| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-16页 |
| 第1章 绪论 | 第16-42页 |
| ·生物信息学简介 | 第16-23页 |
| ·生物信息学的定义 | 第17-19页 |
| ·生物信息学的发展历程 | 第19-21页 |
| ·生物信息学的应用与展望 | 第21-23页 |
| ·蛋白质共价修饰 | 第23-38页 |
| ·蛋白质磷酸化 | 第24-28页 |
| ·Calpain介导的酶切修饰 | 第28-29页 |
| ·半胱胺酸亚硝基化 | 第29-31页 |
| ·酪氨酸硝基化 | 第31-32页 |
| ·原核类泛素化 | 第32-33页 |
| ·半胱胺酸棕榈酰化 | 第33-35页 |
| ·酪氨酸硫化 | 第35页 |
| ·泛素化与类泛素化 | 第35-37页 |
| ·赖氨酸乙酰化 | 第37-38页 |
| ·锌离子结合 | 第38-42页 |
| 第2章 蛋白质共价修饰的预测及计算分析 | 第42-98页 |
| ·GPS系列算法预测蛋白质共价修饰,以半胱胺酸棕榈酰化为例 | 第42-49页 |
| ·GPS算法简介 | 第42-43页 |
| ·实验材料与方法 | 第43-47页 |
| ·数据收集 | 第43页 |
| ·数据处理 | 第43-44页 |
| ·GPS系列算法 | 第44-46页 |
| ·性能评价 | 第46-47页 |
| ·在线服务与本地安装包的开发 | 第47页 |
| ·结果与讨论 | 第47-49页 |
| ·开发CSS-Palm 3.0预测棕榈酰化位点 | 第47-49页 |
| ·蛋白质磷酸化 | 第49-54页 |
| ·摘要 | 第49页 |
| ·实验材料与方法 | 第49页 |
| ·训练与测试数据的准备 | 第49页 |
| ·算法、性能与稳定性评估以及预测软件的开发 | 第49页 |
| ·结果与讨论 | 第49-54页 |
| ·不同PSP(m,n)肽段的组合会产生不同的预测性能及稳定性 | 第49-51页 |
| ·一个新的模体长度选择算法以提高预测稳定性 | 第51页 |
| ·比较GPS 2.1与GPS 2.0 | 第51-52页 |
| ·GPS 2.1预测软件的使用 | 第52-54页 |
| ·Calpain介导的酶切修饰 | 第54-60页 |
| ·摘要 | 第54页 |
| ·实验材料与方法 | 第54页 |
| ·数据准备 | 第54页 |
| ·算法、性能与稳定性评估以及预测软件的开发 | 第54页 |
| ·结果与讨论 | 第54-60页 |
| ·用GPS 2.1算法开发GPS-CCD | 第54-57页 |
| ·比较不同的计算方法 | 第57-58页 |
| ·大规模预测蛋白质中的calpain酶切位点 | 第58-60页 |
| ·半胱胺酸亚硝基化 | 第60-66页 |
| ·摘要 | 第60页 |
| ·实验材料与方法 | 第60-61页 |
| ·数据准备 | 第60页 |
| ·算法、性能与稳定性评估以及预测软件的开发 | 第60-61页 |
| ·结果与讨论 | 第61-66页 |
| ·开发GPS-SNO预测亚硝基化位点 | 第61-62页 |
| ·性能评价与比较 | 第62-65页 |
| ·大规模预测可能的亚硝基化位点 | 第65-66页 |
| ·酪氨酸硝基化 | 第66-75页 |
| ·摘要 | 第66页 |
| ·实验材料与方法 | 第66-68页 |
| ·数据准备 | 第66页 |
| ·算法、性能与稳定性评估以及预测软件的开发 | 第66页 |
| ·利用超几何分布进行统计分析 | 第66-67页 |
| ·利用Yates卡方检验进行比较分析 | 第67-68页 |
| ·结果与讨论 | 第68-75页 |
| ·开发GPS-YNO2预测硝基化位点 | 第68-69页 |
| ·性能评价与比较 | 第69-72页 |
| ·大规模预测可能的亚硝基化位点 | 第72-75页 |
| ·原核类泛素化 | 第75-80页 |
| ·摘要 | 第75页 |
| ·实验材料与方法 | 第75-76页 |
| ·数据准备 | 第75页 |
| ·算法、性能与稳定性评估、预测软件的开发以及统计分析 | 第75-76页 |
| ·结果与讨论 | 第76-80页 |
| ·原核类泛素化位点预测工具GPS-PUP的开发与性能评价 | 第76-78页 |
| ·大规模预测及分析 | 第78-80页 |
| ·泛素化E3连接酶APC/C的底物模体 | 第80-88页 |
| ·摘要 | 第80页 |
| ·实验材料与方法 | 第80-81页 |
| ·数据准备 | 第80页 |
| ·算法、性能与稳定性评估、预测软件的开发以及统计分析 | 第80-81页 |
| ·结果与讨论 | 第81-88页 |
| ·开发GPS-ARM预测D-box和KENN-box | 第81-83页 |
| ·性能评价与比较 | 第83-84页 |
| ·功能富集与多样性分析 | 第84-87页 |
| ·系统地预测有丝分裂相关的APC/C底物 | 第87-88页 |
