| 中文摘要 | 第1-5页 |
| 英文摘要 | 第5-10页 |
| 文献综述 | 第10-20页 |
| 1 文昌鱼的进化地位和研究进展 | 第10-17页 |
| ·文昌鱼的进化地位 | 第10-15页 |
| ·文昌鱼与比较基因组学和进化 | 第10-13页 |
| ·文昌鱼在比较基因组学中的重要性 | 第11-12页 |
| ·文昌鱼基因家族的系统进化分析 | 第12-13页 |
| ·文昌鱼与分子发育生物学 | 第13-15页 |
| ·文昌鱼的研究现状和前景 | 第15-17页 |
| 2 基因表达序列标签(EST)及其应用 | 第17-20页 |
| ·基因表达序列标签EST | 第17页 |
| ·EST的应用 | 第17-19页 |
| ·ESTs与基因识别 | 第17页 |
| ·ESTs与基因图谱的绘制 | 第17-18页 |
| ·ESTs与基因预测 | 第18页 |
| ·ESTs与SNPs | 第18页 |
| ·基因表达谱的构建 | 第18页 |
| ·后续分析 | 第18页 |
| ·EST数据的不足 | 第18-19页 |
| ·研究传统技术路线 | 第19-20页 |
| 引言 | 第20-22页 |
| 文昌鱼EST分析和转录组比较 | 第22-38页 |
| 1 材料与方法 | 第22-25页 |
| ·材料序列的搜集 | 第22页 |
| ·分析方法 | 第22-25页 |
| ·EST序列分析方法和过程 | 第22-25页 |
| ·聚类和拼接 | 第22-23页 |
| ·基因注释 | 第23-24页 |
| ·基因功能的分类 | 第24页 |
| ·全长cDNA的预测 | 第24页 |
| ·ORF和UTR区的预测 | 第24-25页 |
| ·UTR区microRNA预测 | 第25页 |
| ·文昌鱼EST序列的转录组比较研究 | 第25页 |
| ·文昌鱼各发育阶段EST序列的转录组比较研究 | 第25页 |
| ·文昌鱼和海鞘、海胆、脊椎动物的转录组比较研究 | 第25页 |
| 2 结果与分析 | 第25-36页 |
| ·文昌鱼(Branchiostoma floridae)EST分析结果 | 第25-32页 |
| ·文昌鱼EST序列的聚类和拼接 | 第25-27页 |
| ·基因诠释 | 第27-29页 |
| ·基因的生物学功能分类 | 第29-30页 |
| ·全长cDNA预测 | 第30页 |
| ·MicroRNA靶标预测 | 第30-32页 |
| ·文昌鱼各发育阶段转录组的比较 | 第32-35页 |
| ·文昌鱼不同发育阶段3'UTR区microRNA靶标的表达水平比较 | 第32-33页 |
| ·文昌鱼不同发育阶段各基因功能表达水平的比较 | 第33-35页 |
| ·文昌鱼不同发育阶段GO分类中C、F、P各类别功能基因的表达水平的比较 | 第33页 |
| ·文昌鱼不同发育阶段GO分类中C、F、P各类别功能基因的表达特异性的比较 | 第33-35页 |
| ·文昌鱼与海鞘、海胆转录组的比较 | 第35-36页 |
| 3 讨论 | 第36-38页 |
| 文昌鱼EST数据库分析平台的搭建 | 第38-45页 |
| 1 数据来源与方法 | 第38-40页 |
| ·序列的搜集 | 第38页 |
| ·方法 | 第38-40页 |
| ·运行环境 | 第38页 |
| ·安装方法 | 第38页 |
| ·AmphioxusDB组成 | 第38-39页 |
| ·网页访问 | 第39-40页 |
| ·文件处理 | 第39-40页 |
| ·数据导入 | 第40页 |
| 2 结果与分析 | 第40-43页 |
| 3 讨论 | 第43-45页 |
| 结论 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
| 个人介绍 | 第54页 |
| 发表论文 | 第54页 |
