| 中文摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 综述 | 第10-14页 |
| ·研究雌激素受体的背景 | 第10-11页 |
| ·雌激素受体与抑制剂的作用机理 | 第11-12页 |
| ·研究雌激素受体抑制剂的意义 | 第12-14页 |
| 第二章 理论计算和方法 | 第14-30页 |
| ·分子力学 | 第14-16页 |
| ·混合量子经典方法 | 第16-18页 |
| ·理论基础 | 第16-18页 |
| ·QM 区域和 MM 区域边界的处理 | 第18页 |
| ·分子动力学模拟 | 第18-24页 |
| ·MD 模拟的基本原理 | 第19页 |
| ·MD 模拟的初始化 | 第19-21页 |
| ·MD 模拟的约束条件 | 第21-23页 |
| ·SHAKE 算法 | 第23-24页 |
| ·自由能计算 | 第24-27页 |
| ·线性相互作用能(LIE)方法 | 第24-25页 |
| ·MM-PBSA 方法 | 第25-26页 |
| ·对于残基的能量分解 | 第26-27页 |
| ·构象变化 | 第27页 |
| ·范德华作用 | 第27页 |
| ·受体蛋白结构的特异性 | 第27-30页 |
| 第三章 两种雌激素受体与抑制剂结合的分子动力学模拟 | 第30-36页 |
| ·初始化复合物 | 第30-31页 |
| ·能量优化 | 第31页 |
| ·加热 | 第31页 |
| ·密度平衡 | 第31页 |
| ·动力学演化 | 第31页 |
| ·MM-PBSA 方法计算结合自由能 | 第31-33页 |
| ·自由能结果分析 | 第32-33页 |
| ·两个体系的分子动力学行为 | 第33-34页 |
| ·小结 | 第34-36页 |
| 第四章 两个体系在分子动力学过程中的变化 | 第36-42页 |
| ·蛋白构型变化分析 | 第36-39页 |
| ·蛋白的均方根偏差 | 第36-37页 |
| ·温度因子 | 第37-38页 |
| ·回旋半径 | 第38-39页 |
| ·抑制剂的均方根偏差 | 第39页 |
| ·小结 | 第39-42页 |
| 第五章 抑制剂受体体系的 QM/MM 模拟 | 第42-46页 |
| 参考文献 | 第46-52页 |
| 攻读硕士学位期间完成的论文 | 第52-54页 |
| 致谢 | 第54页 |