| 中文摘要 | 第1-12页 |
| 英文摘要 | 第12-15页 |
| 第一章 预备知识 | 第15-24页 |
| §1.1 转录调控机制 | 第16-17页 |
| §1.2 调节子 | 第17-18页 |
| §1.3 调控模体 | 第18-19页 |
| §1.4 直系同源基因 | 第19-20页 |
| §1.5 系统发生足迹 | 第20-21页 |
| §1.6 基因表达数据 | 第21-24页 |
| 第二章 调控模体预测的背景分析和算法设计 | 第24-45页 |
| §2.1 模体的表示模型和预测方法 | 第24-31页 |
| §2.2 BOBRO:背景介绍 | 第31-32页 |
| §2.3 BOBRO:模体预测算法 | 第32-37页 |
| §2.4 BOBRO:调控模体预测结果分析 | 第37-42页 |
| §2.5 讨论和总结 | 第42-45页 |
| 第三章 基因表达数据的双聚类分析 | 第45-73页 |
| §3.1 基因表达数据的分析方法 | 第46-53页 |
| §3.2 QUBIC:背景介绍 | 第53-55页 |
| §3.3 QUBIC:定性的双聚类算法 | 第55-60页 |
| §3.4 QUBIC:双聚类的结果分析 | 第60-67页 |
| §3.5 Qserver:基于QUBIC的网络服务器 | 第67-69页 |
| §3.6 讨论与总结 | 第69-73页 |
| 第四章 GOST:直系同源基因的预测方法 | 第73-87页 |
| §4.1 背景简介 | 第73-75页 |
| §4.2 算法介绍 | 第75-78页 |
| §4.3 同源基因预测结果分析 | 第78-85页 |
| §4.4 讨论与总结 | 第85-87页 |
| 第五章 原核生物调节子的预测 | 第87-109页 |
| §5.1 调节子的定义和研究背景 | 第87-89页 |
| §5.2 REGUP:算法准备工作 | 第89-92页 |
| §5.3 算法介绍 | 第92-99页 |
| §5.4 大肠杆菌的调节子 | 第99-106页 |
| §5.5 讨论与总结 | 第106-109页 |
| 第六章 总结与展望 | 第109-116页 |
| §6.1 调控模体预测的问题和改进 | 第109-110页 |
| §6.2 直系同源基因预测方法的改进 | 第110-111页 |
| §6.3 基因表达数据应用的几个思路 | 第111-113页 |
| §6.4 基于选择性转录单元的调节子预测 | 第113-116页 |
| 参考文献 | 第116-126页 |
| 致谢 | 第126-128页 |
| 攻读博士学位期间完成论文情况 | 第128-130页 |
| 个人简介 | 第130-132页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第132页 |