| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-18页 |
| ·课题的目的和意义 | 第9-10页 |
| ·国内外研究现状 | 第10-17页 |
| ·确定蛋白质-蛋白质相互作用位点的物理化学的实验方法 | 第10-12页 |
| ·预测蛋白质－蛋白质相互作用位点的计算方法 | 第12-17页 |
| ·本文研究的主要内容及结构组织 | 第17-18页 |
| 第2章 研究的总体框架 | 第18-23页 |
| ·基本概念 | 第18-20页 |
| ·研究的总体框架 | 第20-22页 |
| ·预测结果的评估参数 | 第22页 |
| ·本章小结 | 第22-23页 |
| 第3章 实验数据的获取 | 第23-35页 |
| ·待考察的蛋白质的选择 | 第23-24页 |
| ·PDB 数据库 | 第23页 |
| ·蛋白质链的选取 | 第23-24页 |
| ·表面残基的获得 | 第24-26页 |
| ·表面残基的定义 | 第24页 |
| ·表面残基的计算 | 第24-26页 |
| ·相互作用位点的计算 | 第26-28页 |
| ·序列谱的生成 | 第28-32页 |
| ·多序列比对 | 第28-29页 |
| ·PSI-BLAST | 第29页 |
| ·序列谱的生成 | 第29-32页 |
| ·PDB 文件中SEQRES 行与ATOM 行残基编号的映射 | 第32-34页 |
| ·本章小结 | 第34-35页 |
| 第4章 基于SVM 的蛋白质相互作用位点的预测 | 第35-44页 |
| ·支持向量机 | 第35-38页 |
| ·基于SVM 的蛋白质相互作用位点预测 | 第38-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 第5章 改进的蛋白质相互作用位点预测方法 | 第44-53页 |
| ·对输入的特征向量的改进 | 第44-47页 |
| ·在特征向量中引入二级结构信息 | 第44-46页 |
| ·其它特征的尝试 | 第46-47页 |
| ·分类时引入正反例的权重 | 第47-49页 |
| ·从算法上的改进 | 第49-52页 |
| ·SVM 与K-NN 相结合的算法 | 第49-51页 |
| ·其它算法的尝试 | 第51-52页 |
| ·本章小结 | 第52-53页 |
| 结论 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 附录 | 第59-60页 |
| 哈尔滨工业大学硕士学位论文原创性声明 | 第60页 |
| 哈尔滨工业大学硕士学位论文使用授权书 | 第60页 |
| 哈尔滨工业大学硕士学位涉密论文管理 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61页 |