生物序列数据库相似性搜索算法研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-16页 |
| ·研究背景及意义 | 第10-12页 |
| ·研究背景 | 第10-12页 |
| ·研究意义 | 第12页 |
| ·研究现状及存在问题 | 第12-14页 |
| ·研究现状 | 第12-14页 |
| ·普遍存在的问题 | 第14页 |
| ·主要研究内容及论文组织结构 | 第14-16页 |
| ·主要研究内容 | 第14-15页 |
| ·论文组织结构 | 第15-16页 |
| 第二章 序列相似性比对 | 第16-27页 |
| ·引言 | 第16页 |
| ·序列相似性比对基本理论 | 第16-22页 |
| ·序列相似性比对问题描述 | 第16-18页 |
| ·全局相似性比对与局部相似性比对 | 第18页 |
| ·空位罚分 | 第18-20页 |
| ·打分矩阵 | 第20-22页 |
| ·序列相似性比对算法 | 第22-26页 |
| ·点阵图法 | 第22-23页 |
| ·Needleman-Wunsch算法 | 第23-25页 |
| ·Smith-Waterman算法 | 第25-26页 |
| ·本章小结 | 第26-27页 |
| 第三章 生物序列数据库相似性搜索算法 | 第27-34页 |
| ·生物序列数据库相似性搜索基本理论 | 第27-30页 |
| ·生物序列数据库 | 第27页 |
| ·生物序列数据的格式 | 第27-29页 |
| ·生物序列数据库相似性搜索特点 | 第29页 |
| ·生物序列数据库相似性搜索算法的思想 | 第29-30页 |
| ·经典生物序列数据库相似性搜索算法 | 第30-33页 |
| ·FASTA算法 | 第30-31页 |
| ·BLAST算法 | 第31-32页 |
| ·PatternHunter算法 | 第32-33页 |
| ·本章小结 | 第33-34页 |
| 第四章 种子优化设计问题研究 | 第34-51页 |
| ·引言 | 第34页 |
| ·种子设计的基本理论 | 第34-38页 |
| ·种子设计的概念和数学符号 | 第34-36页 |
| ·传统匹配模式的种子 | 第36-37页 |
| ·种子的作用 | 第37页 |
| ·种子设计存在的问题 | 第37-38页 |
| ·模糊匹配种子性能分析 | 第38-43页 |
| ·模糊匹配种子的定义 | 第38-39页 |
| ·模糊匹配种子的灵敏度计算 | 第39-40页 |
| ·灵敏度比较分析 | 第40-43页 |
| ·模糊匹配种子最优化设计 | 第43-50页 |
| ·模糊匹配种子优化模型 | 第43-47页 |
| ·模糊匹配种子优化求解 | 第47-50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 第五章 局部相似性区域种子连接问题研究 | 第51-61页 |
| ·引言 | 第51页 |
| ·种子的几何向量表示 | 第51-53页 |
| ·局部相似性区域种子连接 | 第53-59页 |
| ·局部相似性区域种子连接的定义 | 第53-54页 |
| ·局部相似性区域种子连接的条件 | 第54-57页 |
| ·局部相似性区域种子连接的参数表示 | 第57-58页 |
| ·实例分析 | 第58-59页 |
| ·局部相似性区域种子连接的作用 | 第59-60页 |
| ·本章小结 | 第60-61页 |
| 第六章 一种高效率的生物序列数据库相似性搜索算法 | 第61-69页 |
| ·算法概述 | 第61-62页 |
| ·算法内容 | 第62-64页 |
| ·算法主要步骤 | 第62-63页 |
| ·算法流程图 | 第63-64页 |
| ·实验分析 | 第64-68页 |
| ·实验目的及内容 | 第64-66页 |
| ·实验结果及分析 | 第66-68页 |
| ·本章小结 | 第68-69页 |
| 第七章 总结与展望 | 第69-71页 |
| ·本文工作总结 | 第69页 |
| ·未来工作展望 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文和参加项目 | 第77-78页 |
