| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-41页 |
| ·引言 | 第12-13页 |
| ·分子动力学模拟 | 第13-29页 |
| ·分子力场 | 第14-22页 |
| ·溶剂化模型 | 第22-26页 |
| ·采样效率 | 第26-29页 |
| ·论文概要 | 第29-31页 |
| 参考文献 | 第31-41页 |
| 第2章 基于量子力学计算与自由能模拟优化GROMOS 53A6力场主链二面角与主链氢键项 | 第41-83页 |
| ·背景介绍 | 第41-44页 |
| ·体系与方法 | 第44-51页 |
| ·利用GROMOS 53A6力场未加主链修正的参数设置得到二肽的精确自由能面 | 第44-45页 |
| ·量子力学方法得到的有效势能面 | 第45页 |
| ·对主链二面角项的描述进行优化 | 第45-46页 |
| ·对主链羰基上的氧原子采用偏离中心的电荷模型并优化 | 第46-48页 |
| ·蛋白体系的模拟 | 第48-50页 |
| ·其它计算细节 | 第50-51页 |
| ·结果与讨论 | 第51-75页 |
| ·模拟二肽体系所得到的Ramachandran自由能面 | 第51-55页 |
| ·偏离中心的电荷模型 | 第55-60页 |
| ·蛋白质的分子动力学模拟 | 第60-72页 |
| ·小肽体系的分子动力学模拟 | 第72-74页 |
| ·调整α_R和β主链构象之间的平衡并测试结果 | 第74-75页 |
| ·结论 | 第75-77页 |
| ·致谢 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-83页 |
| 第3章 基于自由能微扰预测力场参数改变对多肽构象平衡模拟结果的影响 | 第83-106页 |
| ·背景介绍 | 第83-84页 |
| ·模拟细节和方法 | 第84-87页 |
| ·模拟所用的小肽体系，势能函数以及采样方法 | 第84页 |
| ·利用自由能微扰方法预测力场参数的扰动对构象态之间平衡的影响 | 第84-85页 |
| ·基于反应坐标和自由能面描述不同构象态 | 第85-86页 |
| ·通过对采样的构象进行聚类分析来划分不同的构象态 | 第86-87页 |
| ·结果和讨论 | 第87-102页 |
| ·温度副本交换分子动力学模拟方法以及温度权重直方图分析方法 | 第87-88页 |
| ·在参考模型下得到的自由能面 | 第88-93页 |
| ·构象聚类 | 第93-95页 |
| ·根据反应坐标和自由能面预测力场参数扰动对构象平衡态的影响 | 第95-96页 |
| ·依据构象聚类分析预测力场参数扰动对构象平衡态的影响 | 第96-98页 |
| ·利用在扰动参数下的模拟测试自由能扰动方法所预测结果 | 第98-102页 |
| ·结论 | 第102-103页 |
| ·致谢 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第107页 |