| ·利用GPS算法预测T细胞抗原表位 | 第88-98页 |
| ·摘要 | 第88页 |
| ·实验材料与方法 | 第88-89页 |
| ·数据准备 | 第88-89页 |
| ·算法、性能与稳定性评估以及预测软件的开发 | 第89页 |
| ·结果与讨论 | 第89-98页 |
| ·决定I-A~(g7)和HLA-DQ8表位的核心九肽 | 第89-90页 |
| ·开发GPS-MBA以预测I-Ag7和HLA-DQ8结合肽段 | 第90-91页 |
| ·预测性能评价与比较 | 第91-93页 |
| ·预测T1D中可能的新I-A~(g7)andHLA-DQ8表位 | 第93-96页 |
| ·TEDB 1.0数据库的开发和使用 | 第96-98页 |
| 第3章 蛋白质共价修饰的数据资源与系统分析 | 第98-142页 |
| ·赖氨酸乙酰化 | 第98-104页 |
| ·摘要 | 第98页 |
| ·实验材料与方法 | 第98-100页 |
| ·数据库构建与内容 | 第98-99页 |
| ·数据库的使用 | 第99-100页 |
| ·结果与讨论 | 第100-104页 |
| ·Plk家族激酶介导的磷酸化组 | 第104-118页 |
| ·摘要 | 第104页 |
| ·实验材料与方法 | 第104-105页 |
| ·数据收集与准备 | 第104页 |
| ·算法、性能与稳定性评估、预测软件的开发以及统计分析 | 第104-105页 |
| ·生物化学与细胞实验方法 | 第105页 |
| ·结果与讨论 | 第105-118页 |
| ·分析Plk激酶家族并构建GPS-Polo软件 | 第105-107页 |
| ·性能评价和比较 | 第107-109页 |
| ·系统地预测和分析Plk介导的磷酸化调节 | 第109-111页 |
| ·精确预测体内的Plk介导的磷酸化 | 第111-113页 |
| ·人源Plk介导的磷酸化调节倾向于分布式磷酸化模型 | 第113页 |
| ·人源Plk1与磷酸化的Mis18B相互作用 | 第113-118页 |
| ·酪氨酸硫化、硝基化与磷酸化的串扰 | 第118-125页 |
| ·摘要 | 第118页 |
| ·实验材料与方法 | 第118-119页 |
| ·训练与测试数据的准备 | 第118页 |
| ·算法、性能与稳定性评估、预测软件的开发以及统计分析 | 第118-119页 |
| ·结果与讨论 | 第119-125页 |
| ·开发GPS-TSP以预测硫化位点 | 第119-120页 |
| ·性能评价与比较 | 第120-121页 |
| ·系统地分析和比较硫化和硝基化功能的丰度和多样性 | 第121-123页 |
| ·系统分析硫化、硝基化和磷酸化之间的原位串扰 | 第123-125页 |
| ·泛素化以及类泛素化相关酶 | 第125-132页 |
| ·摘要 | 第125页 |
| ·实验材料与方法 | 第125-127页 |
| ·数据收集 | 第125-126页 |
| ·分类 | 第126页 |
| ·蛋白质组尺度的预测 | 第126-127页 |
| ·结果与讨论 | 第127-132页 |
| ·数据库使用 | 第127-130页 |
| ·数据分析、分类 | 第130-132页 |
| ·蛋白质激酶与磷酸酶 | 第132-142页 |
| ·摘要 | 第132页 |
| ·实验材料与方法 | 第132-133页 |
| ·数据收集与准备 | 第132-133页 |
| ·预测性能与稳定性的评估以及统计分析方法 | 第133页 |
| ·结果与讨论 | 第133-142页 |
| ·激酶与磷酸酶的分类 | 第133-134页 |
| ·在84种真核生物中进行基因组尺度的激酶和磷酸酶的鉴定 | 第134-135页 |
| ·真核生物的激酶与磷酸酶的全貌 | 第135-136页 |
| ·激酶和磷酸酶家族的显著膨胀和收缩 | 第136-137页 |
| ·EKPD 1.0的开发和使用 | 第137-142页 |
| 第4章 蛋白质中锌离子结合位点的预测及分析 | 第142-156页 |
| ·摘要 | 第142页 |
| ·实验材料与方法 | 第142-144页 |
| ·数据准备与分析 | 第142-143页 |
| ·几何限定法(Geometric REstriction Approach,GRE) | 第143-144页 |
| ·性能评估与统计分析 | 第144页 |
| ·开发在线服务 | 第144页 |
| ·结果与讨论 | 第144-156页 |
| ·系统分析四残基和三残基锌离子结合之间的差别 | 第144-147页 |
| ·几何限定法以预测锌离子结合位点 | 第147-149页 |
| ·性能评价与比较 | 第149-150页 |
| ·大规模的分析揭示锌离子结合的功能重要性 | 第150-156页 |
| 参考文献 | 第156-182页 |
| 致谢 | 第182-184页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第184-187页 |
