | 第26-34页 |
| 2.1.3.1 目标片段的PCR扩增 | 第26-29页 |
| 2.1.3.2 片段化等及测序 | 第29-32页 |
| 2.1.3.3 数据拼接 | 第32-33页 |
| 2.1.3.4 系统发育树构建 | 第33-34页 |
| 2.1.3.5 系统发生假设检验 | 第34页 |
| 2.2 基于转录组对蝙蝠超科系统发育关系重建 | 第34-39页 |
| 2.2.1 数据收集 | 第34-35页 |
| 2.2.2 原始数据拼接 | 第35-37页 |
| 2.2.3 数据筛选 | 第37-38页 |
| 2.2.4 系统发育树构建 | 第38-39页 |
| 第三章 结果与分析 | 第39-61页 |
| 3.1 基于 95 NPCL对蝙蝠超科系统发育关系重建 | 第39-44页 |
| 3.1.1 基因序列的特征分析 | 第39-42页 |
| 3.1.2 系统发育关系 | 第42-44页 |
| 3.2 基于转录组对蝙蝠超科系统发育关系重建 | 第44-61页 |
| 3.2.1 基因序列特征分析 | 第44-45页 |
| 3.2.2 系统发育关系 | 第45-61页 |
| 3.2.2.1 原始数据拼接所构建的系统发育树 | 第45-46页 |
| 3.2.2.2 数据筛选各基因子集所构建的系统发育树 | 第46-61页 |
| 第四章 讨论 | 第61-69页 |
| 4.1 蝙蝠超科系统发育位置关系 | 第61-62页 |
| 4.2 73个NPCL核基因的局限性 | 第62-63页 |
| 4.3 转录组拼接数据并不能很好解决拓扑结构 | 第63-64页 |
| 4.4 数据矩阵质量对拓扑关系重建的影响 | 第64-67页 |
| 4.4.1 选择物种覆盖率高的转录组基因数据并非理想的筛选方法 | 第64-65页 |
| 4.4.2 并非比对质量越高的转录组基因数据得到的支持率越高 | 第65-66页 |
| 4.4.3 比对质量相同时物种覆盖率越高就能解决问题存在误导 | 第66-67页 |
| 4.4.4 物种覆盖率相同时比对质量越高就能解决问题存在误导 | 第67页 |
| 4.5 NPCL核基因和转录组两种方法的比较 | 第67-69页 |
| 第五章 结论 | 第69-72页 |
| 第六章 研究展望 | 第72-74页 |
| 附录 | 第74-91页 |
| 参考文献 | 第91-108页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109-111页 |
