| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一章 引言 | 第10-23页 |
| ·蛋白质的结构层次与分类 | 第10-12页 |
| ·体内（in vivo）折叠与体外（in vitro）折叠 | 第12-16页 |
| ·两态折叠与多态折叠 | 第16-18页 |
| ·对折叠机理的认识过程 | 第18-21页 |
| ·蛋白质折叠的计算机模拟（protein folding In Silico） | 第21-22页 |
| ·本论文的组织结构 | 第22-23页 |
| 第二章 蛋白质折叠速率计算 | 第23-45页 |
| ·基于结构的蛋白折叠速率计算 | 第24-28页 |
| ·基于三级结构的计算方法 | 第24-25页 |
| ·基于二级结构的计算方法 | 第25-26页 |
| ·从一级序列直接预测折叠速率 | 第26-28页 |
| ·基于氨基酸组成的蛋白质折叠速率预测 | 第28-42页 |
| ·材料与方法 | 第28-29页 |
| ·蛋白质的各氨基酸含量与其折叠速率的相关性 | 第29-31页 |
| ·折叠速率与氨基酸“含量和”之间的相关性 | 第31-33页 |
| ·蛋白折叠速率与序列长度、平均氨基酸分子量和简并度之间的相关性 | 第33-34页 |
| ·蛋白折叠速率与氨基酸组成指标（CI）之间的相关性 | 第34-36页 |
| ·Jack-knife和交叉互验 | 第36-37页 |
| ·组成指标CI与其它基于结构的速率预测指标的比较 | 第37-40页 |
| ·对认识蛋白折叠机理的启示 | 第40-41页 |
| ·本研究工作的主要结论 | 第41-42页 |
| ·蛋白折叠速率与其原子组成的相关性 | 第42-45页 |
| 第三章 蛋白质折叠类型的决定因素与折叠类型预测 | 第45-59页 |
| ·蛋白质折叠类型决定因素的探索 | 第46-54页 |
| ·材料与方法 | 第46页 |
| ·序列长度是蛋白折叠类型的主要决定因素，但不充分 | 第46页 |
| ·两态折叠蛋白与多态折叠蛋白各氨基酸含量的差异 | 第46-48页 |
| ·两态折叠蛋白与多态折叠蛋白二级结构含量的差异 | 第48-49页 |
| ·两态与多态蛋白之间三级结构拓扑复杂性的差异 | 第49-52页 |
| ·蛋白折叠类型决定因素的发现对认识蛋白折叠机理的启示 | 第52-54页 |
| ·结论 | 第54页 |
| ·蛋白质折叠类型预测 | 第54-58页 |
| ·数据集与方法 | 第55页 |
| ·序列长度用于蛋白折叠类型预测 | 第55页 |
| ·基于组成的折叠类型预测指标 | 第55-56页 |
| ·自检与jack-knife检验的准确率 | 第56-57页 |
| ·预测训练集之外的蛋白的折叠类型 | 第57页 |
| ·蛋白折叠类型预测可以辅助蛋白折叠速率预测 | 第57-58页 |
| ·进一步的考虑 | 第58页 |
| ·从氨基酸序列预测蛋白质折叠速率和折叠类型的网络服务 | 第58-59页 |
| 第四章 蛋白质中的质量平衡 | 第59-69页 |
| ·材料与方法 | 第59-60页 |
| ·计算方法 | 第60-62页 |
| ·结果与讨论 | 第62-66页 |
| ·蛋白结构的电荷平衡 | 第66-68页 |
| ·结论 | 第68-69页 |
| 第五章 蛋白质进化 | 第69-76页 |
| ·CvP-bias: 预测最后公共祖先生存方式的指标 | 第69-73页 |
| ·引言 | 第69-70页 |
| ·嗜压物种CvP-bias的分析 | 第70-72页 |
| ·结论及进一步的思考 | 第72-73页 |
| ·关于膜蛋白中氧含量的变化——对C. Acquisti等人观点（Nature 445, 47-52,2007)的商榷 | 第73-76页 |
| 第六章 总结论 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-87页 |
| 发表论文和参加科研情况的说明 | 第87-90页 |
| 致谢 | 第90页 |
