| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-16页 |
| 1 绪论 | 第16-32页 |
| ·种子概述 | 第16页 |
| ·种子的特征与来源 | 第16页 |
| ·种子的类型 | 第16页 |
| ·种子萌发及后萌发的定义及其重要性 | 第16-17页 |
| ·种子萌发的过程 | 第17-18页 |
| ·快速吸水期 | 第17-18页 |
| ·缓速吸水期 | 第18页 |
| ·生长吸水期 | 第18页 |
| ·种子萌发过程的生理生化变化 | 第18-22页 |
| ·细胞的活化与修复 | 第18-19页 |
| ·种子萌发与代谢恢复 | 第19页 |
| ·种子萌发时期的合成代谢 | 第19-20页 |
| ·胚轴的延长及机理 | 第20-22页 |
| ·种子萌发过程与其成熟过程具有很大相似性 | 第22页 |
| ·种子主要贮藏物质的转化利用 | 第22-23页 |
| ·贮藏糖类的代谢 | 第22页 |
| ·贮藏脂质的代谢 | 第22-23页 |
| ·贮藏蛋白质的代谢 | 第23页 |
| ·影响植物种子萌发的因素 | 第23-26页 |
| ·影响植物种子萌发的外在因素 | 第23-24页 |
| ·植物种子萌发的内在因素 | 第24-26页 |
| ·第二代测序技术及其应用 | 第26-30页 |
| ·第二代测序技术的特点 | 第26-27页 |
| ·第二代测序技术的原理与分类 | 第27-28页 |
| ·基因表达谱研究方法与流程 | 第28-30页 |
| ·小黑杨种类、分布及特征 | 第30-31页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第31-32页 |
| 2 小黑杨不同萌发时期文库的构建及其质量检测 | 第32-42页 |
| ·实验材料 | 第32页 |
| ·植物材料 | 第32页 |
| ·实验试剂 | 第32页 |
| ·实验仪器 | 第32页 |
| ·实验方法 | 第32-36页 |
| ·种子含水量的测定 | 第32页 |
| ·种子发芽率的测定 | 第32-33页 |
| ·种子吸水量的测定 | 第33页 |
| ·RNA的提取和纯化 | 第33-34页 |
| ·测序文库的构建和Illumina测序 | 第34页 |
| ·样品间皮尔逊相关系数分析 | 第34页 |
| ·实时定量PCR分析 | 第34-36页 |
| ·结果与分析 | 第36-41页 |
| ·种子含水量及发芽率的测定 | 第36页 |
| ·种子吸水特征检测及取样时间的确定 | 第36-37页 |
| ·RNA质量检测 | 第37-38页 |
| ·数字基因表达谱测序结果分析 | 第38-40页 |
| ·荧光定量PCR分析 | 第40-41页 |
| ·本章小结 | 第41-42页 |
| 3 小黑杨种子与幼苗的差异表达谱分析 | 第42-64页 |
| ·小黑杨数字表达谱基因的注释 | 第42页 |
| ·差异表达基因的确定及功能分类 | 第42页 |
| ·GO分析及pathway途径分析 | 第42页 |
| ·结果与分析 | 第42-62页 |
| ·小黑杨种子中特异表达和优势表达基因的鉴定 | 第42-48页 |
| ·差异表达基因的GO功能分类 | 第48-62页 |
| ·本章小结 | 第62-64页 |
| 4 小黑杨种子萌发及后萌发时期的表达谱分析 | 第64-83页 |
| ·小黑杨数字表达谱基因的注释及差异基因的确定 | 第64页 |
| ·GO分析及Pathway途径分析 | 第64页 |
| ·差异基因表达模式的聚类分析 | 第64页 |
| ·结果与分析 | 第64-82页 |
| ·萌发前后种子差异表达基因的聚类分析 | 第64-65页 |
| ·萌发后小黑杨差异表达基因的GO分析 | 第65-66页 |
| ·显著GO富集类群有关基因表达模式分析 | 第66-82页 |
| ·本章小结 | 第82-83页 |
| 5 小黑杨种子萌发过程中部分代谢途径分析 | 第83-97页 |
| ·实验材料 | 第83页 |
| ·植物材料 | 第83页 |
| ·实验试剂 | 第83页 |
| ·实验仪器 | 第83页 |
| ·实验方法 | 第83-86页 |
| ·差异表达基因的Pathway分析 | 第83页 |
| ·种子萌发时期氨基酸含量的测定 | 第83-84页 |
| ·种子萌发时期可溶性蛋白质含量的测定 | 第84页 |
| ·种子萌发时期呼吸速率的测定 | 第84页 |
| ·种子萌发时期脂肪酸含量的测定 | 第84-85页 |
| ·种子萌发时期DNA含量的测定 | 第85页 |
| ·种子萌发过程中可溶性糖的测定 | 第85-86页 |
| ·种子萌发时期RNA含量的测定 | 第86页 |
| ·结果与分析 | 第86-96页 |
| ·差异表达基因的Pathway分析 | 第86-89页 |
| ·种子萌发过程的氨基酸含量变化 | 第89-90页 |
| ·种子萌发时期可溶性蛋白质含量的测定 | 第90页 |
| ·小黑杨种子萌发阶段呼吸速率的测定 | 第90-91页 |
| ·种子萌发过程脂肪酸含量的测定 | 第91-92页 |
| ·种子萌发时期DNA含量的测定 | 第92页 |
| ·种子萌发过程中可溶性糖含量的测定 | 第92-93页 |
| ·种子萌发时期RNA含量的测定 | 第93页 |
| ·生理指标相关基因表达模式分析 | 第93-94页 |
| ·与呼吸作用等生理指标可能相关基因筛选与注释 | 第94-96页 |
| ·本章小结 | 第96-97页 |
| 6 讨论 | 第97-100页 |
| ·小黑杨种子萌发阶段供能可能与糖酵解和氧化磷酸化有关 | 第97页 |
| ·编码细胞多糖代谢途径mRNA可能与胚轴延伸有关 | 第97-98页 |
| ·核糖体亚基基因在种子萌发的全过程均受到显著地调节 | 第98页 |
| ·关于对小黑杨种子萌发阶段一些结论的进一步推测 | 第98-100页 |
| ·lea基因产物可能在种子复水前期行使保护蛋白的作用 | 第98-99页 |
| ·小黑杨下胚轴伸长可能仅仅依赖于细胞的延长 | 第99页 |
| ·储存类物质动员的一个可能的先后顺序 | 第99-100页 |
| 7 结论 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-112页 |
| 附录一 测序质量评估 | 第112-113页 |
| 附录二 饱和度检验 | 第113-114页 |
| 附录三 Clean tag拷贝数分布统计 | 第114-115页 |
| 附录四 Clean tag比对统计 | 第115-116页 |
| 附录五 差异表达基因统计 | 第116-117页 |
| 附录六 小黑杨萌发相关基因的确定 | 第117-118页 |
| 附录七 富集于转运,翻译以及氧化还原三类生物学过程有关的基因ID | 第118-121页 |
| 附录八 与本文相关在线程序网址 | 第121-122页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第122-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
