| 中文摘要 | 第1-6页 |
| 英文摘要 | 第6-8页 |
| 缩略语表 | 第8-14页 |
| 第一章 文献综述：蛋白质组学研究技术及其在病原菌研究中的应用 | 第14-30页 |
| 1. 蛋白质组和蛋白质组学的概念 | 第14-16页 |
| 2. 蛋白质组学研究技术 | 第16-25页 |
| ·蛋白质组分离技术 | 第16-18页 |
| ·蛋白质组鉴定技术 | 第18-22页 |
| ·电喷雾(ESI)质谱 | 第18-19页 |
| ·基质辅助激光解析(MALDI)质谱 | 第19-20页 |
| ·一些新的鉴定技术 | 第20-22页 |
| ·蛋白质相互作用的研究技术 | 第22-25页 |
| ·酵母双杂交 | 第22-23页 |
| ·噬菌体展示 | 第23页 |
| ·生物分子相互作用分析质谱 | 第23-24页 |
| ·以质谱为基础的蛋白质相互作用研究技术 | 第24-25页 |
| 3. 蛋白质组学在病原菌研究中的应用 | 第25-29页 |
| ·细菌蛋白质组数据库 | 第25-26页 |
| ·病原菌致病机理的研究 | 第26-27页 |
| ·抗原性的研究 | 第27-28页 |
| ·药物抗性的研究 | 第28-29页 |
| 4. 本研究的目的及内容 | 第29-30页 |
| 第二章 柱状黄杆菌强毒株和弱毒株胞外蛋白的比较蛋白质组学研究 | 第30-63页 |
| 1. 前言 | 第30-31页 |
| 2. 材料与方法 | 第31-35页 |
| ·菌株和培养条件 | 第31-32页 |
| ·LD_(50)的测定 | 第32页 |
| ·菌落形态观察 | 第32页 |
| ·菌株G_(4R3)和G_(18)的生长曲线的测定 | 第32-33页 |
| ·细菌胞外蛋白(ECPs)的制备 | 第33页 |
| ·胞外蛋白的SDS-PAGE | 第33页 |
| ·双向电泳 | 第33-34页 |
| ·胶内酶解 | 第34页 |
| ·基质辅助的激光解吸离子化-飞行时间质谱(matrix assisted 1aser desorption /ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)及其串联质谱(MALDI-TOF MS析 | 第34-35页 |
| ·液相层析-离子阱质谱(LC-MS)分析 | 第35页 |
| 3. 结果 | 第35-59页 |
| ·G_(4R3)和G_(18)的毒力评价 | 第35-36页 |
| ·菌落形态 | 第36页 |
| ·G_(4R3)和G_(18)的ECPs的SDS-PAGE | 第36-39页 |
| ·G_(4R3)和G_(18)的ECPs的双向电泳 | 第39-41页 |
| ·MALDI-TOF MS 和MALDI-TOF以及 ESI-MS 鉴定差异表达的蛋白 | 第41-59页 |
| 4. 讨论 | 第59-63页 |
| 第三章 柱状黄杆菌的外膜蛋白的蛋白质组学研究 | 第63-75页 |
| 1. 前言 | 第63-64页 |
| 2. 材料和方法 | 第64-65页 |
| ·菌株和培养条件 | 第64页 |
| ·柱状黄杆菌外膜蛋白的提取 | 第64页 |
| ·外膜蛋白的SDS-PAGE | 第64页 |
| ·胶内酶解 | 第64-65页 |
| ·反相HPLC MS/MS Shotgun 分析 | 第65页 |
| ·蛋白质鉴定和数据分析 | 第65页 |
| 3. 结果 | 第65-73页 |
| ·外膜蛋白的SDS-PAGE | 第65-66页 |
| ·外膜蛋白的鸟枪法蛋白质组学分析 | 第66-73页 |
| 4. 讨论 | 第73-75页 |
| 第四章草鱼鳃粘液的蛋白质组学研究 | 第75-123页 |
| 1. 前言 | 第75-76页 |
| 2. 材料和方法 | 第76-82页 |
| ·草鱼来源与饲养 | 第77页 |
| ·鳃粘液的收集与保存 | 第77页 |
| ·凝胶过滤层析 | 第77-78页 |
| ·凝胶过滤层析柱的制备 | 第77-78页 |
| ·粘液样品的凝胶过滤层析(Gel Filtration Chromatography,GFC) | 第78页 |
| ·各组分的一维凝胶电泳 | 第78页 |
| ·鳃粘液样品的双向电泳 | 第78-80页 |
| ·样品裂解 | 第79页 |
| ·双向电泳 | 第79-80页 |
| ·图像的采集和双向电泳图谱的分析 | 第80-81页 |
| ·质谱鉴定 | 第81-82页 |
| ·胶内酶解 | 第81页 |
| ·基质辅助的激光解吸离子化-飞行时间质谱(matrix assisted laser desorption mass spectrometry, MALDI-TOF MS) 及其串联质谱(MALDI-TOF/TOF MS)分析 | 第81-82页 |
| ·液相层析-离子阱质谱(LC-MS)分析 | 第82页 |
| 3. 结果 | 第82-118页 |
| ·凝胶过滤层析柱的检测 | 第82-83页 |
| ·凝胶过滤层析对粘液样品分级 | 第83页 |
| ·粘液样品的双向电泳 | 第83-88页 |
| ·粘液样品的质谱鉴定 | 第88-118页 |
| 4. 讨论 | 第118-123页 |
| 参考文献 | 第123-138页 |
| 附录 | 第138-139页 |
| 攻读博士学位期间发表和待发表的论文 | 第138-139页 |
| 致谢 | 第139页 |
